1993年，日本足球联赛进行了职业化改制，横滨水手成为了日本职业足球甲级联赛（J1联赛）的创始球队之一。在那个赛季的J1联赛中，横滨水手在第一阶段和第二阶段均获得了第三名的佳绩。1994年，横滨水手在J1联赛的第二阶段再次夺得第三名，同时在日本天皇杯的比赛中也打入了四强。

1995年，横滨水手在J1联赛的第一阶段中成功登顶，第二阶段也获得了第三名，从而夺得了职业化时代以来的首个联赛冠军。然而，此后的几年里，横滨水手经历了一段低谷期，国内联赛和杯赛均没有收获冠军。1999年，横滨水手与横滨飞翼合并，重新组建了横滨水手足球俱乐部，并将英文名从YOKOHAMA MARINOS更改为YOKOHAMA F･MARINOS。

2001年，横滨水手成功捧起了日本联赛杯的冠军奖杯。2003年，横滨水手在J1联赛两个阶段均斩获冠军，从而赢得了队史上的第二个J1联赛冠军。2004年，横滨水手不仅在J1联赛连续三个阶段都位居榜首，蝉联联赛冠军。2005年至2007年，横滨水手在联赛中陷入低谷，日本联赛杯连续三个赛季都止步于四强。

2013年，在连续三个赛季都打入了日本天皇杯的四强后，横滨水手终于在这一年里夺得了该项赛事的冠军，这也是横滨水手九年来首次捧起重要赛事的奖杯。同时，他们在日本联赛杯中也打入了四强，并在J1联赛中获得了亚军。

2017年，横滨水手获得日本天皇杯亚军；2018年，球队获得日本联赛杯亚军；2019年，横滨水手时隔15年再次获得J1联赛冠军；2021年，横滨水手获得J1联赛亚军；2022年，横滨水手时隔3年再度夺得J1联赛冠军。

2023年8月1日，南泰熙正式加盟横滨水手。12月13日，亚冠联赛小组赛最后1轮，横滨水手3-0战胜山东泰山，凭借净胜球优势以小组头名出线。

2024年2月21日，亚冠1/8决赛次回合，横滨水手主场1-0绝杀曼谷联，总比分3-2晋级亚冠八强。3月13日，亚冠1/4决赛次回合，横滨水手以1-0战胜山东泰山，两回合总比分3-1晋级四强，刷新队史亚冠最佳成绩。4月24日，亚冠半决赛次回合，横滨水手总分8-7险胜蔚山现代，晋级决赛。5月26日，亚洲足球冠军联赛决赛次回合，横滨水手客场对阵阿联酋球队艾因，比赛中横滨水手门将威廉·波普红牌被罚出场，最终横滨水手1-5不敌艾因，两回合总比分3-6负于对手，获得亚军。6月21日，租借至瑞士足球超级联赛塞尔维特队的日本国脚西村拓真结束租借回归横滨水手。10月22日，2024-25赛季亚冠精英联赛东亚区小组赛第三轮中，横滨水手客场挑战山东泰山，最终两队2-2战平。

横滨水手的主场为横滨国际综合竞技场（日语：横浜国际総合竞技场），现称为日产体育场（日语：日产スタジアム），位于日本神奈川县横滨市，于1998年3月落成启用，球场设有73237个座位，是日本可容纳观众最多的多用途运动场，亦是2002年韩日世界杯决赛举行场地。

横滨水手英文名Yokohama F. Marinos中的“Marinos”在西班牙语中意为“水手”，与俱乐部主场所在的横滨市横滨港相呼应。

横滨水手俱乐部的吉祥物为海鸥马里诺君（Marino-kun）和马里诺介（Marinosuke），以代表球队主场所在的横滨市深厚的海洋文化。

横滨水手俱乐部的代表色为红、白、蓝三色。其中红色代表瞬间的力量与激情，白色代表专注，蓝色代表球队主场横滨的海洋。