1996年，京九铁路全线贯通，京九线经过武穴市大金镇（现已并入石佛寺镇）设站，因该处是距离武穴市区最近的车站，遂定站名武穴站，启用后时隶属刚成立的南昌铁路局麻城车务段管辖。

1996年9月2日11时23分，京九线首发105次列车停靠武穴站，结束了武穴地区不通火车的历史。

2005年，新组建武汉铁路局，原麻城车务段所属线路车站划属武汉铁路局。