1948年3月，江西省政府将农业院与省垦务处合并为农业改进处，6个月后又将农业改进所改为江西农林处，迁至南昌市，主管农业行政和农业技术推广。农业院伍农岗原址改称农林试验总场，为农林处直属事业单位，主事农林牧试验和品种选育工作。场内设9组2室1处。9组为作物组、昆虫组、病理组、农化组、畜牧组、园艺组、森林组、农具组、血清组；2室为秘书室和会计室；1处为总务处。全场有职工214人，其中科技人员56人，钟毅为第一任总场场长。

1950年，江西省农事试验总场撤消，更名为江西省农业科学研究所，丁景才任所长。所内行政机构设秘书室、总务科，业务机构设作物组、应用植物组（4个月后并入作物组）、园艺组、农化组、畜牧组、森林组、昆虫组、病理组，血清制造厂。全所有科技干部110人。1953年，撤消森林组，划归省林业厅，成立省林科所。所内原有的业务机构全部由组更名为系，并增设生物药品制造厂、横岗示范农场。1960年，所内行政机构增设人事科，业务机构增设农机系、棉作系、农经系、同位素农业应用系、资料室，昆虫系和植病系合并为植保系，农化系更名为土肥系。全所有职工1606人（含试验农场工人），其中科技人员232人，科技干部中农技师13人、技术员71人、技术助理员72人。1963年经省编委批准，由省农科所农机系和南昌县农业机械化试验站合并成立江西省农业厅农业机械试验鉴定站，地址在莲塘龚家湖，下设农机试验工厂。

1968年，文化大革命时期，江西省农业科学研究所被撤消。除十几名科技人员调往省革委五七农场外，其余科技人员下放农村劳动，工人调往红旗农场、蚕桑场、四新农场、莲塘垦殖场、瑶湖水产场。所有试验田地移交给6011支左部队耕种。房屋部分移交给6011部队，部分移交给江西手扶拖拉机厂。科学仪器、图书资料集中留守。1970年，除保留一套较全的科学仪器外，其余调拨九江、宜春、上饶、抚州、赣州、吉安六个地区。1971年5月13日，在南昌县红旗垦殖场的基础上恢复江西省农业科学研究所，所址在南昌县横岗江西省良种繁殖场内。科技人员陆续返回，科研工作得于重新开始，公唐水任所长。所内设政工组、科研生产组。下设作物系、植物保护系、土壤肥料系、园艺系、畜牧系、农机组、情报资料室及良种示范场。全所有科研人员150余人。1975年4月，省农科所由横岗迁回莲塘伍农岗原址。

1975年12月10日，经中共江西省委批准，将江西省农业科学研究所与江西省农业干部学校合并成立了江西省农业科学院，隶属江西省农业厅。王希仁任党委书记兼院长。行政管理设4处1室，即政治处、科研处、生产处、总务处和办公室。专业机构设作物研究所、植保研究所、果树研究所、畜牧兽医研究所、农机试验鉴定站、菌种站、情报资料室、农技干部短训班。厅直属良种繁殖场（南昌县横岗）、红壤研究所（进贤县张王庙）、水产研究所（南昌市郊叶楼）、棉花研究所（九江县港口）、蚕桑茶叶研究所（南昌县梁家渡）、养蜂研究所（南昌县伍农岗）等单位，均加冠江西省农业科学院的名称。1978年9月26日，经上级批准，创办江西省农科院农业科技大学，后改名为江西省农科院大专班，从江西共大总校分拨208名新生，设有5个专业，大专班只招收过一届学生，1981年7月毕业后停办。1980年10月27日省农科院农技干部短训班划归省农业厅直接领导。

1986年2月25日，经省委常委会研究，同意将省农业科学院升格为副厅（局）级机构，仍隶属省农牧渔业厅。院内外机构进一步调整为11所，均为省级独立科研机构。1988年2月1日，经江西省机构编制委员会批准，院机关设办公室（含保留保卫科牌子）、劳动人事处、科研处、计财处、总务处五个副处级机构，院内研究所设水稻研究所、耕作栽培研究所、旱作研究所、植物保护研究所、园艺研究所、畜牧兽医研究所、农业经济研究所共七个研究所，定为相当于副处级机构。1988年4月7日，经江西省机构编制委员会批准，院内科技情报研究所、菌种站、农机试验鉴定站、综合实验室四个机构，均定为副处级机构。1994年9月成立蔬菜花卉研究所。

1995年3月25日，省委常委会研究，同意将省农业科学院改为直属省政府领导的正厅级事业单位。1995年8月28日，经省机构编制委员会办公室审核，并报省人民政府批准，院机关设6个处（室）和直属机关党委（后经请示仍设党委办公室）。院内12个科研机构，均为正处级机构。原子能应用研究室改为原子能应用研究所（副处级单位）。1995年9月8日，设立纪律检查委员会，年底设立监察室（正处级）。经省编委同意，1996年12月，成立“江西省农业科学院生物工程中心”，挂靠在测试所。1999年成立“食品加工研究开发中心”，挂靠测试所。1997年9月“农业部肉及肉制品质量监督检验测试中心”通过国家计量认证和农业部的审查验收，授权开展肉及肉制品的质量检测工作。

2000年，院生产管理处更名为院科技开发处。2000年底“江西省农科院绿色食品环境检测中心”通过了省计量认证，授权开展绿色食品生产环境的检测工作。2001年5月，经国家绿色食品发展中心授权成立“绿色食品产品质量监测中心（南昌），承担江西省和邻省的绿色食品的申报检验和监督抽查检验任务。2002年，省质量技术监督局同意“江西省农副产品质量监督检验站”正式更名为“江西省无公害农产品质量监督检验站”。2003年农业部质量安全中心授权成立全国首批江西省唯一一家“无公害农产品安全检测机构”。2003年7月“江西省农业工程咨询中心”成立。2003年12月，经国家环境保护总局批准获得建设项目环境影响评价资格，成立“江西省农业科学院环境评价中心”。

截至2016年8月，农科院共有职工983人，其中在职职工597人；在职职工中，专业技术人员482人，其中中国工程院院士1人、高级专业技术人才有245人；博士111人、硕士144人；享受国务院特殊津贴专家38人、享受省政府特殊津贴专家6人，全国杰出专业技术人才1名、中组部第二批“万人计划”青年拔尖人才1名、农业部农业科研杰出人才1名、国家现代农业产业技术体系科学家岗位4个，试验站站长9个； 赣鄱英才“555工程”14人、新世纪百千万人才工程26人；农业部农业科研创新团队1个，省级优势科技创新团队5个；省级学科带头人10人。

中国工程院专职院士（1人）：颜龙安

中组部第二批“万人计划”青年拔尖人才（1人）：李艳大

农业部农业科研杰出人才（1人）：刘光荣

农业部农业科研创新团队（1个）：红壤改良与于资源高效利用创新团队

截至2016年8月，农科院设有15个研究所（中心），建有水稻国家工程实验室、国家红壤改良工程技术研究中心、国家水稻育种改良南昌分中心、农业部肉猪质量安全监督检验中心（南昌）实验室等8个部级（分）中心（站），以及9个重点实验室、8个检测咨询中心。

部级（分）中心（站、基地）：水稻国家工程实验室、国家红壤改良工程技术研究中心、国家农业科学数据共享中心江西动物科学数据采集站、国家信息农业工程技术中心江西试验示范基地、国家大宗蔬菜产业技术体系南昌综合试验站、中国南方航天育种中心、农业环境研究室和绿肥研究室以及绿色食品环境检测中心、江西省水稻区域技术创新中心（农业部）、农业部双季稻营养与农业环境科学观测实验站、农业部江西省食用菌良种繁育基地、农业部肉及肉制品质量监督检验测试中心。

省部级重点实验室：农业部长江中下游作物生理生态与耕作重点实验室、江西省水稻生理及遗传重点实验室、江西省农业生态与资源利用重点实验室、江西省作物种质创新与利用重点实验室、江西省农业废弃物综合利用重点实验室。

江西省工程技术研究中心：江西省红壤工程技术研究中心。

研究所（中心）：江西省农业科学院水稻研究所、江西省农业科学院作物研究所、江西省农业科学院畜牧兽医研究所、江西省农业科学院园艺研究所、江西省农业科学院土肥与资环研究所、江西省农业科学院蔬菜花卉研究所、江西省农业科学院农业微生物研究所、江西省农业科学院植物保护研究所、江西省农业科学院农业经济与信息研究所、江西省农业科学院农业工程研究所、江西省农业科学院农产品质量安全与标准研究所、江西省农业科学院农产品加工研究所、江西省超级水稻研究发展中心、基地管理中心、后勤服务中心。

截至2003年底，农科院拥有气相色谱仪、液相色谱仪、原子吸收分光光度计、原子荧光光谱仪、紫外分光光度计、高速冷冻离心机等先进精密仪器。建有人工气候室和试验基地。在南昌市民营科技园区建有50万居里的CO60辐照装置。

1980-2003年，农科院兴建了综合实验室楼、旱作植保研究所办公楼、水稻研究所办公楼、海南育种基地、畜牧研究所办公楼、院机关办公楼、作物遗传育种重点实验室等科研设施工程总建筑面积22100平方米；共建职工宿舍24栋，建筑面积32642平方米。

截至2016年1月，农科院还建有院本部、高安基地、横岗基地、海南基地、东乡基地，占地面积8440亩，科研试验用地6900亩。投资1.8亿元、面积3.9万平方米的省农科院综合实验楼建设获批立项要。高安基地建设投入资金2亿多元，建成高标准农田、灌溉水系、作业区、职工之家、昌栗高速连接线、科胜路等基础工程。农科院先后为职工建成了768套团购商品房，投入1000多万元美化亮化院部环境。

十二五期间，农科院牵头成立了江西农业科技创新联盟，与中国农科院、中国热带农科院、中国科学院、中国水产科学研究院、中国农业大学等一大批国家级院校，以及其他省市农科院广泛合作，全院80%以上的国家部委项目、60%以上的科研经费都来自开放合作。

农科院参与“一带一路”建设。加强了与联合国粮农组织（FAO）、国际有机食品联盟、世界杂交水稻联盟、亚太种子协会等国际机构以及五大洲15个国家的合作，在超级稻、土壤肥料、蔬菜、果树等领域开展多形式合作研究与交流；深化与日本冈山、韩国全罗南道农业技术院的科技合作；加强与东盟国家的农业交流，自2007年起先后共举办了7期国际杂交稻技术及1期非洲农业技术管理培训班，在非洲国家实施了“杂交水稻研发与推广项目”。

农科院先后与萍乡、吉安、宜春等11个设区市合作服务基层，与中国种业集团、正邦集团等龙头企业联手，推进科技成果转化应用。

农科院主动承办第十三届世界芦笋大会、全国农产品加工科技创新与推广活动。尤其是第13届世界芦笋大会首次在中国，在南昌召开，省农科院发起并领先开展由中国、美国、意大利等国参与的芦笋基因组计划国际合作项目“芦笋基因组测序分析”。

20世纪30年代，农科院选育出了高秆水稻品种“南特号”，仅1956-1962年在全国累计推广面积4亿多亩，创造了中国高秆品种推广面积之最；60至70年代，培育的“莲塘早”、“6044”、“7055”等中国第一批矮秆品种，推动了长江中下游双季稻的发展。其中，省农科院是三系杂交水稻的主要发明单位之一，颜龙安院士培育的“珍汕97A”是世界应用时间最长、规模最大、配组最多的不育系。

自改革开放始到2016年8月止，农科院共承担各类科研项目3825项，获各类科研奖励387项，其中国家发明特等奖1项，国家科技进步特等奖1项，全国科学技术大会奖3项，国家科技进步二等奖、江西省科技进步一等奖等省（部）级以上科学技术成果奖励185项，审定农作物新品种191个。

十二五期间，农科院科研经费总量达到4.25亿元，是“十一五”期间的3倍以上。获国家自然科学基金立项资助42项，其中2015年13项，在全国31个省市农科院排名第10位。共获3个国家科学技术奖，34项省部级成果奖。

“十二五”期间，农科院共获国家科技进步奖特等奖1项（参与），国家科技进步二等奖2项（主持1项，参与完成1项）。其中，农科院主持完成的国家科技支撑计划项目“长江中游东南部双季稻丰产高效关键技术与应用”成果获2013年度国家科技进步二等奖，成为江西省种植业领域具有完全自主知识产权、唯一获得国家科技进步奖二等奖的成果。该项目关键技术在赣、晥、湘、闽累计示范推广1.8亿亩，对促进本区域粮食丰产丰收、保障国家粮食安全起到了重大作用。

“十二五”期间，农科院成功申报了超千万元的国家科技支撑计划项目5项：“红壤耕地次生障碍修复技术研究与集成示范”“粮食丰产科技工程”“江西双季稻大面积均衡增产技术集成研究与示范”“低温灾害防控关键技术研究与应用”和“长江中游东部（江西）水稻丰产节水节肥技术集成与示范”。

2006年至2013年底，农科院先后承担了各类科研项目1043项，包括国家级大项目265余项，主持国家粮食丰产科技工程三期项目、“江南地区冷浸田治理技术研究与示范”和“芦笋产业技术研究与试验示范”两个国家公益性行业专项等经费超千万元的项目达12个。

2017年，农科院共获批立项科研项目102项，到位科研经费9565万元，较上年增加1093万元。新增国家重点研发计划项目（课题）9项，国家自然基金8项，省部级40余项。获各级各类科技成果奖励20项。其中，国家科技进步二等奖1项，江西省自然科学奖1项，江西省科技进步奖3项，其他厅局级奖励15项。发表科技论文191篇，其中，领衔的国际芦笋基因组测序完成，并在国际名刊《自然通讯》发表论文，实现了“江西芦笋研究领跑世界”。SCI收录31篇，第一作者收录数为145篇。

2016年，农科院共获授权专利44项，其中发明专利25项。新品种审定15个，有重大效益的技术推广2项，新品种示范推广5个，推广应用面积1500余万亩。筹建完成了“江西省农业知识产权交易中心”，2016年全院有9项成果申请了转化，有5项成果（3个水稻品种、1个发明专利、1个苦瓜品种）成功完成交易。

2017年，农科院共有8项成果（6个水稻品种、1个发明专利、1个油菜品种）成功完成交易，交易总金额273万元。获得授权专利32件，其中发明专利17件，实用新型专利12件，软件著作权3件。审定(认定)植物新品种12个，其中国家审定品种1个，国家登记品种2个，省级审定品种9个。

“十二五”期间，农科院与农业部门的百千万工程、科技部门的特派团相衔接，强力推进“五百四万”工程，即“组织百名专家，推广百项实用技术，举办百场咨询、对接百村（企）科技示范，服务百日生产一线”的科技服务活动和“万亩水稻、万亩蔬菜、万亩瓜果和万元亩”，近40位专家被任命为省科技特派团团长，每年派出10000余人次指导各地农业生产。农科院先后选派了一批科技干部挂职乡镇，为全省各地绿色农业发展提供咨询及规划服务。2013年，省农科院与萍乡市政府签订的科技战略合作协议，分两批次选派了11名青年科技人员到莲花县各乡镇挂职锻炼。农科院先后为井冈山、南昌、景德镇、宜春等国家级园区及市县编制100余份农业科技发展总体规划；为宜丰、永新、铜鼓、贵溪、靖安、乐安等20余个县编制了绿色农业发展规划。

2017年，农科院牵头组建全省农业送科技下乡粮食生产、畜禽生产、农产品质量安全3个服务分队，分别赴宜春、上饶、南昌等地，开展农业生产科技服务活动11次。选派了215名科技特派员，组成60个省科技特派团，服务全省53个县市区，涉及江西省水稻、蔬菜、食用菌等优势特色产业，开展科技特派团服务1000余人次。开展相关培训28余期，培训2000余人次。在全省16个县市试验示范了12种农业高效新模式，包括稻鳖共生种养新模式、小龙虾+一季稻连作农业新模式等。完成农产品质量安全检测或检验认证3370批次，完成绿色食品生产环境（土壤、植株、水质、肥料）检测项目2.7万余项次。

2022年9月21日，科技部农村中心会同江西省科技厅与江西省农业科学院等13家协作单位签署了“100+N”开放协同创新体系建设合作备忘录。

《江西农业学报》创刊于1989年，是由江西省农业科学院和江西省农学会共同主办的有关农业科学的综合性学术期刊。主要栏目：作物科学、园艺园林、植物保护、土壤肥料、烟草科学、动物科学、加工储藏、食品科学、农业工程、资源环境、农业经济、农业信息、管理科学、三农研究。

《江西农业学报》是中国科技核心期刊（中国科技论文统计源期刊）、RCCSE中国核心学术期刊（武大版核心期刊）、中国农业核心期刊、全国优秀农业期刊、华东地区优秀期刊、江西省优秀期刊。依据清华大学图书馆、中国科学文献计量评价研究中心公布的中国学术期刊影响因子年报（2016版），《江西农业学报》2015年度影响因子为0.582，学术影响力指数学科排名35/96。

《江西农业学报》同时被《中国学术期刊综合评价数据库》、《中国期刊网》、《中国学术期刊(光盘版)》、《中国核心期刊（遴选）数据库》、《中国科技期刊数据库》、《英国国际农业与生物科学研究中心数据库CABI》、《美国化学文摘》、《美国乌利希期刊指南》等国内外期刊数据库全文收录。

院徽由电子运动模型、稻穗，农科院中文名、英文简称，建校时间构成。

手捧电子运动模型代表着农科院追求科学的治学态度，稻穗象征了农科院将一直扎根于农业。

电子运动模型上方为院名，底端代表了农科院创建于1934年，1934上方为农科院的英文简称。

2017年11月，江西省农业科学院获得中央精神文明建设指导委员会授予的“第五届全国文明单位”荣誉称号。

2020年4月，获得江西省平安江西建设领导小组“2019年度全省平安建设（综治工作）先进单位”表彰。

2021年6月，江西省农业科学院党委（行政）办公室党支部被确定为“江西省直先进基层党组织”拟表彰对象。