万历二十年（1592）进士，改庶吉士，授检讨。累官南京礼部侍郎，掌部事。利玛窦居住在南京，与其弟子王丰肃等人传播天主教，被沈㴶所反对。因为与大学士方从哲是同乡，两人关系密切。

万历四十七年（1619），方从哲当国，请求补充阁臣，于是下诏会推。亓诗教等人逢迎方从哲，排斥何宗彦、刘一燝等人，唯独以沈㴶和史继偕呈上，得到明神宗的重用。

万历四十八年（1620），诏书未下发，明神宗驾崩，明光宗即位，任礼部尚书兼东阁大学士。未上任，明光宗驾崩。

天启元年（1621）六月，正式入阁。按照明朝惯例，词臣在内书堂教导众太监，李进忠（魏忠贤）、刘朝都是沈㴶的弟子。沈㴶到任后，秘密结交二人，上奏建议在东阳、义乌、扬州、纮安等地招募锦衣卫，迎合了魏忠贤和刘朝大兴内操之意。加太子太保，进文渊阁大学士，再进少保兼太子太保、户部尚书、武英殿大学士。沈㴶被给事中惠世扬、周朝瑞、刑部尚书王纪等人弹劾，将他比作蔡京。沈㴶也弹劾王纪保护熊廷弼、佟卜年、刘一巘等人。不久，王纪因佟卜年的原因革职。大学士叶向高、朱国祚先后弹劾沈㴶。沈㴶内心不安，于是致仕回乡。