2016年12月14日，米尔济约耶夫宣誓就任乌兹别克斯坦总统。米尔济约耶夫当选总统后宣布遵循“乌兹别克发展模式”，同时制定2017年—2021年国家发展五大优先方向行动战略，加速推进经济、司法、行政等领域改革，开通网上受访渠道，及时回应民众关切。

2021年9月9日，乌兹别克斯坦自由民主党举行第十次大会，会议推举现任总统米尔济约耶夫为总统候选人，14日，乌兹别克斯坦中央选举委员会宣布，正式将米尔济约耶夫登记为总统候选人。

2021年10月24日，在举行的总统选举中，乌兹别克斯坦现任总统米尔济约耶夫赢得连任。

2021年10月25日，乌兹别克斯坦中央选举委员会宣布，初步统计结果显示，现任总统、自由民主党候选人米尔济约耶夫在新一届总统选举中以80.1%的得票率获胜，将连任总统；任期5年。

2021年11月6日，沙夫卡特·米尔济约耶夫在乌最高会议立法院和参议院联席会议上正式宣誓就职。

2023年7月10日，米尔济约耶夫当选乌兹别克斯坦总统。

当地时间2023年7月14日，乌兹别克斯坦当选总统米尔济约耶夫在乌兹别克斯坦最高会议，宣誓就职。

2022年2月22日，米尔济约耶夫签署了一项有关征兵的法令。法令规定，2022年3月-4月开始征兵，招收符合条件的公民，包括有限制的、无权延期和免服兵役，但未被征召入伍的预备役公民。乌兹别克斯坦军事人员的人数达到了6.5万，现役军人5.5万，预备役1万人。

当地时间2022年12月20日，米尔济约耶夫在谈到2023年国家优先发展任务时，提出几点方向。首先，优化政府办公效率，转变地方管理体制。据他介绍，部委数量将从目前的61个减少到28个，同时，政府决议及重要决定将在各部长直接参与下共同完成。此外，公务员数量将逐步减少30%，节省资金将用于解决社会问题。

其次，将建设新乌兹别克斯坦目标写入宪法。在这方面，米尔济约耶夫表示，为人民创造平等机会以及减贫是国家发展目标，提高教育质量是乌兹别克斯坦发展的正确出路。为此，他将2023年定为“关爱人与高质量教育年”，并表示该国2023年主要任务是进行教育改革提高学校教学质量，为年轻人就业创造条件;扩大优质医疗服务覆盖面，启动为期三年的母婴健康保护计划;继续完善基础设施项目建设。

米尔济约耶夫就任总统后在经济开放和自由化、吸引外资方面采取了系列举措，乌兹别克斯坦经济保持向上势头。

2020年1月24日，乌兹别克斯坦总统米尔济约耶夫发表年度国情咨文，规划2020年度国家内政外交发展方向。

2020年4月15日，乌兹别克斯坦总统米尔济约耶夫指示内阁结合当前新冠肺炎疫情和全球危机大形势，以优化财政支出、保证国家预算稳定为目标，在15天内向乌参议院提交《乌2020年国家预算补充修订法案》，并负责制定决议，推迟实施个别由乌复兴发展基金拨款的投资项目。

2020年10月21日，在举行的政府会议上，乌兹别克斯坦总统米尔济约耶夫要求政府确保国家经济稳定增长。米尔济约耶夫表示，在新冠肺炎疫情依然持续和全球经济下行的条件下，2021年乌国内生产总值的增幅应不低于5.1%。

2021年9月9日，米尔济约耶夫在乌兹别克斯坦自由民主党第十次大会上发表讲话说，乌兹别克斯坦将在2023年前达到人均GDP4000美元的目标，政府未来的工作重点是脱贫、发展绿色经济、降低税费、加强住房建设等。

2021年10月，米尔济约耶夫在竞选时提出在2030年前实现乌人均GDP4000美元的目标，政府未来的工作重点是脱贫、发展绿色经济、降低税费、加强住房建设等。

2020年4月20日，在塔什干召开的确保工业、建筑业和基础设施建设企业全面复工复产视频会议上，乌兹别克斯坦总统米尔济约耶夫指示，可在部分符合要求的地区逐步放松隔离限制措施。米尔济约耶夫指出，在那些没有发现确诊病例，或者新冠肺炎疫情明显好转的各州、城市和地区，国家防控新冠肺炎疫情特别委员会应逐步放松相关隔离限制措施。“上述地区企业和单位的复工复产活动要严格遵守卫生防疫规定。”

2020年5月14日，米尔济约耶夫在视频会议中，针对乌兹别克斯坦境内新冠肺炎疫情出现反弹的情况感到震惊。他指出，未来将继续对城市进行封锁；并警告各市市长和企业负责人，违反防疫规定的相关人员将受到刑事处罚，违反防疫规定的企业将被关闭。

2013年11月29日，正在乌兹别克斯坦首都塔什干出席上海合作组织成员国第十二次总理会议的时任中国国务院总理李克强同时任乌兹别克斯坦总理米尔济约耶夫举行会谈。

2016年11月12日，时任乌兹别克斯坦代总统米尔济约耶夫在塔什干会见了中国外交部长王毅。

2017年12月20日下午，乌兹别克斯坦总统米尔济约耶夫在总统府会见了到访的时任国务委员兼国防部长常万全。

2020年3月2日，乌兹别克斯坦总统米尔济约耶夫在塔什干会见时任中共中央政治局委员、中央外事工作委员会办公室主任杨洁篪。

2020年3月12日，乌兹别克斯坦总统米尔济约耶夫抵达该国花剌子模州希瓦古城，视察了由中国援助修复的阿米尔·图拉经学院。

2020年5月7日晚，乌兹别克斯坦总统米尔济约耶夫同中国国家主席习近平通电话。

2021年7月15日，乌兹别克斯坦总统米尔济约耶夫在塔什干会见中国国务委员兼外长王毅；10月25日，习近平致电米尔济约耶夫，祝贺他再次当选乌兹别克斯坦共和国总统。

2022年1月2日，乌兹别克斯坦总统米尔济约耶夫同中国国家主席习近平互致贺电，庆祝两国建交30周年。

2022年2月5日下午，中国国家主席习近平在人民大会堂会见来华出席北京2022年冬奥会开幕式的乌兹别克斯坦总统米尔济约耶夫。

当地时间2022年9月15日，中国国家主席习近平在撒马尔罕同乌兹别克斯坦总统米尔济约耶夫会谈。两国元首宣布，着眼中乌关系长远发展和两国人民未来福祉，双方将扩大互利合作，巩固友好和伙伴关系，在双边层面践行命运共同体。

当地时间2023年4月12日，乌兹别克斯坦总统米尔济约耶夫在塔什干会见了时任中国外长秦刚。

2023年5月，应国家主席习近平邀请，乌兹别克斯坦总统沙夫卡特·米尔济约耶夫于5月18日至19日来华出席中国－中亚峰会并进行国事访问。

2023年5月18日下午，国家主席习近平在西安同来华出席中国—中亚峰会并进行国事访问的乌兹别克斯坦总统米尔济约耶夫会谈。会谈后，两国元首签署了《中华人民共和国和乌兹别克斯坦共和国联合声明》，通过了《中华人民共和国和乌兹别克斯坦共和国新时代全面战略伙伴关系发展规划（2023－2027）》，共同见证签署优先投资项目、减贫、农产品贸易、检验检疫、地方合作等领域多项双边合作文件。

2023年7月10日，中国国家主席习近平致电沙夫卡特·米尔济约耶夫，祝贺他当选乌兹别克斯坦总统。

2023年10月17日下午，中国国家主席习近平在人民大会堂会见来华出席第三届“一带一路”国际合作高峰论坛的乌兹别克斯坦总统米尔济约耶夫。

2023年10月18日，全国政协主席王沪宁在北京钓鱼台国宾馆会见来华出席第三届“一带一路”国际合作高峰论坛的乌兹别克斯坦总统米尔济约耶夫。

2024年1月19日，据外交部网站，外交部发言人华春莹宣布：应国家主席习近平邀请，乌兹别克斯坦总统米尔济约耶夫于1月23日至25日对中国进行国事访问。

2024年1月24日上午，乌兹别克斯坦总统米尔济约耶夫前往天安门广场，向人民英雄纪念碑敬献花圈；1月24日下午，中国国家主席习近平在人民大会堂举行仪式，欢迎乌兹别克斯坦总统米尔济约耶夫访华。1月24日下午，中国国家主席习近平在人民大会堂同来华进行国事访问的乌兹别克斯坦总统米尔济约耶夫出席签字仪式并举行会谈。两国元首宣布，中乌决定发展新时代全天候全面战略伙伴关系。

2024年1月24日，全国人大常委会委员长赵乐际在北京会见乌兹别克斯坦总统米尔济约耶夫。

2024年1月24日，中华人民共和国国务院总理李强在人民大会堂会见来华进行国事访问的乌兹别克斯坦总统米尔济约耶夫。

当地时间2024年4月1日，乌兹别克斯坦总统米尔济约耶夫在塔什干会见国务委员、公安部部长王小洪。

2024年5月13日至15日，中共中央政治局委员、国务院副总理刘国中访问乌兹别克斯坦，期间同米尔济约耶夫总统举行会见。

2024年6月6日，中国—吉尔吉斯斯坦—乌兹别克斯坦铁路项目三国政府间协定签字仪式在北京举行，国家主席习近平、吉尔吉斯斯坦总统扎帕罗夫、乌兹别克斯坦总统米尔济约耶夫视频祝贺协定签署。

当地时间2024年7月3日下午，中国国家主席习近平在阿斯塔纳出席上海合作组织峰会前会见乌兹别克斯坦总统米尔济约耶夫。

2024年7月6日至9日，应乌兹别克斯坦最高会议参议院主席纳尔巴耶娃和立法院议长伊斯莫伊洛夫邀请，中国全国人大常委会委员长赵乐际对乌兹别克斯坦进行正式友好访问。7月8日下午，赵乐际在塔什干会见乌兹别克斯坦总统米尔济约耶夫。

2024年9月5日，乌兹别克斯坦总统米尔济约耶夫在塔什干会见中共中央政治局委员、天津市委书记陈敏尔。

当地时间2024年9月26日，乌兹别克斯坦总统米尔济约耶夫在塔什干会见到访的中共中央政治局委员、中央政法委书记陈文清。

2020年2月3日，乌兹别克斯坦总统米尔济约耶夫与到访的美国国务卿迈克·蓬佩奥举行会谈，就深化两国战略伙伴关系，加强经贸、地区和安全合作等交换意见。

2021年7月5日，米尔济约耶夫同俄罗斯总统弗拉基米尔·弗拉基米罗维奇·普京通电话，在阿富汗局势恶化的背景下就地区问题交换看法。

2022年3月21日，俄罗斯总统弗拉基米尔·普京同乌兹别克斯坦总统米尔济约耶夫通话。在通话中，普京同米尔济约耶夫还确认了加强两国战略伙伴关系和联盟合作的共同利益。

当地时间2022年7月5日，据克里姆林宫消息，俄罗斯总统普京与乌兹别克斯坦总统米尔济约耶夫进行了通话。双方讨论了包括两国经贸合作在内的各种问题。

2022年8月22日，据俄媒报道，俄总统普京当天与乌兹别克斯坦总统米尔济约耶夫通电话。双方主要讨论了9月在撒马尔罕举行的上海合作组织领导人峰会的准备情况，以及双边合作等相关问题。

当地时间2023年3月6日，俄罗斯总统普京与乌兹别克斯坦总统米尔济约耶夫进行了电话交谈。双方讨论了进一步发展两国战略伙伴关系和联盟关系，以及在经贸领域的合作问题。

另据俄罗斯卫星社报道，2023年7月10日，俄罗斯总统普京就米尔济约耶夫再次当选乌总统向其表示祝贺。

当地时间2023年8月9日，据克里姆林宫发布的消息，俄罗斯总统普京与乌兹别克斯坦总统米尔济约耶夫通电话。

当地时间2023年10月6日，俄罗斯总统普京与到访的乌兹别克斯坦总统米尔济约耶夫举行会谈。

当地时间2024年3月23日，俄罗斯克里姆林宫发布消息称，俄罗斯总统普京与乌兹别克斯坦总统米尔济约耶夫通电话。米尔济约耶夫严厉谴责发生在莫斯科州“克罗库斯城”音乐厅的恐怖袭击事件，希望普京向死者家属转达慰问，并希望伤者尽快康复。双方确认将继续在反恐领域保持密切合作。

当地时间2024年5月27日，乌兹别克斯坦总统米尔济约耶夫与到访的俄罗斯总统普京在塔什干举行会谈。根据会谈结果，双方签署了联合声明。两国代表团还签署了20余项各类合作文件。

2024年8月15日，克里姆林宫发布消息，俄罗斯总统普京当天应邀与乌兹别克斯坦总统米尔济约耶夫通电话。

2019年12月17至20日，应时任日本首相安倍晋三邀请，乌兹别克斯坦总统米尔济约耶夫访问日本，与德仁天皇、时任日本首相安倍晋三、时任日本参议院议长山东昭子、时任日本众议院议长大岛理森、时任内阁副首相兼财务相麻生太郎等举行会晤，就双边关系发展、加强两国企业间交流合作、日本参与乌大型投资项目建设等问题交换意见。

2020年9月25日，米尔济约耶夫与哈萨克斯坦首任总统、民族领袖纳扎尔巴耶夫在位于哈萨克斯坦南部的图尔克斯坦市举行会晤。会谈中，双方就哈乌两国合作关系的现状和发展前景，以及加强民族间和谐问题交换了意见。此外，双方还就两国在突厥语合作委员会框架下的相互合作问题进行了讨论。

2021年10月15日，米尔济约耶夫在独联体国家元首理事会视频会议上表示，受阿富汗局势影响，独联体国家有必要加强合作，共同保卫成员国边境安全，提升武装力量战斗力，协同打击恐怖主义和毒品贸易。米尔济约耶夫还表示，乌方将与阿富汗新政权开展对话并向阿方提供人道主义和经济援助。

2021年12月6日，米尔济约耶夫访问哈萨克斯坦，同哈萨克斯坦总统卡西姆若马尔特·克梅列维奇·托卡耶夫举行小范围会谈。两国领导人讨论了涵盖双边合作关系的广泛问题，并对确保该地区安全与稳定提出建议。

2022年10月21日，米尔济约耶夫访问土库曼斯坦，土库曼斯坦总统谢尔达尔·别尔德穆哈梅多夫与到访的乌兹别克斯坦总统米尔济约耶夫举行会谈。两国元首就国际和地区热点议题，特别是深化域内合作等问题进行了讨论。双方表示，高度重视发展双边经贸关系，将继续在能源、贸易、交通、农业、工业、高科技等重要领域开展合作。会谈后，两国元首签署深化战略伙伴关系声明，并通过一系列合作文件。

2022年12月22日，米尔济约耶夫同到访的哈萨克斯坦总统卡西姆若马尔特·克梅列维奇·托卡耶夫举行了小范围和大范围会谈。两国元首优先关注了加强经贸合作，包括增进贸易，吸引投资，发展工业、医药、农业、建筑、过境潜力和运输物流合作。会议还讨论了教育、文化和人文领域合作事宜。根据双边会晤结果，两国总统签署了《哈萨克斯坦共和国与乌兹别克斯坦共和国之间的同盟关系协议》和《哈萨克斯坦共和国与乌兹别克斯坦共和国之间的哈萨克斯坦-乌兹别克斯坦国界划分协议》。

与阿塞拜疆关系

2023年8月22日，应阿塞拜疆总统伊利哈姆·阿利耶夫的邀请，乌兹别克斯坦总统米尔济约耶夫携夫人乘机抵达阿塞拜疆进行国事访问。米尔济约耶夫与阿利耶夫签署《乌兹别克斯坦共和国和阿塞拜疆共和国组建最高国家间委员会条约》。此外，还签署了15份文件。

当地时间2024年8月23日，阿塞拜疆总统府新闻局发布消息，阿塞拜疆总统阿利耶夫当天与乌兹别克斯坦总统米尔济约耶夫举行小范围会谈和两国国家间最高委员会第一次会议。

与法国关系

2023年11月2日，乌兹别克斯坦总统米尔济约耶夫在乌第二大城市撒马尔罕与到访的法国总统马克龙举行会谈，双方同意将两国关系提升为战略伙伴关系。

与蒙古关系

蒙古国总统府2024年6月24日发布消息，蒙古国总统呼日勒苏赫当天在乌兹别克斯坦首都塔什干与乌总统米尔济约耶夫举行正式会谈。双方签署了关于两国关系与合作的联合声明等十余份合作文件，涉及外交、经贸、投资、科学、文化、旅游、农业和航空运输等领域。

2021年8月31日，米尔济约耶夫在纪念乌兹别克斯坦独立30周年的庆典上表示，近年来，国家在内政和外交领域实现了快速发展。尽管新冠肺炎疫情对乌兹别克斯坦的经济和社会发展造成了严重影响，但正在推行的大规模改革已开启国家发展的崭新时代。

米尔济约耶夫表示，2017至2020年乌经济平均增速高达18.3%，国内生产总值突破了600亿美元；外贸额由2016年的240亿美元增长到360亿美元。在教育方面，仅2020年就新建专科学校98所，新建大学64所。在谈及国际关系时，米尔济约耶夫表示，乌兹别克斯坦同中国、俄罗斯、韩国、日本、土耳其、阿联酋等国签署系列协议和条约，合作成果显著；同美国和西方国家的务实合作也迈出了新步伐。

当地时间2022年12月20日，乌兹别克斯坦总统米尔济约耶夫向议会发表年度国情咨文。米尔济约耶夫当日在发言中指出，2022年，国家在建设新乌兹别克斯坦道路上已取得初步成果，本国人口突破3600万，国内生产总值首次超过800亿美元，国家经济吸引外国直接投资80亿美元，出口额达到190亿美元。此外，本国人均收入、社会福利及养老金水平不断提高，民众基础医疗系统正不断完善。

2023年8月，据乌媒消息，总统沙夫卡特·米尔济约耶夫的长女赛义达·米尔济约耶娃被任命为总统第一助理。报道称，乌总统办公厅此前进行了改组，取消总统办公厅主任这一职务，这意味着，总统第一助理将是改组后的乌总统办公厅中的最高职位。

2019年12月18日，获得日本名古屋大学荣誉博士学位。

2022年7月23日，俄罗斯总统普京签署命令，给乌兹别克斯坦总统米尔济约耶夫授予亚历山大·涅夫斯基勋章。