殷不佞少年时即树立名节，居父丧而以极孝为人称道。喜好读书，尤其擅长吏术，初任南朝梁尚书中兵郎，很有能力。梁元帝萧绎承制，授予他为戎昭将军、武陵王谘议参军。

承圣元年（552年），梁元帝即位，改任殷不佞为武康县令。当时兵荒马乱饥荒遍行，百姓流离失所，殷不佞巡抚招集，以布包小儿负之于背而来的人数以千计。

承圣三年（554年），西魏攻陷江陵，殷不佞的母亲蔡氏去世，道路隔绝，殷不佞很久不能奔赴，四年之中，日夜号哭，居处饮食，常守居丧的礼节。永定元年（557年），陈武帝陈霸先受禅登基，建立南朝陈政权，起用殷不佞为戎昭将军、娄县县令。

天康元年（566年），陈文帝去世，其子陈废帝陈伯宗即位，以其叔父陈顼为太傅，录尚书辅政，很为朝廷众望所归。殷不佞一向以名节自立，又受委任于东宫，便与仆射到仲举、中书舍人刘师知、尚书右丞王暹等，谋划假造诏书让陈顼出朝任职。众人犹豫不决，没人敢先发，殷不佞便驰马到相府，当面宣读诏令，命令相王陈顼回府第。事情败露后，到仲举等人都被杀，陈顼器重殷不佞，特别赦免他，只是罢免了他的官职而已。