著作除《两朝从信录》之外，还有《皇明从信录》、《流寇陷巢记》、《甲申大事记》等。《两朝从信录》是一部记载明朝泰昌、天启两朝史事的著作。它是为续《皇明从信录》而作。沈国元所学专好搜集史料、编纂史书，他曾经试图将《皇明通纪》、《皇明续纪》合二为一，并辑补万历朝事，从而形成《皇明从信录》一书四十卷。后来，再把泰昌、天启两朝的史事，著书为《两朝从信录》。