本会的宗旨是团结广大中西医结合医学科学技术工作者，遵守国家宪法、法律和法规，执行国家发展医学科技事业的方针和政策。崇尚医学道德，弘扬社会正气。坚持民主办会原则，充分发扬学术民主，贯彻“百花齐放、百家争鸣”方针，促进中西医结合学术的繁荣和发展，促进中西医结合医学科学技术的普及和推广，促进中西医结合医学科技人才的成长和提高，积极开展中西医结合科技咨询工作，为人民健康和社会主义现代化建设服务。学会依法维护中西医结合科学技术工作者的合法权益，为医学科学技术工作者服务。本会贯彻执行国家科学技术工作、卫生工作及中医药工作的方针政策。坚持中西医结合方针，围绕各个时期的国家和省科学研究重点及卫生工作任务，积极开展学术活动。在学术活动中，提倡辩证唯物主义和历史唯物主义，加强中西医结合研究，逐步融会贯通中西医学，促进具有中国特色的中西医结合医学科学技术的发展。