1986年，晋升为教授，并担任博士生导师。

1993年，担任北京林业大学学术委员会主任。

1995年，当选中国工程院院士。

1998年06月至2006年06月，担任中国工程院副院长。

2011年5月26日，沈国舫称三峡工程仅对局地气候略有影响，不会引发大旱。

2013年，沈国舫关于院士退休的谈话引发广泛讨论。

沈国舫在立地分类和评价、适地适树、混交林营造及干旱地区造林方面做了许多研究工作。第一个提出了分地区的林木速生丰产指标，主持起草了《发展速生丰产用材林技术政策》。曾对大兴安岭特大火灾后的森林资源和生态环境恢复工作起了关键的指导作用。后期着力从事林业可持续发展战略及水资源和生态建设的咨询研究，取得显著成绩。

截至2012年1月，沈国舫发表论文110多篇，出版著作6部。

截至2012年1月，沈国舫获得国家级科技进步一等奖1项，部省级科技进步一等奖1项、二等奖2项、三等奖2项，国家教育委员会（现国家教育部）优秀教材奖、国家优秀科技图书奖各1项。

沈国舫在谈到经验和对大学生的希望时，他说，“关键是靠三点：一要勤奋，勤奋是基础，要勤于学习、勤于实践；二要勇于创新，没有创新就没有成果；三要善于合作，合作是当今社会发展中出成果的必然趋势，是任何取得伟大成就者所不可缺少的。”他要求大学生们始终把自己的前途命运和国家人民的利益联系在一起，为中华民族的学习而努力学习。

2004年9月，沈国舫院士协同“浙江生态建设院士行”活动的7名中国工程院院士来到浙江林学院，并为该校数千学生作了一次《影响一生、启迪人生》的报告。

2015年11月18日，沈国舫在北京林业大学图书馆五层报告厅，做题为《中欧三国（瑞、奥、捷）林业考察印象与启示》的学术报告。

2017年9月16日下午，沈国舫受到共青团中央办公厅党总支联合中国国际工程咨询公司团委邀请，来到“周末青年讲座”，以《中国生态文明建设主题下的生态保护修复和建设——兼论塞罕坝林场业绩的典范意义》为主题作报告。

1961年初沈国舫担任中国第一本全国通用统编教材《造林学》编写组组长，当年就由农业出版社出版发行，该书不仅在体系上与苏联的造林学相比有许多改进，而且在内容上反映了中国造林技术的进展，突出了中国大面积山地造林的特点。在此之后，他还参加了第二代造林学教材及“干训班”教材《林学概论》的编写工作。

在中国林学界，沈国舫以治学严谨而著称。他广泛涉猎林学专著和林业刊物，还读了不少自然地理、地植物学、植物生理学和农业科学方面的书籍，将“博览群书”作为一种人生高级享受和追求。他的行为风范影响和教育着一批批学子。（中国农业大学校友会评）

沈国舫在多年林学研究和教育过程中，他取得多项森林培育和生产实践的科研成果。多年来，他为天然林保护等生态建设工程奔走呼吁，为中国森林可持续发展和林业发展战略的制定做了大量研究工作，在国家宏观决策咨询方面发挥了重要的作用。（中国工程院评）

沈国舫在立地分类评价和适地适树、混交林营造、林分密度管理、速生丰产林培育、干旱半干旱地区造林技术及城市林业等方面进行了大量研究和探索，填补了多项空白，为发展和充实具有中国特色的森林培育学做出了重大贡献。（中国农业大学评）

2009年6月设立以北京林业大学老校长沈国舫院士命名的“沈国舫森林培育基金”，沈国舫本人捐出10万元作为启动基金。该基金重点奖励全国森林培育学科的优秀研究生，其目的是为加快中国森林培育学高层次人才的培养步伐，提高中国研究生培养质量。