隆庆中，聘尹知江西南昌府进贤县。为官光明慈恕，体恤民情。县里被分派了征粮的任务，粮差者奉命来征，不能免去。为减轻邑人的负担，先是将百姓所要承担的税粮与差役析而为二，税粮缴纳给官府，差役则随事分派于民。由于粮役过重，进贤县的经济状况仍不甚景气，邑中原来的富户破产，贫者更是家产倾尽，聘尹又采用“一条鞭法”，将役银与赋银合并征收，计民所应出，总输于官。这样一来，为官者自可完成征纳的任务，而百姓的负担又再次得到了减轻，聘尹此举救百姓于水火之中，获得了人们的拥戴。在进贤知县任上，聘尹还积极救疾赈饥、修学造士，可谓雅多善政。他每以《孟子·万章上》中所言“一介不以取诸人”自盟，又以一夫不获为耻。进贤县建名宦祠祀之。

因治政有功，聘尹擢为吏科给事中，任上曾议水利事，建议导淮入江，以避黄河。万历十年（1582），聘尹因诖误被谪，出为仙居令。仙居邑小而敝，民贫而黠，聘尹至，见诸父老，却十分怜悯地说：“你们并非猾黠之辈，只是因为过于贫穷罢了！”父老得闻此言，十分感动，至于泣下。仙居知县任上，聘尹励精图治，尤以节省冗费、合并里甲、疏浚水利、改造铺舍为务。只要是有利于百姓生计的事情，他总是尽力为之，惟恐不及。按明制，仙居县设有正副粮长与里长，择里之丁粮近上者为之，后来为了更有效地催纳税粮，粮、里之职的充当者每先一年为粮长，次年为里长，百姓有劳役之嗟。万历十一年（1583），仙居县闹了大饥荒，聘尹力请所司为民蠲税，将邑中粮、里并为一年，此项制度后遂因仍不改。当地民众甚以为便，他们歌颂聘尹的恩德，将其比作在任仙居令期间同样造福百姓的宋代侯官人陈古灵，并建祠祀之。后聘尹入觐，仙居主簿休宁人吴正大摄行县事，一遵聘尹治县之法，民亦称便，其并课、清丁二事尤为时论所褒。