中心的发展思路是：1、特色发展。国家工程研究中心作为技术创新及科技成果转化基地，坚持科学发展观，致力于合理、高效、安全、持续开发利用水资源，并提供先进的监测与调度控制技术及产品、水生态环境处理设备、节水设备，为重大水资源开发与管理提供技术及工程咨询。2、市场导向。国家工程研究中心是开展工程技术创新与系统集成的科研实体，中心技术委员会为中心的技术开发、重大技术应用等提供决策咨询。中心研究的项目开发以“开放、协同、创新、发展”为宗旨，以现代项目管理技术为手段，以市场为导向，追求技术创新，重点研究、开发、生产符合市场需要的核心技术和优势成果。3、技术领先。国家工程研究中心采用以人为本的管理理念，吸引相关方面的专业人才，以市场为导向，以研发创新为保障，技术产业化集成化为核心，巩固和发展已有科技成果，不断产生有核心竞争力的创新成果，提升成果转化后产品的整体品牌与专业品牌形象，尽快形成国家工程研究中心在行业领域内的核心技术领先优势与人才优势地位。4、联合发展。国家工程研究中心的建设与运行需要同国内外科技单位合作，从而发挥组合优势，加快国家工程研究中心高新技术的研发能力；同时，国家工程研究中心还需要和企业集团进行横向联合，扩大国家工程研究中心产业化覆盖网络，从而推动水资源和工程安全的技术进步，增强行业竞争力。