武汉市基督教青年会上设董事会。由社会各界热心青年会事业的人士组成。为保持团体的基督教性质，董事会中1/3以上的董事为基督徒。董事会由会长、副会长和董事组成，青年会总干事为当然董事。董事会按需要组成不同的工作委员会，指导、推动青年会的工作，审议本会制定的工作报告和工作计划，促进与其他专业团体的联系、交流。1981年6月开始恢复工作。1989年2月恢复董事会，选举湖北医学院教授张才仁和原圣公会会长房仲第为正副董事长。1998年1月，选举全国政协委员、国家级专家许其贞教授担任董事长。同年董事会设立国际交流委员会、文化教育委员会，进一步促进、协助青年会开展各项事工活动。