浙江倭寇平息后，福建倭患日甚。北自福宁、南及漳(州)、泉(州)，沿海千里尽为贼窟，兵将怯懦。明廷遂准福建巡抚游震得之请，命戚继光领兵6000人入闽，督府中军都司戴冲霄率兵1600人佐之。八月初一，戚继光率军自温州抵达福宁(今福建霞浦)。根据福建倭患情形，戚继光决定先捣毁横屿倭巢，然后乘胜收复福清的牛田、莆田的林墩。横屿四面环水，东南北三面距陆地约10里，唯西面靠近陆地。涨潮时一片汪洋，退潮时淤泥成滩，易守难攻。倭寇筑巢其中，企图久据。

戚继光根据横屿岛地形和倭情，决定采取先定外围，抚收胁从，从张湾方向伺机登岛的方略。随即积极备战：传令全军不许争功误事；传檄民众，防止奸细；了解地形、潮汐规律和倭寇分布情况。八月初六日，戚继光率军至东墙铺，安营扎寨。初八日，戚继光利用小潮退潮之机，从张湾出发，涉海攻岛。命令把总张谏留守东墙铺，以防倭寇掩袭戚家军侧后；自率主力到宁德废址，再兵分两路，一路由戴都阃率领，以降兵为向导，由东山铺前进，一路由戚继光督王如龙、吴惟忠等降兵为向导，由兰田涉渡；调张谏部屯金垂渡，参将张岳屯石壁岭，为左右翼，以防倭寇遁逃；以水兵都司张汉率舟师一队泊于横屿外洋，准备夹攻。

八时左右，戚继光除留王如龙据港尾海岸，以防倭寇逃窜外，命令陈大成、吴惟忠、陈子銮、童子明各部乘退潮涉渡，向预定登陆地点前进。部队列鸳鸯阵，每人负草一捆，匍匐前进，随进随以草填泥。倭寇列阵以待，企图乘明军立足未稳，队形混乱之际歼灭之。

戚家军登岸后按原定部署展开进攻，陈子銮、童子明从正面冲其阵，吴惟忠以右翼攻其巢，陈大成部从左翼沿山脚绕敌侧后，进行围攻，大败之。斩首340级，救出被掳男女800余人。缴获大批兵器，残倭逃海上时，淹死600余人。

戚家军周密部署，水陆配合，全歼盘踞在岛上的倭寇一千余人。抗倭战争胜利的原因是多方面的，沿海民众大力支持，军民同仇敌忾，浴血奋战；谭纶、戚继光、俞大猷等将领，指挥卓越，战法灵活，在战略战术上，攻其无备，出其不意，进攻重集中兵力打歼灭战，防御重积极主动而不是机械地死守，在防御中伺机反攻；招募和训练御倭新军，改变明军成分，提高战斗力，创造了独树一帜的“鸳鸯阵”，发挥集体互助、长短兵器结合的机动、灵活、严密的作战力量，有效地打击敌人；加强海防设施，建立地方武装；针对倭寇活动的特点，采取清除内奸，孤立倭寇，剿抚并施的对策，各个歼敌。抗倭战争的胜利，基本消除了明代近200年的倭患，是抗击外来侵略、保卫祖国海疆的著名战例，也为中国海防建设提供了宝贵的历史经验。