刘肇当政时期，在法制上主张宽刑，他任用的掌管刑狱的廷尉陈宠，便是一个富于同情心的仁爱之人，每次断案，都依据经典，而“务从宽恕”。

刘肇对有过失之人，也能根据情况，从宽处理。永元九年（97年），窦太后死，由于宫廷紧守秘密，和帝为梁贵人所生的事实始终没予公开。太后死后，梁家才敢奏明朝廷，为梁贵人讨一个说法。这时和帝也才知道了自己的身世之谜。但在如何安置窦太后的问题上，三公上奏：“请依光武黜吕太后故事，贬窦太后尊号，不宜合葬先帝。”刘肇和帝却念及窦太后对自己的养育之恩，认为“恩不忍离，义不忍亏”，不应有所降黜，于是不降尊号，谥为章德皇后，而对梁贵人、宋贵人的问题也都妥善安置。梁贵人被追封皇太后。

东汉时期，为了加强中央集权，在宫廷内设置了中常侍、黄门侍郎、大黄门、小黄门等宦官职务。他们负责掌管传达皇帝的号令和诏书，阅览尚书进呈的文书。

在刘肇夺回政权的过程中，参与者除了清河王刘庆与司徒丁鸿之外，宦官郑众也帮助和帝搜寻了一些皇帝诛杀外戚的故事，为刘肇的决策提供了更多参考。虽然郑众所提出的建议并未被刘肇采纳，但当时大多官宦都依附窦氏，唯独郑众一心忠于汉室，不巴结窦氏一党，得到了汉和帝的信任。

刘肇夺回权力后，派郑众到皇后所居的长秋宫任职，担任大长秋，负责宣布传达皇后旨意，管理后宫事务，成为汉和帝皇后阴氏的近侍。

而在进行策勋班赏的过程中，和帝注意到，郑众总是推辞的多，接受的少，这种谦逊仁爱之心，很得刘肇的赞赏。因此，和帝常与他商量事情，所以《后汉书》作者范晔认为“中官用权，自(郑)众始焉”。

永元十四年（102年）六月辛卯，和帝下诏废黜阴皇后。和帝念及郑众伺候阴皇后多年有功，便沿用西汉吕后封宦官张释为建陵侯的做法，封郑众为鄛乡侯，食邑1千5百户。

永元初年，汉军征讨北匈奴，在经过稽落山之战、伊吾之战、河云北之战、金微山之战四次战役后，重创北匈奴。“北单于震慑，屏气蒙毡，遁走于乌孙之地，而漠北空矣。”北匈奴单于不知所踪，其弟右谷蠡王於除鞬自立为北匈奴单于，到蒲类海“款塞乞降”，东汉朝廷便以耿夔、任尚为“护匈奴中郎将”，领护北匈奴。自此，南、北两匈奴一并归东汉领护，史称“并恩两护”。此后，南北匈奴时有叛乱，但均被讨平。

永元五年（93年），东汉护送北匈奴 於除鞬单于归北庭，当时窦宪被诛，耿夔亦被免官夺爵，北匈奴单于於除鞬听闻后便趁机叛乱，刘肇派遣“护匈奴中郎将”任尚讨灭了北匈奴於除鞬单于。同年，南匈奴单于安国叛乱，为骨都侯喜斩杀。

永元六年（94年），北匈奴逢侯单于率胡兵出塞叛乱，九月，刘肇以光禄勋邓鸿为主将，统帅越骑校尉冯柱、行度辽将军朱徽、使匈奴中郎将杜崇征讨匈奴叛军，十一月，护乌桓校尉任尚率鲜卑大都护与乌桓大破逢候单于，冯柱遣兵追击复破之。

永元八年（96年）五月，南匈奴右温禺犊王叛乱寇边，七月，行度辽将军庞奋、越骑校尉冯柱追讨叛军，斩杀右温禺犊王。

永元二年（90年）夏，贵霜帝国君王卡德菲兹二世(阎膏珍)求娶大汉公主却被拒绝，便派副王谢率领7万大军长途奔袭，翻越葱岭(帕米尔高原)攻打东汉。班超手下兵少，大家十分恐慌，班超却说：“对方兵虽多，却跋涉千里，连军粮供不上，何足为惧？”贵霜大军本想速战速决，不料久攻不下，军粮也快没了。班超料到谢会派人向龟兹求援，就让数百名汉军埋伏途中，将贵霜人统统截杀，谢大惊失色，只好请罪求和。贵霜帝国大为震撼，从此每年都向东汉纳贡。

永元三年（91年）刘肇西巡期间，班超制服了西域的龟兹、姑墨、温宿等国。十二月，刘肇任命班超为西域都护，同时册封随行的龟兹国侍子白霸为王，派司马姚光护送他回到龟兹国继承王位。司马姚光到达后，与班超联手废黜了龟兹老国王尤利多，拥立白霸为新一任国王，并将尤利多押送至京师洛阳。班超驻守龟兹它乾城，西域只剩焉耆国、危须国、尉犁国怀有二心，其余皆定。

永元六年（94年）七月，班超率领西域八国联军7万余人，大破焉耆国、尉犁国、危须国、山国，并斩杀了焉耆与尉黎两国的国王，将其首级传送至京师洛阳，献于汉和帝。至此西域全体归降，向东汉送纳质子的有五十余国。

永元八年（96年）五月，车师后王叛乱。永元九年（97年）三月，西域长史王林击破车师后王并杀之。

永元六年（94年）十一月，任尚调动鲜卑大都护(苏拔廆)的军队击破北匈奴逢侯单于，次年（95年）正月，刘肇册立鲜卑大都护（苏拔廆）为率众王，同时置丞辅佐，视作汉之郡县。东汉政权赢得了鲜卑诸部广泛的认同与拥护，取得了良好的治理效果。东汉对鲜卑的有效治理，对中华民族共同体的形成和统一多民族国家的巩固做出了贡献。

由于鲜卑在北匈奴西迁后占据漠北，范围辽阔，东汉还设置了护乌桓校尉等机构，同时派遣度辽将军，与鲜卑大都护共同管理鲜卑。在臣服于东汉、接受东汉护乌桓校尉管理的同时，仍会有一些鲜卑人为获取生存物资而抢夺财物，但往往很快就被击破，如永元十三年（101年）十一月，有鲜卑人到右北平行盗寇之事，在进入渔阳后便被渔阳太守击破。

永元五年（93年），武陵郡兵大破武陵蛮，护羌校尉贯友讨伐烧当羌使其遁逃。

永元九年（97年）八月，羌人侵犯陇西杀长史，刘肇派遣征西将军刘尚、越骑校尉赵世等平定羌乱。

永元十三年（101年）八月，护羌校尉周鲔讨伐烧当羌，大破之。

永元十三年（101年）十二月，巫蛮叛乱，侵犯南郡，永元十四年（102年）四月，刘肇派遣使者都督荆州兵迫降巫蛮。

永元十四年（102年）春，安定郡兵攻灭烧何羌，于是西海(青海湖)与大小榆谷之地不再有羌寇。曹凤上奏说，大小榆谷土地肥美，有西海鱼盐之利，应当在此重新设立西海郡县，划定区域广开屯田。

刘肇采纳了他的建议，修缮故西海郡，派金城郡西部都尉驻守西海郡，同时拜曹凤为新一任金城郡西部都尉，驻兵于龙耆城，于是东汉在青海湖一带广增屯田，沿河驻扎的兵营共三十四部。直到汉安帝永初年间诸羌造反，才被裁撤。

永元一朝，武功赫赫，开疆拓土，四夷宾服。

刘肇十分体恤民众疾苦，亲政后关心民间疾苦，曾多次下诏赈济灾民、减免赋税、安置流民、勿违农时，并多次诏令理冤狱、恤鳏寡、矜孤弱、薄赋敛，告诫上下官吏认真思考造成天灾人祸的自身原因。

到了永兴元年（公元105年），东汉垦田面积达732万多顷，为东汉之最，在籍人口达5325万多人。

汉和帝在位时期，在科技上亦有不少建树。

公元105年，蔡伦在前人的基础上改造了纸张的制造技术，使中国的文字记录方式脱离了使用竹简的时代，同时造纸术也作为我们熟悉的中国古代四大发明之一而流传至今。

东汉对后世的另外一项贡献是制陶业的发展，它使中国彻底脱离了青铜时代的材料束缚，把一些以前为豪门贵族专有的用品带入了寻常百姓家。

永元十五年（103年），汉和帝采纳贾逵的建议，按照傅安提出的“用黄道坐标取代赤道坐标测算日月运行轨道”的构想，下诏制造“太史黄道铜仪”，是世界上第一台用黄道坐标测算日月运行轨道的天文仪器。

汉和帝得知班昭博古通今、学识过人，便下令班昭续写《汉书》，并允许她到皇家东观藏书阁内查阅史料，完成了我国第一部断代史《汉书》的编撰。

汉和帝多次召班昭入宫，为宫里的妃嫔讲学，后妃们敬仰她的学识，亲切地称她为“大家”。

刘肇发现五经的解说有异义，而且在文字书写上也不一样，便亲自到东观，阅览书林典籍，广选有技艺的人到东观任职；他还令贾逵修理旧文字，永元八年（公元96年），许慎从贾逵受学，采集史籀、李斯、扬雄的书，广泛访问民间，请贾逵考证，最终著成《说文解字》一书，是世界第一部字典，为汉字建立了理论体系，开创了部首检字法的先河，对后世影响深远。汉和帝还让左右近臣皆诵读诗书，宫中尚学之风浓厚。

当时太学策试出现了这种弊端：“太学试博士弟子，皆以意说，不修家法，私相容隐，开生奸路。每有策试，辄兴诤讼，论议纷错，互相是非。孔子称‘述而不作’，又曰‘吾犹及史之阙文’，疾史有所不知而不肯阙也。今不依章句，妄生穿凿，以遵师为非义，意说为得理，轻侮道术，浸以成俗，诚非诏书实选本意。” 徐防上疏的本意是“以《五经》久远，圣意难明，宜为章句，以悟后学”，他批评太学学风“不依章句，妄生穿凿，以遵师为非义，意说为得理”。而“私相容隐，开生奸路”的情况更加重了太学的浑浊。

永元十四年（102年）徐防针对太学的情况提出了策问改革的建议：“臣以为博士及甲乙策试，宜从其家章句，开五十难以试之。”汉和帝采纳了他的建议。这项重视章句、家法的改革，推动了古学的流行，并深刻地改变了当时的学术形态，使得经书文本开始标准化、新型的小章句形式的经注开始流行、经注开始注重内在统一性和体系性。与此同时，小章句形式的经注书籍促进了新的经典学习方式的成熟，通过独立阅读注本来研读经典。许多经注书籍因其完备性而开始突破门派限制，在更大范围内流传，并逐渐经典化。东汉中后期出现的马融、郑玄等人的经注，为后世学术的发展奠定了基础。后世以经学注疏为主导的学术形态，正是形成于汉和帝的太学策试改革。

汉章帝时，居巢侯刘般逝世，按规定应由长子刘恺袭爵，但为满足父亲的遗愿，他坚持让弟弟刘宪袭封，自己则逃往外地。执政官上奏请示收回刘恺封国，章帝嘉其义，特许等待他。而刘恺始终没有回来，十多年后，执政官又提起此事。对此，侍中贾逵上书说：“孔子曾说‘能以礼让，治理国家有什么难的呢？’有司没有推究刘恺此举的乐善之心，而是以平常之法加以处理，这样做恐怕不能助长礼让的风气，成就宽弘的教化啊！刘肇”深以为然，下诏说：“王法崇善，成人之美。”于是不仅同意刘宪袭爵，并还征刘恺为郎。

刘肇十分体恤民众疾苦，多次诏令理冤狱，恤鳏寡，矜孤弱，薄赋敛，告诫上下官吏认真思考造成天灾人祸的自身原因，而他也常常以此自责，如永元八年（96年）京城洛阳地区发生蝗灾，他下诏首先说：“蝗虫之异，殆不虚生，万方有罪，在予一人。”忧民之心，殷殷可见。

岭南（今广东地区）出产生龙眼、荔枝，为了满足朝廷需要，往往“十里一置，五里一候，昼夜传送”，经风历险，劳民伤财。唐羌上书，请求停止，刘肇批示：“远国珍羞，本以荐奉宗庙，苟有伤害，岂爱民之本？其敕太官勿复受献！”爱民之意，发自肺腑。

经过汉和帝的治理，东汉“远夷敬服，黎元宁康，万国协和”，各郡、各国前后进献的祥瑞多达八十一处，为历代之最。刘肇却自称德行浅薄，于是都隐没起来而不宣扬，因此这些祥瑞是什么样子都没有被记载。

永元六年（94年），西域五十余国全部纳质内属东汉后，远在四万里的海边国家条支、安息(帕提亚帝国)等国也译使纳贡，后汉书概括为“都护西指，则通译四万。”

永元十三年（101年），安息帝国君主满屈(帕科罗斯二世)向汉和帝进献狮子和“条支大鸟”(鸵鸟)，时人称之为“安息雀”，标志着活的鸵鸟第一次进入中国，汉和帝便让班昭作《大雀赋》记颂此事。

永元九年（97年），东汉使臣甘英奉命出使大秦（即罗马帝国）。甘英率领使团一行从龟兹（今新疆库车）出发，抵达条支（安条克城），至地中海东岸而返，进一步加强了东汉政府对中亚、西亚以及罗马帝国的了解。并将丝绸之路延伸至东地中海地区。

永元十二年(100年)冬，蒙奇、兜勒二国遣使内附，汉和帝赐其国王金印紫绶。经考证，蒙奇、兜勒分别是罗马帝国的马其顿行省和东方省推罗城，这是大汉帝国和罗马帝国的第一次直接接触，也是是欧洲与中国有史可据的首次直接交往。

根据2世纪托勒密《地理志》引用马林努斯（Marinus）《地理学概论》记载，一名叫梅斯·提提阿努斯（Maes Titianus）的蒙奇兜讷人（即马其顿商人）先从幼发拉底河到中亚石塔（Lithinos Prygos），又从石塔到赛里斯国（Seres）的赛拉（Sera）城（东汉首都洛阳），记述了石塔至赛拉城陆上丝绸之路——“塞拉之路”。”这与《后汉书》所载蒙奇兜勒使臣于公元100年11月到洛阳并受到东汉政府接待和赐予‘金印紫绶’的时间和史实相一致。

范晔《后汉书》：“自中兴以后，逮于永元，虽颇有弛张，而俱存不扰，是以齐民岁增，辟土世广。偏师出塞，则漠北地空；都护西指，则通译四万。岂其道远三代，术长前世？将服叛去来，自有数也？”；“孝和沈烈，率由前则。王赫自中，赐命强慝。抑没祥符，登显时德。”

《东观汉纪》：“朝无宠族，惠泽沾濡，外忧庶绩，内勤经艺，自左右近臣，皆诵诗书，德教在宽，仁恕并洽，是以黎元宁康，万国协和。”

苏顺：“冠斯往代，往代崎岖，诸夏擅命，爰兹发号，民乐其政，奄有万国。”

《帝王世纪》：“孝和之嗣世，正身履道，以奉大业，宾礼耆艾，动式旧典，宫无嫔嫱郑卫之燕，囿无般乐游畋之豫，躬履至德，虚静自损，是以屡获丰年，远近承风。”

李尤：“卓矣煌煌，永元之隆。含弘该要，周建大中。蓄纯和之优渥兮，化盛溢而兹丰。”

黄香：“惟永元之盛代，圣皇德之茂纯，躬烝烝之至孝，崇敬顺以奉天。以三载之孟春，建寅月之上旬，皇帝时加玄冕，简甲子之元辰。皇舆幸夫金根，六玄虬之连蜷，建螭龙以为旗，鸣节路之和銮。既臻庙以成礼，乃回轸而反宫，正朝服以享燕，撞太蔟之庭钟。祚蕃屏与鼎辅，暨夷蛮之君王，咸进爵於金罍，献万寿之玉觞。”

崔瑗：“玄景寝曜，云物见徵，冯相考妖，遂当帝躬，三载四海，遏密八音，如丧考妣，擗踊号吟，大遂既启，乃徂玄宫，永背神器，升遐皇穹，长夜冥冥，曷云其穷。”

李贤：“凡瑞应，自和帝以上，政事多美，近于有实，故书见于某处。自安帝以下，王道衰缺，容或虚饰，故书某处上言也。”

杜佑：“明章之后，天下无事，务在养民。至于孝和，人户滋殖。”

叶适：“东汉至孝和八十年间，上无败政，天下乂安。”