永宁土司与丽江土司存在一定血缘关系。早期永宁土司的辖境非常广大。后来永宁土司将木里（今木里藏族自治县）分封给了一位藏传佛教喇嘛；1710年，康熙帝将左所、前所之地赐予永宁土司的亲戚，此后永宁土司辖境大为缩小。

公元24年，永宁土司的祖先泥月乌来到了永宁。唐朝时臣服于南诏，宋朝时臣服于大理国。忽必烈率蒙古军队入侵大理国时，1253年，永宁土司和字归附。忽必烈留蒙古将领驻守永宁，此后的阿姓土司都自称是蒙古人的后代。1279年，以其地设永宁州。1279年，设北胜府永宁司。

1381年（洪武十四年）永宁土司卜都各吉至明廷朝见。1406年（永乐四年），明廷以其地设永宁府，隶属于四川布政使司；卜都各吉的后裔世袭永宁知府之职。1659年，永宁土司归顺清朝，被允许继续世袭永宁知府之职。