民国十三年（1924年），段祺瑞在清陆军部和海军部旧址成立中华民国临时执政府，随后被辟为段祺瑞执政府。

民国十五年（1926年），北京发生政变，段祺瑞执政府被冯玉祥接管，清陆军部和海军部旧址被辟为北平卫戍区司令部。

民国二十六年（1937年），日本侵略军占领华北，北平沦陷，清陆军部和海军部旧址被占为日本华北驻屯军总司令部和日本特务机关兴亚院。

1949年，中国人民大学命名组建成立，清陆军部和海军部旧址被选作校址。

1966年，清陆军部和海军部旧址东部划归中国共产党中央委员会对外联络部使用，中国人民大学保留使用中部和西部。

2007年，中国人民大学完成对清陆军部和海军部旧址的文物建档工作。

2014年，清陆军部和海军部旧址清陆军部署衙主楼修缮工程启动。

2019年，清陆军部和海军部旧址清陆军部署衙主楼修缮完工。

清陆军部和海军部旧址大门为传统五开间悬山式衙署正门，正对陆军部主楼；陆军部主楼为西洋古典形式，坐北朝南，正中突起一座城堡形四层钟楼，用砖砌西洋柱式和拱券形成四周外廊，三角桁架，铁皮屋顶，主楼后有东西配楼和后楼，外廊用白灰板壁与拱券组合；海军部主楼为西洋古典形式，二层灰砖清水墙砌筑，木结构，三角桁架，铁皮屋顶，主楼、侧楼和后楼连为四合布局。

沈琪（1871—1928年），直隶静海县人，字穆涵，毕业于北洋武备学堂铁路工程科，曾留学英国。其主要作品为清陆军部衙署。

民国十五年（1926年）3月12日，冯玉祥的国民军与奉系军阀作战期间，日本军舰掩护奉军军舰驶进天津大沽口，炮击国民军，守军死伤十余名。国民军坚决还击，将日舰驱逐出大沽口。日本竟联合英、美等八国于16日向段祺瑞政府发出最后通牒，提出撤除大沽口国防设施等无理要求。3月18日，北京各界群众5000余人，为反对日本帝国主义侵犯中国主权的强盗行为，在天安门前抗议。游行队伍由李大钊率领，按预定路线，从天安门出发，经东长安街、东单牌楼、米市大街、东四牌楼，最后进入铁狮子胡同（今张自忠路）东口，在段祺瑞执政府门前广场请愿。示威群众公推代表去向卫士长交涉，要求开门放队伍进去，并请段祺瑞和国务总理贾德耀出来见面。段祺瑞的执政府内人员担心局势失控，命令预伏军警以武力驱散游行队伍，结果造成当场死亡47人，伤200多人的惨剧。

民国二十七年（1938年）12月16日，日本政府在东京正式成立兴亚院，作为决定和实施对华政策的总机关。民国二十八年（1939年）3月，兴亚院在华各联络部正式成立。负责调查中国政治、经济、文化情报等，搜集国共军队军事情报，渗透进入反日组织，策反国共军队官兵，在占领区奴役奴化人民的文化思想灌输，进行所谓的大东亚共荣宣传等。民国三十一年（1942年）11月，兴亚院归并于“大东亚省”，作为该省的“中国事务局”，历时近四年。以喜多诚一为首的日本特务机关兴亚院设在清陆军部与海军部旧址东院（原清海军部）。

清陆军部和海军部旧址反映了晚清政府对于新生事物开放与接纳的思想以及当时国民对西方文化热衷的心态，是中国建筑师和工匠在本土建筑的文化语境中加入西方建筑语言的成功尝试，为研究20世纪初中国新政变革改良提供了实物资料，对于研究中国近代政治、军事、历史、文化、建筑、艺术等均具有较为重要的参考价值。

1984年5月24日，段祺瑞执政府旧址被北京市人民政府公布为北京市第三批市级文物保护单位。

2006年5月25日，清陆军部和海军部旧址被中华人民共和国国务院公布为第六批全国重点文物保护单位。

2020年10月3日，清陆军部和海军部旧址被中国文物学会、中国建筑学会联合公布为第五批中国20世纪建筑遗产。

清陆军部和海军部旧址位于北京市东城区张自忠路3号。

北京市内乘坐3、4、13、42、82、113、115、118路公交车，在张自忠路站下车前往。

北京市内乘坐地铁5号线，在张自忠路站下车前往。

北京市东城区人民政府距离清陆军部和海军部旧址约0.91千米，驾车约4分钟。