营养体为发达的无隔菌丝体，成段缢缩,缢缩处虽相通,但可被纤维素颗粒堵塞。无性繁殖产生棃形至柱形的孢子囊，在孢子囊内形成具双鞭毛的游动孢子。有性生殖以配子囊接触配合形成卵孢子。藏卵器大多含一个卵球，少数含多个卵球。开始有卵球与卵周质的分化，所以在演化中比水霉目进化。

本目下分水节霉科与囊轴霉科2科，共8属约21种。其中的乳水节霉是一种常见的污水真菌，水轴霉是唯一能利用二氧化碳的真菌。