2015年12月28日，沙涌站随广佛线的开通而投用运营。

2019年6月25日，沙涌站B出入口开通。

2024年7月，广州地铁十一号线沙涌站调度指挥权、属地管理权、设备操作权“三权”正式从建设单位移交到运营单位。