医院设置口内、口外、修复、正畸和预防五大科系，下设特诊治疗科、特诊修复科、牙体牙髓病科、牙周粘膜病科、儿童口腔科、干诊科、正畸科、口腔修复科、修复技术室、种植修复中心、口腔颌面外科（颞颌关节病）门诊、病房、综合急诊科、大东门诊部及铁西门诊部。配置了放射线、检验、心电图、病理、药剂及消毒中心等辅助科室。