一麟为此上疏，力救吴时来，使之得以释放。不久一麟调任广平府 (治今河北省永年县) 知府。隆庆元年(1567)，朝廷考察天下官员政绩，一麟在广平府知府任上被评为第一。不久东南各地倭寇蜂起，因一麟政绩突出，升监军副使，前往广东征讨倭寇。广东百姓为图小利，卖米给倭寇，以此求得一时安宁。一麟到任后，当即令各地不准将粮食卖给倭寇，以此孤立倭寇，形成围困之势，次第荡平。因战功升右副都御史，兼贵州巡抚。在贵州，苗族首领叶楷凭险为祸，侵害苗民。一麟设离间之计，直捣叶楷老窝，为苗民除害。并上疏朝廷，奏请建立长宁县(在今四川境内)以便治理，获得批准。旋升为都御史，兼户部侍郎，总督治理淮河之务。万历八年(1580)，因病在任上去世。