明洪武元年（1368年），朱元璋部将徐达攻克大都，改元大都为“北平府”，水峪一带属其涿州房山县管辖。

明洪武四年（1371年）至明永乐三年（1405年），朝庭为了御敌安民、发展生产，实行军屯政策，相继十九次从山西移民三万余户，充实到京郊平原地带，垦荒屯田。水峪一带的早期先民由来于此。

明永乐十九年（1421年），明永乐皇帝朱棣迁都顺天府（今北京）。其后，水峪村隶属明顺天府房山县管辖。

明末清初，由于朝廷腐败，贪污成风，灾荒不断，内忧外患，有些山西移民后代辗转来到水峪落脚后繁衍生息。

清顺治元年（1644年）夏天，多尔衮率领清军占领北京地区后，清顺治年间袭明制，设顺天府，领5州22县。水峪村仍归房山县领属。

清康熙元年（1662年），房山县辖179村，水峪村属其一。

清朝中后期，随着南窖地区煤炭资源的开发和利用，南窖地区人口激增，南窖地方的兴盛带动水峪村的发展，水峪以出产木炭出名，同时为煤矿主提供了居住地。

民国三年（1914年），水峪村属京兆地方房山县管辖。

民国十七年（1928年），南京蒋介石政府成立，房山地区划归河北省管辖，水峪村属之。

民国二十七年（1938年），水峪一带被日伪控制。日本侵路者以高线为触角，疯狂掠夺南窖的煤炭资源，对南窖进行法西斯奴化统治，水峪等村遭到严重破坏。

民国二十九年（1940年）10月，中国共产党领导的八路军在大房山一带建立抗日民主政权，水峪村划归中共房良县五区管辖。

民国三十四年（1945年）8月至民国三十八年（1949年）9月，水峪村解放后，属解放区民主政权——房山县七区南窖乡管辖。

1950年至1958年4月，水峪村隶属北京市周口店区南窖乡管辖。

1958年9月，周口店区废除乡镇建制，实行人民公社制度。全区设8个公社，公社下设大队，水峪大队先后属于百花山公社及河北公社。

1960年，水峪大队划归北京市房山县南窖公社管辖。

1981年1月1日，水峪大队属北京市矿务局所属南窖公社管辖。

1983年3月，北京市撤销人民公社、大队建制，实行乡（镇）村建制。南窖公社更名为南窖乡，水峪村属北京市矿务局南窖乡管辖。水峪村在党支部的领导下成立村民委员会，实行土地承包制。

1993年1月，水峪村归属北京市房山区南窖乡管辖至今。

水峪村位于北京房山区南窖乡，距北京市区80公里。地处北京市境西南的深山腹地，地理坐标为北纬39°75′、东经115°82′，村域面积10平方公里。

水峪村在河谷东西两侧，略呈三角形。全村山地面积达96.7%，四周环山，群山环绕。村庄沿一条西北东南向的沟岩分布，地势为西南高东北低。

水峪村生态资源保护较好，林业覆盖率达73.6%。河谷两侧果树较多，山坡上多为灌木，覆盖率不高。

水峪村土壤为山地褐土，土层薄，肥力差。

南窖地区有“窖”形特色的沟谷地貌，大房山支脉将该地区割裂为南窖沟、中窖沟、水峪沟、大西沟两主两副四条沟谷，是山区中少有的适宜居住的富饶之地。水峪村形成于水峪沟，充足的水源是水峪先人在此选址建村的必要条件，村民还可以从周边山林获得木材、石材等各类资源用于建筑以及生产生活。

水峪村以太极八卦圆形图案，形成独特而完整的风水布局。村东长岭坨，原是自然形成的圆形土丘。后村民取土沤肥，将土丘掏平，村里重新用沙石垒砌，改造成平顶圆台，以象征中华民族祭祀文化的五色土填基，圆台周围镶有木格凭栏。今人称“赏月丘”，意思是站在这里，白天得享阳光沐浴，晚上即是赏月的绝佳之处——每到春秋两季，夜半时分，可欣赏到一轮明月落到纱帽山峰之上，因有“翠顶金珠”之景。长岭坨坐北朝南，位于太极图的上鱼眼位置，风水学上称“乾”位。与乾位南北（阴阳）对应的是位于娘娘庙的“坤”位。背北远处有一条长长的山梁——中窖梁成为村落的天然屏障，风水学里称“屏”，当地人叫“靠山”。靠山与长岭坨之间的孟港沟是风水学上的“后玄武”位置；对面南坡岭为传统村落的照山（也叫望山），属“前朱雀”位置；左有青龙、右有白虎护佑。

水峪村布局为圆形八卦格局。北部远处中窖梁为水峪天然屏障，风水中曰屏，当地人俗称“靠山”，使水峪村北高南低，与传统风水观点相符。东面纱帽山高耸挺拔，与东翁桥形成对景。整个村庄呈现自发形成的圆形布局，以南岭古商道和水系为十字轴的空间格局。以一条临水小路为村落主轴线，依山势蜿蜒而上。村庄依山势而建，南低北高。南、东、西三面存水，背山面水。水峪村以水为特点，村落形状以水为中轴，向水而建。东瓮门石刻“宁水”，以镇水患。住宅顺应山势，依山而建，背山面水，形成错落有序的割据形态，建筑分布在平面布局上呈现出阴阳鱼的形状。

水峪村中有5处主要开敞空间：村中心以戏台为核心的开敞空间；村西街石碾和道路交叉口开敞空间；村东街娘娘庙和大槐树开敞空间；杨家大院门前道路交叉口开敞空间；长岭坨开敞空间。

截至2008年7月，水峪村总人口436户，1031口人。

据2020年2月中国传统村落博物馆官网显示，水峪村以汉族为主，户籍人口1303人，常住人口1137人。

中华人民共和国成立后，水峪村民主要以采煤为生。2005年，北京市在当地实行退耕还林政策，让农民组织林业队、防火队，给村民工资补助和粮食补助。2006年，实行关闭小煤窑政策，村集体经济跌至低谷。此后水峪村实行以农业为主、农林副多种经营的村庄发展策略，并试验开拓文化旅游产业，进入到一三产结合发展的新时期。

2007年，水峪村实现经济总收入525.3万元，人均收入4514元，其中以农业和旅游业等相关新兴产业贡献突出，占到全村总收入的86%，同比增长42.7%，全村实现直接旅游收入166万元。

截至2008年7月，水峪村共有经济林6653亩，柿子、京枣39、核桃、仁用杏、中华圣桃、黄金梨种植面积较大且已完成无公害农产品认证工作；间作果品有板栗、樱桃、山楂、李子和千余亩五彩甘薯等林下杂粮。村内还建起了京枣39市级标准化种植基地和杂粮种植专业合作社。2008年，新建年出栏800头生猪的生态养猪场一座。

据2020年2月中国传统村落博物馆官网显示，水峪村村集体年收入3.2万元，村民人均年收入6000元。

杨家大院又名学坊院，始建于清朝乾隆年间。宅院主体建设以北方风格为基准，石砌而成；蟠龙门岭，檐下石雕花卉簇拥。院门有石鼓把守，门上是三根分别刻有“福”、“禄”、“寿”的椽子。

东街娘娘庙建于清康熙年间，坐北朝南，正殿三间，侧殿两间，立柱横梁上有彩色绘画，现已斑驳。院内原有棵古槐，“文革”时被毁。与娘娘庙正殿、门楼成一直线的罗锅桥，为拱形结构，虽已年代久远，依然牢固如初。殿内有圣母娘娘乘坐的大轿一架。

古石碾，用于碾压粮食，生产生活。水峪村有石碾128盘，其中最早的清道光年间的石碾至今仍为人所用，2008年被上海大世界基尼斯认证为“石碾收藏世界之最”。

水峪村经数百年的历史积淀形成了以中幡、大鼓、秧歌等为主的庙会文化。水峪村的中幡可以追溯到明洪武永乐年间，盛于清咸丰年间，据考证先由冯、邢二姓耍幡艺人相传，后又相继传给杨、崔、王等姓人家。起初是作为民间自发的堂会，仅限于村民自娱自乐表演。每逢庙会、重大民间节日，村民有耍幡祈雨纳福的风俗习惯，后来演化成集体型表演相传至今。

20世纪70年代中期，村里精通中幡的老艺人组建起了30人的中幡队。经过20多年发展，表演动作由传统的30余个丰富完善为60余个。2007年，水峪中幡成功入选北京市非物质文化遗产名录，在2008年代表房山区参加了奥运会开幕式前“京华情韵迎来客”垫场演出活动。2008年9月，水峪村举办了首届中幡文化节暨金秋采摘节。

年节习俗：大年三十，贴对联，放鞭炮，迎接已故的一代代先人回家过年。各家各户用青翠的柏枝，燃起年火，男女老少围在火旁谈笑，这便是所谓的“烤岁”。大年初一早上，女人们把饺子包好，第一盘孝敬给列祖列宗和各位长辈，给列祖列宗拜年。左昭右穆，男东女西，长辈在前，晚辈在后，庄严肃穆地面朝八仙桌磕头，然后各房晚辈依次去长辈家拜年，长辈给自己的晚辈发零钱、糖果、爆竹。正月十五放烟花，三晚辉光喧闹不夜天。正月里讨百家米做年糕给上学的孩子吃，期盼步步高升是水峪的老风俗。

埋胎衣习俗：起源于客家迁徙文化的埋胎衣，在水峪得到演绎。水峪人将胎衣埋于古道下，希望踩踏能带走噩运保佑平安。由于祖辈胎衣埋于道路石块下，因此古道格局得以完整保留，是以象征水峪命脉，也承载着世代水峪人的希望。

走会：走会就是沿街穿大街走小巷的表演文艺节目。基本路线为从西街到东街，又到老爷庙，最后到后岭门楼。

水峪岩画：元末明初，中原地区的壁画技艺由山西移民传至水峪后，经技术融合改进，形成了当地富有特色的石板彩绘岩画。水峪盛产一种平坦如纸的石板，古代工匠在构筑房屋时，为了装饰门庭，就在石板上做画，然后安装在门楼和墙体上，其绘画颜料用的是当地产的矿物盐（氧化汞、硫酸铜等），保存弥久。

水峪村出名物产有高山大黄梨、京枣39、李子、中华圣桃。

山果特产有：核桃、磨盘大柿子、栗子、杏、李子、梨、山里红、榛子、酸枣等等。

村落地方土特产有：黄金茶、山洞蘑菇、小米、玉米面、玉米糁、黄豆、绿豆、大豆、倭瓜、花椒、柴鸡蛋、杂粮、红薯、白薯等。

山地盛产玉米、小豆、高粱等典型北方杂粮，兼有茼蒿、木兰芽、香椿、花椒芽等山野菜地方特产。

特色菜：山野佳肴、农家炖菜、农家煎炸、农家蒸菜、乡村猪羊肉、压肉、花椒芽、花椒叶泡菜、柳树芽、摊柴鸡蛋、香椿炸鱼、茼蒿、木兰菜、山野菜、可食用的绿色中草药、食用菌、糟酸菜、泡菜、腌茼蒿、凉拌红薯、腌臭鸡蛋、秋黄瓜、长豆角、腌酸菜、凉拌苦麻菜、拌情人菜、侉炖鱼、拌河菜、蒲公英蘸酱、烧烤、刺菜等、土豆丝饼、野菜粥、压饸饹、棒渣粥、窝窝头、“象鼻子”、野菜春卷、拨鱼儿、豆面条、绿豆煎饼、羊肉系列烧烤等。

乘车路线：北京天桥917（早5：30—晚5：30）路河北支线至河北终点站，换乘南窖小公共（23路早6：00—晚7：30）汽车即可到达；或北京苹果园公共汽车站乘948（6：30—3：30）路到红煤厂站下车，换乘南窖乡小公共23路即可到达。

自驾路线自驾车下西三环—京石高速阎村出口-坨里-阎东路-108国道-南窖乡-水峪村（西三环—水峪村约80公里，行车时间约1小时30分钟）。

旅游线路规划：

1、民俗文化游览路线

沿村内南北水系——中幡广场——餐饮休闲区——水峪荷塘——高楼客栈——道光十八年碾子——三先生院——西翁桥——大先生院——四先生院——二先生院——街屋

2、古民居游览路线

沿村内南北水系——东翁桥——三间房——五间房——后头屋——后岭院落群——隗家小院——八卦田——阳台子上院——寿星院——娘娘庙——古槐树——小铺院——大小南场——杨家大院——古商道接待区

3、西山采摘观光园游览路线

果林观光区（柿子、核桃、京枣、金梨、板栗、山楂）——果林服务处——王位山原始次生林

4、生态休闲观光游览路线

沿村内南北水系——水库休闲垂钓——苇子草沟接待区——原始梯田观光区——南沟农家乐接待区

2021年11月12日，入选农业农村部办公厅公布的2010-2017年中国美丽休闲乡村监测合格名单。

2021年11月24日，入选2021年度“全国民主法治示范村（社区）”拟保留公示名单。

2022年4月，被授予“北京市农村工作（2017-2021年）先进集体”称号。