沈鲤一向正直、光明。他在礼部主持典礼，有许多建议。考虑到时俗的侈靡，考察先朝的典礼制度，在丧祭、冠婚、宫室、器服方面全都确定标准，颁布全国。神宗担忧旱灾，步行到郊外的祭坛祈祷，议论分别派遣大臣到全国的名山大川祈祷。沈鲤劝谏说使臣往来滋扰地方，恐怕又加重百姓负担，奏请皇帝斋戒三日，用文告授予太常负责此事，罢除寺观的祈祷，神宗大都同意了他的奏疏。起初，藩府有事奏请，贿赂得势的宦官为内援，礼部大臣不敢违背，总是满足他们的想法。到了沈鲤执政时，一概革除。得势的宦官都很怨恨，多次借事端在皇帝面前挑拨。皇帝渐渐不能没有猜疑，多次责问沈鲤，并剥夺了他的俸禄。沈鲤从此有了辞退的想法。而且申时行怀恨沈鲤不依附自己，也忌恨他。沈鲤遇事秉正不屈服。被沈一贯压抑，志向得不到全面实现。而此时沈一贯多次被非议，称病闭户，沈鲤才得以处理内阁事务。云南的武弁杀了税使杨荣，皇帝很恼怒，准备派遣官员将他们逮捕惩治。沈鲤详细陈述了杨荣的罪状，请求诛杀带头杀杨荣的人，而宽免其他的人，于是果然没有广泛拘捕。当时沈一贯虽然称病闭门在家，而奏章大多送到家中由他拟旨，沈鲤极力陈说这没有先例。

沈鲤已经与沈一贯积怨，沈一贯即将离职，顾虑沈鲤在职，给自己留下后顾之忧，想与他一起离开内阁，暗中活动使他离职。神宗也嫌沈鲤刚正，趁着沈鲤请求退休，于是指令他与沈一贯一起退休。朱赓上奏请求挽留沈鲤，没有答复。抵家后，沈鲤上书答谢，仍然极力陈述懈怠政务的弊端。

万历三十八年（1610年），沈鲤时年八十岁，明神宗派官去探视慰问，赏给他银两。沈鲤上书答谢，又陈述当时政治的要务。

万历四十三年（1615年）六月十六日，沈鲤在家乡商丘病逝，享年八十五岁。万历皇帝闻讯，颇为悲伤，赠太子太师，谥文端，谕祭谕葬。并先后遣河南布政使司堂上官于首七、三七、七七、百日、周年、三年，六次谕祭，祭文多次称赞沈鲤“乾坤正气，伊洛真儒”，并御笔亲书“责难陈善”、“肖德世臣”二匾以赐。并且先后累赠沈鲤之父沈杜、祖沈瀚、曾祖沈忠为柱国光禄大夫、少保兼太子太保、吏部尚书、文渊阁大学士。“皇恩波及，眷顾特隆，四世褒封，同列一品”。

沈鲤一生方正刚介。首辅张居正病，满朝官员为讨好张居正，争相为之设坛祈祷，而沈鲤独不往。万历帝喜爱珍宝，曾为买一颗宝珠花银2000万两。朝臣纷纷为万历捐俸，并自以为得意。沈鲤却说：“我只知养谦，不知逢君之欲。”闻者无不惭愧。有人上奏，光山产麒麟，万历闻奏大喜，欲取而观之。沈鲤奏道：“圣上喜欢什么是小事，而传播出去就成了大事。此物一进，天下千奇百怪的东西纷纷进献，劳民伤财，怨声载道，岂不有损盛德。”万历只好作罢。此外，秦王请封其弟为将军，郑妃为父请恤，万历钦封郑氏为皇贵妃等，均遭沈鲤据理抵制。

万历年间，黄河中下游多次决口泛滥，民不聊生。沈鲤为民请命，修筑两道大堤。

据《归德府志》刘榛记载：“中州水患最甚者莫如黄河，每逢秋夏水发，城郭漂没，民鲜定居。”沈鲤为民请命，奏明圣上，先后奉旨修筑了两道大堤。一道西起荥城，东止洪子湖，全长400公里。另一道北顶东西黄河大堤，南由归德古城北城郭外向东南方向，经会亭驿（今夏邑会亭）至永城曹家洼，全长90公里，后人称为“沈堤”。由于修筑了这两道大堤，“河南州县始免冲决”。

王士祯：士稹三复其文，叹其经术闳深，议论正大，真一代伟人。

《明史》：①鲤素鲠亮。其在部持典礼，多所建白。②鲤遇事秉正不挠。③《传》称“道合则服从，不合则去”，其王家屏、沈鲤之谓乎！

沈鲤著有《亦玉堂稿》、《文雅社约》、《南宫草》等，均《四库总目》并行于世。沈鲤一生方正刚介，为明代万历年间著名的政治家、理学家。为人峻洁峭直，力行古道。历嘉靖、隆庆、万历三朝，被称为“三代帝王师”，世称“沈阁老”、“归德公”。有《亦玉堂稿》、《文雅社约》等传世。

《明史·卷二百十七·列传第一百五》

【沈归德身后】沈龙江相公清节近世罕见，室无姬媵，谢政后，伉俪皆将稀龄，夫人犹剂调经药，因绝血胤。其女尤奇妒，沈继子为所毒，遂懵不识人，相公弥留欲一见之，遏不令通，衔恨而绝。其女必欲以他子承业，而氏宗人不许，其继子寻夭，所得诸荫，皆为群从分受拜官而去，丹旐素帷，莫适为主。闻灵柩至今在堂，赐域尚虚，蒸尝失所。先朝耆德，一旦为若敖之鬼，闻者悯默，归德在事，受其知者不少，必有经纪其家者。

在朝中，沈鲤与首辅张居正一样，心中都只装着大明王朝的振兴与安危，同样为官清廉，声气相投，算得上一对志同道合的好友。况且，他是在张居正的指导下，出任神宗万历皇帝的经筵讲官的，对张居正，他一向十分敬重。但在沈鲤任翰林院掌院学士期间，张居正有病歇在家里，满朝官员为讨好买巧，争先恐后前去探望，并谋划为张首辅设坛祈祷。唯独沈鲤不去凑这个热闹。有官员“好心”劝他道：“同官之谊，您应该去。”沈鲤却回答：“事当论其可与不可，岂能论同官不同官！”

那之后，又一次，张居正约沈鲤在自家私宅同写奏折。沈鲤当即拒绝：“国政绝于私门，非体也！”

万历皇帝爱钱，更爱珍宝，曾经为买进一颗宝珠花银两千万两。不怕你不受贿，就怕你没爱好。上行下效，皇上的爱好往往就成了被臣民攻克的软肋。所以见万历喜欢珠宝，多半朝臣纷纷为他捐俸，并自以为得意。沈鲤很愤怒，面对跟风也建议他跟风的官员，他板着面孔说：“我只知养廉，不知逢君之欲。”令闻者无不自惭形秽。这还不算完，沈鲤又赶紧进宫面见万历，奏明道：“圣上喜欢什么是小事，而传播出去可就成了大事。臣民纷纷进献，劳民伤财，怨声载道，岂不有损圣德？”“好了，就这吧。”万历皇帝只好听从老师的奏请，不再明着收受捐俸。

商丘大量散落在民间关于沈鲤的传说和故事，如沈堤、闹龙街、无梁庙、阁老庙、沈鲤卖盆，等等。

沈鲤家乡商丘，明代称归德府，人们便尊称沈鲤为“沈归德”。沈鲤告退归里后，在家乡修文雅社，立社仓，设义塾。

沈鲤赤心报国，一身乾坤正气，纳忠论奏又无所避，因此也遭到当朝不少权贵们的怨恨，到万历面前告沈鲤黑状的不乏其人。久而久之，万历皇帝也开始对沈鲤不信任了，口中也多了怨言。在沈鲤57岁那年，他决定辞官归里。已经快60岁的人了，这官不当也罢。首辅张居正死后，申时行任首辅。申时行本来就嫉妒沈鲤，一向认为沈鲤不是自己的人。尽管万历皇帝坚持挽留说：“沈尚书好官，奈何使去？”申时行还是趁火打劫，于万历十六年（公元1588年）一再请旨，放沈鲤告老还乡。

沈鲤墓位于梁园区水池铺乡沈坟村西北角。如今，沈鲤墓已成为河南省非物质文化遗产；沈氏家族墓、商丘境内黄河故道以及沈堤，也在申报中。市、区两级文物部门对沈鲤墓的保护高度重视，在墓地四周还拉起了一人多高的围墙。时过境迁，沈鲤墓昔日的辉煌不再，然而规模依旧，四座石碑并列两排，石碑不远处的北面是一个硕大的坟茔，坟茔旁生长着参天的古木，巍然屹立的墓门牌坊在骄阳下显得格外壮观，石匾上遒劲的字迹依稀可辨，鹿、虎、羊、兔等鸟兽石刻惟妙惟肖。