1990年6月，江苏省档案局与省档案馆分开。省档案局作为省政府的职能部门，内设一处（文书档案管理处）、二处（科技档案管理处）、三处（法制教育处）、办公室。省档案馆为省委、省政府直属文化事业单位，内设管理部、技术部、编研部、征集部、办公室5个部门。

1995年8月，根据省委、省政府印发的苏发〔1995〕20号文件，江苏省档案馆与江苏省档案局合并，为省委、省政府直属正厅级事业单位，由省委办公厅管理，列编制101人。内设机构9个，包括办公室和人事处2个综合处室，6个职能处室。

2001年5月，按照省编委批准的省档案局、馆机构调整方案，局馆内设办公室、人事处（老干办）、机关党委(工会)、业务指导处、科技处、法规宣教处、征集接收处、社会事业处、管理部、利用部、保护技术部等共有11个机构，以及数字档案中心、档案展览陈列馆2个直属事业单位。

2018年10月，根据中办、国办印发的《江苏省机构改革方案》，省档案局（省档案馆）的行政职能划转给省委办公厅，不再保留省档案局，省档案馆作为省委直属事业单位。

2019年11月，根据省委办公厅印发的苏办〔2019〕107号文，江苏省档案馆为中共江苏省委直属事业单位，正厅级，列编制126人，内设机构12个，设馆长1名，副馆长4名。直属公益一类事业单位2个，全额拨款事业编制31名。

2020年3月，经省委组织部重新认定，省档案馆为参照公务员法管理单位。

（一）贯彻执行党和国家、本省有关档案管理的法律法规规章及有关规定，研究起草全省档案工作业务标准规范草案。

（二）受档案行政管理部门委托，负责档案违法行为的查处，指导市、县（市、区）档案馆、省属单位及经济社会、科教文卫系统和重点工程等领域档案业务工作。

（三）集中统一管理省属单位重要档案和江苏历史档案资料。依法依规接收省属单位档案，征集重大活动、重要事件、重大项目、重要人物及对国家和社会有保存价值的档案资料。

（四）开展档案的整理、鉴定、保管、统计等各项业务工作，依法公布档案，提供档案服务。

（五）组织档案的宣传和出版工作，举办档案陈列展览，研究编纂档案史料，为省委、省政府决策提供参考。

（六）负责档案现代化建设和档案科研管理工作，组织档案科学技术研究，开展档案技术保护。

（七）推进全省档案馆（室）信息化建设，组织开展省级重要公共数据、电子档案、档案数字化成果的接收、技术指导和日常维护工作。

（八）组织馆际业务交流和境外档案征集，开展档案培训，做好档案专业技术职称工作，推动档案人才队伍建设。

（九）完成省委、省政府交办的其他任务。

江苏省档案局局长、档案馆馆长：顾俊

江苏省档案馆副馆长：陈万田

江苏省档案馆副馆长：孙敏

江苏省档案馆副馆长：薛春刚

江苏省档案馆一级巡视员：赵深

江苏省档案馆一级巡视员：宫琳

江苏省档案馆二级巡视员：邹华

（一）办公室（政策研究室）

负责档案馆日常运转，承担文秘、机要、档案、保密、信访、会务、财务、后勤、资产管理、督查督办；制订并实施馆中长期发展规划及年度计划，开展档案工作政策研究；负责起草综合文稿。

（二）人事处（老干部处）

负责档案馆干部人事、机构编制、队伍建设、教育培训等工作，做好老干部服务工作；做好档案职称工作；承担对外交流工作。

（三）机关党委

负责机关和所属事业单位党群工作。

（四）业务指导处

受委托承担对全省各级各类档案馆业务指导工作，推进省各行业主管部门完善档案业务规范，开展专业档案制度体系建设；承担企事业单位、团体、其他组织和新农村建设、民生等重要领域的档案业务指导工作，组织重点工程项目、重大科技成果档案指导验收；受委托查处档案违法行为。

（五）档案信息化处

指导全省数字档案馆业务，做好电子档案容灾备份和档案数据安全工作；推进省档案馆档案信息化建设，承担接收范围内省级机关单位、省属各大数据平台电子档案技术指导、接收、存储与维护。

（六）宣传教育处

负责档案宣传工作，承担档案信息网站和微信微博等新媒体的信息发布和管理维护；组织档案专业教育培训与档案人才培养。

（七）征集处

制订档案征集工作规划并组织实施；面向社会广泛征集整理重大活动、重要事件、重大项目、重要人物档案，定期移交进馆；开展口述历史采集建档，丰富红色档案资源。

（八）接收保管处

负责省属进馆单位档案业务指导工作，定期组织归档信息审核，实施档案质量监管；承担馆藏档案资料整理、保管、统计及库房管理；负责全宗指南编写和档案馆指南的编制工作。

（九）鉴定利用处

负责档案利用咨询、查档接待和利用统计分析；承担省级机关政府信息公开文件接收、整理、上架和查阅服务；组织开展馆藏档案资料的鉴定划控，依法开放档案。

（十）档案资源开发处

负责重要档案史料和历史课题的研究、编纂、出版及多媒体制作；承担省档案陈列展览策划，受委托指导全省档案爱国主义教育基地、全国中小学生档案教育实践基地建设；加强对社会重点、热点问题研究，提供档案资政服务。

（十一）技术保护处

组织档案科学技术研究、成果验收，档案标准规范研究起草、现代科技成果在档案馆工作中的应用；开展档案技术保护工作，负责档案保管、保护技术装备计划制订，设备配置使用与运行维护；承担档案史料的抢救、修复和仿真复制等工作。

（十二）保卫处

组织开展档案馆日常和重大活动的安全保卫，负责人防、物防、技防和消防工作；建立健全安全保卫制度，完善各类应急预案，负责保卫值班，做好馆内治安综合治理；负责物业管理，做好安全设施设备的运行维护。

江苏省数字档案中心

开展档案技术研究，促进档案科技发展。档案资料数字化和电子文件的技术研究和应用。省馆档案数字化和档案信息网建设。档案相关业务培训。

江苏省档案展览陈列馆

充分挖掘和综合利用我省档案资源，促进档案事业发展。编辑、出版、发行《档案与建设》期刊，相关资料销售，利用印刷品发布广告，开展机关宣传工作。

江苏省档案学会

江苏省档案学会成立于1981年9月。分别于1997年、2003年及2012年换届。现为江苏省档案学会第六届理事会任职。本团体是各省辖市档案学会、省各专业档案研究会、本会各团体会员单位以及个人会员依法自愿结成的具有法人资格的省级非营利性学术性社会组织。学会的主要任务是组织会员和广大档案工作者开展档案学术研究与交流。

2021年6月，江苏省档案馆档案资源开发处党支部入选江苏省级机关“两优一先”拟表彰对象。

2024年9月2日，在“2024年档案工匠技能（档案仿真复制）大赛”中获得三等奖。

2024年6月14日，《仲子世家谱》《仲里广志》捐赠仪式在江苏省档案馆举行。