1989年12月，沈阳环境科学研究所获得国家第一批环境影响评价甲级证书。

1992年8月，建立沈阳环境科学研究所苏家屯固废研究基地，是研究所“八五”期间承担的国家环保科技攻关项目—多氯联苯工业性焚烧技术研究。

2002年，新民多氯联苯焚烧基地开工建设，获国家环境保护危险废物处置技术中心授牌。

2003年，正式更名为沈阳环境科学研究院。

2005年，新民多氯联苯焚烧基地验收。

2006年10月，经中华人民共和国国家发展和改革委员会正式批复国家环境保护危险废物处置技术中心升级建设。

2014年1月，沈阳环境科学研究院筹建沈阳市环境风险防控与应急工程技术研究中心；6月，沈阳环境科学研究院筹建沈阳市大气污染防治工程技术研究中心。

据2024年10月研究院官网数据，沈阳环境科学研究院拥有职工147人，其中专业技术人员138人，正高级职称25人、副高级职称67人，博士30人（含博士后3人）、硕士58人，人才队伍结构明显优于中国国内同类科研院所。

全国环保科技工作者：刘汉忠、彭万寿

辽宁省百人层次人选：陈晓东、陈扬、郑江宁

辽宁省优秀专家：荆治严

沈阳市领军人才：荆治严、郝明家、陈晓东

沈阳市科技工作者：金重阳、刘淑滨

沈阳市优秀科技工作者：荆治严、常文越、郝明家

据2024年10月研究院官网数据，沈阳环境科学研究院下设4个国家和省级科研平台、6个研究所。

国家级科研平台：国家环境保护危险废物处置工程技术（沈阳）中心

辽宁省级科研平台：辽宁省城市生态重点实验室、辽宁省城市大气环境污染防治重点实验室、辽宁省生态环境技术转移示范中心

院属研究所：生态规划研究所、大气环境研究所、水环境研究所、土壤与固废研究所、环境咨询研究所、环境风险研究所

据2024年10月研究院官网数据，沈阳环境科学研究院分别与美国、日本、韩国等国家的环境企业，联合国工发组织、世界银行等国际机构，中国科学院生态环境研究中心、清华大学、北京大学、中国环境科学研究院等中国国内院所高校，建立了长期稳定的战略合作关系。

1993年，沈阳环境科学研究院获全国环保系统先进集体。

1996年，沈阳环境科学研究院获沈阳市科技工作先进集体。

2002年，沈阳环境科学研究院分别获浑河城区段治臭工程一等奖、中国技术市场协会金桥奖先进集体。

2006年，沈阳环境科学研究院分别获沈阳市守合同重信用单位、沈阳市优秀青年志愿集体。

2008年，沈阳环境科学研究院分别获沈阳市先进职工之家、沈阳市守合同重信用单位。

2009年，沈阳环境科学研究院分别获中国科技管理与自主创新先进单位、沈阳市青年文明号、沈阳市直机关先进团委、第一团支部、沈阳市先进职工之家、沈北新区生态区创建工作特别支持奖、2006-2009年度沈阳市体育工作先进单位。

2011年，沈阳环境科学研究院分别获辽宁省职业道德建设先进单位、辽宁省技术市场协会金桥奖、沈阳市冬季健身广场先进单位、沈阳市五四奖状。

2012年，沈阳环境科学研究院分别获“十一五”国家环境保护科技工作先进集体、沈阳环境科学研究院先进集体、先进职工之家。

2013年，沈阳环境科学研究院获中国技术市场协会金桥奖先进集体。

据2024年10月研究院官网数据，沈阳环境科学研究院承担国家50余项重点科研项目和国际合作项目，先后获得国家科技进步奖3项及省部级科技奖励50余项。

《环境保护科学》创刊于1975年，双月刊，由沈阳环境科学研究院和环境保护部环境规划院主办、中国科学院生态环境研究中心、环境保护危险废物处置工程技术（沈阳）中心协办，是中国科技核心期刊，被《美国化学文摘数据库》《中国学术期刊综合评价数据库》和《中国科学引文数据库》等检索系统收录。

据2024年10月研究院官网数据，沈阳环境科学研究院先后持有环境影响评价、环境治理设施运营、环境工程设计、环境工程咨询、危险废物经营等甲级证书。

沈阳环境科学研究院院徽颜色为绿色，内圈图案由字母A、绿芽组成，外圈为研究院的中英文名称。

2021年7月1日，沈阳环境科学研究院举办“光荣与梦想——中国共产党成立100周年暨环科院发展58周年纪念展”。