清康熙五十一年（1712年），多伦淖尔寺的整个工程全部完工，根据章嘉大师的提议，为多化淖尔庙敕额“汇宗寺”，“汇宗”一词出自《尚书·禹贡》篇，有“江汉朝宗于海”之意，从而有了正式的寺院名称。康熙帝据《夏书·禹贡》“江汉朝宗于海”寓意，赐名“汇宗寺”。

清康熙五十二年（1713年），康熙帝再次巡幸多伦淖尔，看到汇宗寺的恢宏壮观和来自内外蒙古王公也齐集在此，各旗的喇嘛在此静心诵经礼拜的情况，极为高兴。他认为这都是章嘉大师的功绩，宣布“黄教之事，由藏向东均归尔一人掌管”。从此正式确定章嘉大师总管内蒙古喇嘛教，也确认汇宗寺为其中心寺庙的地位。

清康熙五十三年（1714年）五月初一，康熙钦赐寺名为“汇宗寺”并题匾额、御书汇宗寺碑文和汉白玉碑一对。用满、蒙、汉、藏四种文字记载建寺经过。

民国三十四年（1945年），汇宗寺主大殿等建筑物毁于战火。

汇宗寺建筑规模宏大，布局井然有序，占地面积二百七十六亩，建有影壁、大山门、钟鼓楼、天王殿、藏经楼、十座佛仓、五座官仓等。主大殿高15米，重檐歇山式，殿顶覆盖青蓝色琉璃瓦，滚龙脊造型。殿内各种佛像神态各异，二过殿双坡硬山式，面阔三间，进深一间，门窗砖券为拱形饰雕刻。章嘉仓主大殿建筑规模仅次于汇宗寺主大殿，砖木结构为主，重檐歇山式，下层横七纵五，上层横五纵三，室内装修富丽堂皇。

汇宗寺为木质结构，殿高15米，坐落在条石基上，殿体前后是包厦。殿分为上下两层，由20根大梁柱支撑。北殿九九八十一间。整体造型十分精致美观，殿顶是蓝琉璃瓦滚龙脊造型，塑有相比黄金价值的1.5吨金黄色风磨铜庙顶一个、八卦图一个、羚羊二只，在主殿院落内有五层殿院，南北长约750米左右，东西宽约100米。

从整体布局上看，汇宗寺由南向北，共有五进院落，主要由康熙敕建庙、附属的善因寺、活佛仓、官仓和几十座当子房等建筑组成，建有影壁、跳舞场、大山门、钟鼓楼、天王殿、正大殿、后殿、东西配殿、佳仓、释迦佛殿、藏经楼等，整个建筑群以汉式建筑形制为主，融入蒙古、满、藏艺术内涵，外形金碧辉煌，庄严宏丽。

大雄宝殿与北京护国寺相仿，楼两面每层63间，高15米砖木结构。殿体前后包厦，殿顶覆以青蓝色琉璃瓦，滚龙脊，正脊上塑有风磨铜庙顶一个，密宗法轮金钢图一个，金羚羊二只，风玲、铁马若干，造型精致美观，具有典型的清代中原建筑风格。

雍正帝又在汇宗寺西建有一处近200余间房屋的花园式别墅，赐予嫁给外蒙古首领的女儿，取名会心寺；后嘉庆皇帝又将此寺赐予甘珠尔瓦三世活佛，从此，会心寺也成为汇宗寺的一部分。

多伦喇嘛庙包括四部分：第一部分是两座主体庙，即汇宗寺和善因寺；第二部分是十三处转世活佛仓，每一处寺院居住一位活佛，分别来自于西藏，尼泊尔、青海、蒙古各地的高级僧侣，具有代表一方的意义，接受章嘉活佛的管理；第三部分是十座官仓，汇宗寺和善因寺各五处；另外的120多处四合院式的当子房，蒙古各旗各占据一处院落，作为各旗与清政府取得联系的办事机构。整个寺院占地面积超过700多亩，拥有僧众3000多名，拥有的沙弥那尔户（租银地）人口有两万多人，形成了一个有权力有财产的喇嘛庙之城。可惜的是，从1913年以后，由于政治局势的日益变化，多伦作为一个重要的战略要地，战争频繁，汇宗寺屡遭破坏，到1945年底，已是残垣断壁，再加“文革”的破坏，往日的辉煌已随历史而湮灭。

汇宗寺是清王朝敕建的皇家寺院，由哲布尊丹巴活佛主持设计、建造。

清康熙四十四年（1705年），册封章嘉呼图克图为大国师，颁赏金印，住持汇宗寺，内外蒙古各旗均派一名品学兼优的喇嘛常住该寺。

清雍正十年（1732年），外蒙古哲布尊丹巴活佛因故移居多伦淖尔，成为整个蒙古地区藏传佛教中心。

2005年7月21日，中国佛教协会副会长、北京雍和宫住持嘉木样·图布丹大师率四十多名弟子举行了佛像开光仪式，七万多人参加。

汇宗寺是内蒙古藏传佛教中宗教等级最高、宗教权力最大、云集活佛最多、影响力最广的寺庙建筑群组。汇宗寺的兴建对于巩固北部边疆，奠定清王朝版图具有重大的历史意义。汇宗寺的兴建对于研究漠南藏传佛教在内蒙古地区的发生和发展有着极其重要的地位。

1987年，汇宗寺被确定为县级重点文物保护单位。

1995年，汇宗寺被确定为自治区级重点文物保护单位。

2001年6月25日，汇宗寺被中华人民共和国国务院公布为第五批全国重点文物保护单位名单。

汇宗寺位于内蒙古自治区锡林郭勒盟多伦县城北。

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