该校的精英办学模式源于拿破仑所创立的高师系统，致力于应用科学研究，与面向理论科学的比萨高等师范学校（Scuola Normale Superiore）交相辉映。比萨圣安娜大学、比萨高等师范学校和比萨大学（Università di Pisa），共同构成了比萨大学系统（Pisa University System），使比萨成为在教育和研究创新领域享有国际影响力的城市。作为一所精英学院，比萨圣安娜大学的本科生教育依托于比萨大学，然而在入学考试、成绩评定和毕业审核等方面，均有比普通大学更高的标准。同时，作为一所研究型的大学，它更注重博士生的培养，以满足科学创新的需求。意大利只有两所大学拥有独立颁发博士学位的资格，分别就是比萨高等师范学校和比萨圣安娜大学。另外，它们所颁发的博士学位称谓（Perfezionamento）也有别于其他大学的博士学位称谓（Dottorato），在意大利是比一般的博士学位更高的学位。

比萨圣安娜大学不仅强调跨专业、国际化的科学研究，同时注重创新技术的实际应用。自1990年以来，比萨圣安娜大学作为spin-off企业的孵化器，推动了技术在生产中的运用。截至2006年底，已经培养了17个新兴自主创业公司，对于比萨区的高科技规模经济起到了举足轻重的作用。这17个公司的创立、与工业紧密合作的研究中心的建构、以及Pontedera的Polo Sant’Anna Valdera科学园地的成立，是学校致力于技术应用的最突出的表现。

比萨圣安娜大学每年举行一次全国性的招生考试，面向来自全意大利的高中生。在两天的笔试之后，只有不到30人可以进入下一轮的口试。口试官是来自本校和比萨大学的教授们。最终通过口试的十几人被最终录取为圣安娜大学的新生。除了必须和所有比萨大学学生一样参加各种课程外，圣安娜大学的学生被要求达到更高的标准，即所有课程平均分必须达到27/30，每门课最低分为24/30。另外还必须学习由本校提供的特殊课程及语言课程。当没有达到这些标准时，学生将被淘汰出圣安娜大学。当然，圣安娜大学的学生也享有其他学校没有的高待遇。在五年的本科学习中，所有学生享有免费的住宿和三餐，并有学校提供的用于海外学习的助学金。学校在校学生约1600多人，其中本科生146人，硕士生86人，博士生151以及高等培训学者约1300人。

2013年，圣安娜大学与法国格勒诺布尔高等商学院、重庆大学经济与工商管理学院三方联合培养工商管理博士（DBA），每年在中国招收20名学员，学员通过论文答辩，将授予圣安娜大学颁发的工商管理博士学位，中国教育部可认证。

比萨圣安娜大学与重庆的西南政法大学有合作协议。合作领域为应用科学研究与教学。计划合作领域包括出版物和科技信息互换，学生互换与互访，教师互换，促进和发展合作研究。该项目的负责人是Alfredo Massart教授。

2006年9月份，比萨圣安娜大学与浙江大学之间签署了全面的合作协议。主要合作对象为机能学院、生物医学工程与仪器学院和微系统中心。IEEE机器人与自动化协会前主席Paolo Dario教授于2007年开始在机能学院招收博士生，2008年开始将会在生物医学工程学院招收博士生。

此外，圣安娜大学还跟中国政法大学、清华大学、上海交通大学等有合作项目。

该校的现任校长是朱利亚诺·阿马托（Giuliano Amato，1938年5月13日－），生于都灵，1992年至1993年和2000年至2001年，阿马托两次出任意大利总理。

学校毕业生中，有很多活跃于政界。2013年4月24日，当选为意大利第55界国家总理的恩里克·莱塔（Enrico Letta），即为圣安娜高等研究学院的政治学毕业生。此外，现任意大利教育部部长Carozza女士兼任该校执行校长。