测定蛋白质的氨基酸组成首先要通过酸水解破坏蛋白质的肽键。典型酸水解的条件是：真空条件下，110℃，用6M盐酸水解16至72小时。然后水解的混合物（水解液）进行柱层析，通过柱层析可以将水解液中的每一种氨基酸分离出来并进行定量，这一过程称为氨基酸分析（amino acid analysis）。