在罗马时期，佛兰德地区位于比利时高卢和下日尔曼尼亚省，居民为凯尔特人，直到日耳曼人攻占了该地区并结束了罗马帝国的统治。主要的城市有根特、布鲁日、图尔奈、科特赖克、伊玻尔、米德尔堡、奥德纳尔德、阿尔斯特、里尔、康布雷、杜埃、敦刻尔克和瓦朗谢讷。

公元843年，卡洛林王朝查理曼大帝的孙辈们签署了《凡尔登条约》，将统一帝国瓜分为东、中和西三个部分。佛兰德伯国的斯海尔德河以西部分归属法兰西，以东部分归属神圣罗马帝国。这也是当今比利时法语区与比利时德语区分别的由来。

1405年，佛兰德领地女继承人玛格丽特三世与勃艮第公爵菲利普二世结婚，佛兰德遂并入勃艮第公国。到1433年的时候，比利时以及卢森堡、大部分荷兰地区是勃艮第公国的一部分，后来因勃艮第女公爵玛丽嫁给马克西米利安一世，这一地区从而变成奥地利哈布斯堡王朝的领土。以后又因哈布斯堡王朝的联姻与分家，这一地区又被西班牙哈布斯堡王朝统治。但在西班牙王位继承战争后，奥地利取得了比利时。

1789年法国大革命爆发，奥地利下辖的尼德兰地区宣布独立，但旋即在该年又为奥地利人所重新占领，1794至1795年间南尼德兰遭到法兰西第一共和国进攻与占领，与此同时结束了哈布斯堡的统治，他们被切割成九个行政区成为法国的一部分，在1797年奥地利正式签署条约把该地割让给法国。

1797年一件具有重要意义的事件爆发：鲁汶大学遭到关闭，在法国最初的几年统治下来，比利时地区经济完全受到剥削，连安特卫普这个港口都被禁止对外贸易，人民只被允许购买法国高昂的商品，居高不下的税率，使市场只信赖黄金和白银，能用的货币只有金、银币，民不聊生。这段期间约有八十万比利时人出走。在法据时期荷兰语不许公开使用，种下今日荷语区和法语区不合的前因，在当时的格言“一个国家，一种语言！”的影响下，法国在公共场合中接受法语，不论是经济、政治抑或社会事务上，这项措施导致当时被强迫征召来的比利时籍士兵的不满，也不难想像在这样基础上的军队，尔后会遭受战败的命运，此举也被视作为后来反法联盟战争胜利的开端。 1814年拿破仑一世迫于反法联盟的力量而退位，法国对比利时的统治也旋即结束，但在隔年拿破仑试图返回法国重掌政权，拿破仑知道他仅有一次反败为胜的机会，他必须在比利时地区和联盟一决高下，同年六月十六日他率军穿越比利时地区。

在同年拿破仑的最后一战于比利时开打，他遭遇到普鲁士与英国的军队围攻，在六月十八日拿破仑终于在比利时的滑铁卢被击败，拿破仑可以说是败在自身的策略以及部属未能来的即前来救援，次日早晨最后的战斗也结束，拿破仑受到再次流放的命运。当时荷兰国王威廉一世的奥伦治王子在战场有功，这位王子也就是后来的威廉二世，在1826年年轻的威廉率领的荷兰军再次于滑铁卢打了胜战，而击败了比利时的军队。

1815年拿破仑败于滑铁卢时，主要的参与国有英国、普鲁士以及俄国，这几个国家在战后于维也纳召开和会，也就是著名的“维也纳会议”，会中确立奥属尼德兰和尼德兰共和国共组为荷兰联合王国，此举主要是惧于奥属尼德兰留在法国会增加法国的国力，他们决定拥戴一位信奉新教的国王，也就是时任奥伦治亲王的威廉一世。

比利时人民受到法国七月革命成功的鼓舞，物价上涨和失业率也成为革命的导火索。在1830年8月期间，比利时人在布鲁塞尔爆发革命，革命军与荷兰政府军在布鲁塞尔街头巷战，大批群众也受到一套正在上演，以1820年代那不勒斯的革命为背景的歌剧所鼓舞，纷纷参与独立运动，迫使荷兰国王威廉一世同意召开议会。当日奥地利帝国、俄罗斯帝国、及普鲁士王国的政府皆希望遏止比利时独立，以维持1815年维也纳会议所制订的欧洲格局；然而奥普两国在当时均受德意志革命运动所困，而俄国则忙于平定波兰革命，无力插手干预。反之法国则明显表态支持革命，因为比利时人有明显亲法国倾向，因为两国在文化、语言、宗教上都有相近之处。此外，荷兰合并比利时目的是出于反法的目标，所以法国乐意看到它分裂。加上路易·菲利普以自由主义者自居，同情比利时人反抗荷兰人的专制统治。而英国也对比利时独立表示同情，因为统一的尼德兰工商发展迅速，对英国的商贸构成威胁，若比利时独立的话，将可有效打击英国的对手荷兰；除此之外，英国认为既然比利时已公然反抗荷兰，这将给予法国以援助比利时为借口采取军事行动，因此，应立即承认比利时的独立，以抵消法国对比利时影响。

比利时在取得英法的默许或支持后，成立了临时政府，并拒绝和荷兰采取任何形式的共治，在10月4日宣布比利时完全独立。并11月18日经比利时国民会议所确认。在1831年2月，比利时公布一部新宪法，是欧洲当时最自由的。比利时临时政府原希望由法国国王路易·菲利普的儿子出任新君，但此事最后因英国反对而告终，因为比利时在战略及地缘政治上拱卫著英伦海峡，若比利时和法国过于亲密将不利英国的海防，英法相争的结果是法国认输退让。于是在1831年来自萨克森-科堡-哥达公国的王子利奥波德（英国王室的亲戚）接受了比利时王位，而荷兰又就与比利时的边界冲突问题派军入侵比利时，以求重建荷兰联合王国，并在十日之内打败了比利时的军队。法国立即派军支援，迫使荷兰撤军。

列强最后在1831年11月于伦敦会议签署条约，初步解决比利时问题。奥地利帝国、俄罗斯帝国、法兰西王国、联合王国及普鲁士王国五强在条约中承认了比利时的独立，并确保其永久中立国地位，条约中更表明这是为了欧洲的整体和平而对1815年维也纳会议的安排作出修订，不过实际上，这其实是在欧洲开了一个先例，表现了以革命运动去推倒维也纳会议的决定是可行的，鼓动了欧洲其他地方在其后的数年间爆发革命，争取民族主义及自由主义。而荷兰国王威廉一世的顽固态度又使事情未能完满结束，即使面对列强外交压力，他仍拒绝承认比利时独立，直至1839年他才就比利时独立的问题作出让步，心不甘情不愿地在伦敦条约上签字，因此直至1839年伦敦条约才正式生效。

比利时历史上有一个主要的殖民地：比属刚果，即刚果民主共和国。比属刚果于1885年由柏林会议赠给当时的比利时国王利奥波德二世。利奥波德将此地命名为刚果自由邦，并收为自己的私人领地，进行残酷的统治，同时大量种植橡胶，以满足当时世界对橡胶轮胎的需求。

在国际舆论的压力下，利奥波德于1908年放弃了对刚果的私人统治，把刚果交予比利时政府。后来比属刚果于1960年独立。

1902年比利时在中国天津获得一块租界，1929年声明退还中国，1931年正式举行仪式退还中国。

1914年第一次世界大战，8月3日德国对法宣战，同时占领宣布中立的比利时，由此来进攻法国。8月4日英国因德国对比利时宣战，随即向德国宣战。1940年第二次世界大战，5月德国入侵比利时，由此进攻法国。

在过去的半个世纪中比利时作为一个现代化、高科技的欧洲国家而兴盛，它同时也是北约和欧盟的成员国。但是北部说荷兰语的弗拉芒人和南部讲法语的瓦隆人之间长期的紧张关系，最终导致了近些年来的宪法修正案，赋予比利时南北两半正式的自治权，因此比利时是一个联邦国家。

2007年6月10日，举行联邦议会选举。

2010年比利时议会选举结果显示，分裂派政党“新联盟党”（N-VA）在弗拉芒处于领先地位。而该政党终极目的是与南部的法语区彻底决裂。而荷兰语党派与法语党派对于组建联合政府无法调节，而导致2010年到2011年比利时陷入了长期的无政府状态。