1949年8月，南通市人民法院成立。1955年10月改称江苏省南通地区中级人民法院。1983年3月，实行市管县体制，撤销南通地区中级人民法院建制，合并组建江苏省南通市中级人民法院。南通市中级人民法院现设有立案一庭、立案二庭、刑事审判第一庭、刑事审判第二庭、民事审判第一庭、民事审判第二庭、知识产权审判庭、行政审判庭、审判监督庭和执行局（含执行裁决处、执行实施处、综合协调处）等10个审判部门，以及组织人事处、宣传教育处、法官培训处、机关党委、办公室、行政装备处、纪检监察处、审判管理办公室、研究室、法警支队、司法鉴定处等11个综合部门。辖区有海安县、如东县、如皋市、海门市、启东市等5家县（市）法院和通州区、崇川区、港闸区、经济技术开发区等4家区法院，共设有34个基层人民法庭。中级法院审判办公楼坐落于南通市崇川区工农路246号。全院现有人员260人，正式在编人员中，本科以上学历占总人数的73.4%，其中博士2人、硕士53人，占总人数的21.1%。审判一线法官全部达到本科以上学历，中院每年受理各类案件6000余件。