毛腿鼠耳蝠中小体型，前臂长约42mm。头部较宽，两耳间距约5mm。第三、四、五指掌骨约等长。胫骨短，长约17mm。后足长，显著超过胫骨长之半，达60%。

毛腿鼠耳蝠体毛密而柔软，长5-6mm。背部整体暗棕褐色，中央灰色较两侧略重，背毛基浅灰色，毛尖淡褐色。腹毛污白色，毛基黑灰色，毛尖白色。尾基、胫骨背腹面内侧具有白色细毛，基部较密，部分在股间膜近后肢部形成毛边。爪尖白色，翼膜色同背色。

毛腿鼠耳蝠头骨吻鼻部扁宽，两侧向外鼓凸。鼻窦浅。额骨前端急剧隆起。脑颅圆，有直嵴但不特别发达。颧弓较粗壮。腭骨宽长，腭窦较浅。

毛腿鼠耳蝠上门齿每侧2枚，低小，均具后附尖。犬齿大，与门齿间隙明显。上前臼齿每侧3枚，第一上前臼齿约为犬齿的1/3，第二上前臼齿齿突高约为其前前臼齿的1/2高，排列不很紧密，均在齿列中。第三上臼齿缺失后尖，呈“N”形，各臼齿内侧齿突均为一个。下门齿每侧3枚，齿冠分3小叶，排列紧密。犬齿发达。下前臼齿每侧也为3枚，第二下前臼齿最小，但仅略小于第一下前臼齿，于第一、三下前臼齿间有较小的间隙，排列齿列中。