水生真菌遍及鞭毛菌、接合菌、子囊菌和半知菌等亚门。江河、小溪中均有栖息。鼻盘菌属、水盘菌属常生长在清凉河水中的枝条上；半知菌生长在河底的烂叶上，从流水旋涡的泡沫内和浮渣上可搜集到它们的分生孢子。

湖泊、池塘等长年积水的静态水域，由于机械损害小，岸边富含氧气和有机物，比流动性的水体和漂浮在水面的花粉和果实有利于鞭毛菌的生长；淹没在水中的枝条有利于单毛菌、节水霉、芽枝菌和类腐霉等属的生长；在水中香蒲的死杆、灯心草上，常有多种子囊菌和半知菌；在掉落湖边或浸没于湖中的苔草、芦苇等的叶子和秆上常有半知菌，特别是属于腔孢类的半知菌；在沉没湖底变黑的叶子上,大多是具卷旋孢子的半知菌;在水底污泥中，常有壶菌和半知菌。水中的基物，水层的深浅，以及水的清浊，光线，温度，氧，酸碱度，水域的海拔高度等，都对水生真菌的分布产生影响。