水平读出率是像素从移位寄存器中读出的速率，水平读出率越快，帧率就越高。像素读出速度可变可使CCD具有最大灵活性。较慢的读出通常使读出噪声降低，然而，却以较慢的帧频为代价。不同CCD可设置不同的读出率。垂直转移率可变很重要。不同的外部事件需要不同的垂直转移速度，事件越短等于速度越高。较快的垂直转移率能克服低时钟感应电荷（尤其对于EMCCD），但缺点是降低了电荷转移效率，但导致强信号时像素内的电荷残留而降低空间分辨率。较低频率的垂直时钟确保了较好的转移效率，但导致了最大帧频下降和阱深的升高。为了改进转移效率，可通过设置垂直时钟电压幅度来增加时钟电压。然而，电压越高，时钟感应的电荷越高。

像素合并及子成像

通过有效降低读出像素的总量能提高帧频。降低读出像素总量的方法有：1.像素合并；2.子成像模式读出。像素合并把来自一组像素的电荷合在一起计算总量，除了达到较快帧频意外，提高了信噪比，但也降低了成像分辨率，合并像素的效果等同于一个大像素。子成像模式通过剪裁读出有效成像部分，放弃周边无关图像。子成像区可以是探测器的任何小型矩型区，并且子区域越小，可读出的像素越少，帧频越快。像素合并和子像区也可结合使用，来达到更快的帧频。实现超快帧频的另一种方法是隔离剪裁模式，可在特殊环境中进一步提高帧频。比如，如果探测器左下角有入射信号而其他部分无入射，可输出最近邻读出寄存器的子图像，而不需要放弃图像的剩余部分，从而节省了时间，提高了剪裁的速度。