江苏省农业科学院植物保护研究所的前身是创建于1931年的中央农业实验所植物病虫害系，1950年更名为华东农业科学研究所植物病虫害系，1960年更名为中国农业科学院江苏分院植物保护系，1978年开始启用现名称。现实验楼为1932年的民国建筑。在这朴实无华的实验楼中，诞生了国家植病四大泰斗之一的植物病理学家朱凤美先生，荣获国家科技进步一等奖的杜正文先生，获得国家、省突出贡献专家称号的顾本康、王裕中先生，享受国务院特殊津贴的曹赤阳、过崇俭、王法明、肖庆璞、顾正远、陈毓苓等先生。在历任所领导中，出现了现任云南省委副书记的仇和同志及现任江苏省科技厅常务副厅长王秦同志。