中世纪的大部分时间里，比萨强大的海军使得它在地中海西部横行一时。与西班牙、北非的贸易往来中，比萨积聚了大量商业财富，也为一场科学文化革命奠定了基础。这场革命的余威至今仍能从比萨的雄伟建筑中看出——尤其是从大教堂、洗礼池、墓园（斜塔）的身上。1248年，被热那亚打败后，比萨开始衰落；海港逐渐被淤泥填充更加速了比萨的没落。1406年，比萨投靠了佛罗伦萨。1944年的联合轰炸使这个城市遭受到有史以来最巨大的创伤。