以水生生物作为指标,根据生物个体、种群和群落结构变化及生理、生化反应来说明水环境质量的过程。由于生物生存条件和对环境的适应能力不同,生存环境的改变将会引起生物种类、密度和生物形态的变化。水生生物监测就是利用这一特性监测水体的质量。其方法包括:采样,计数,种类鉴定,生物量测定,代谢活动率测量,毒性测定、污染物累积和生物放大以及生物数据的整理和解释。