1966年开始的“文化大革命”，使学校遭受严重损失和破坏，停止招生达6年之久。1972年至1976年，招收了5届三年制普通班学生。

自1977年起，学校恢复5年制本科，规模逐年扩大，已发展成为一个有研究生、本科生等多层次、多学科的综合性大学医学院。除原有临床医学系外，1978年增设预防医学系，1983年增设儿科系，1985年增设口腔系，1988年增设医学检验系和卫生管理专业，1990年增设药学系。

1984年12月，经河南省人民政府批准，学校更名为河南医科大学。

2000年7月，原郑州大学、郑州工业大学、河南医科大学3所学校合并组建新的郑州大学。

2005年，郑州铁路局中心医院归属郑州大学，成为“郑州大学第五附属医院”。

2010年，河南省人民医院增名“郑州大学人民医院”。同年，河南省肿瘤医院挂牌成为“郑州大学附属肿瘤医院”。

2011年，郑州市中心医院挂牌“郑州大学附属郑州中心医院”。同年，洛阳市中心医院挂牌“郑州大学附属洛阳中心医院”。

2012年，郑州大学医学学科入选第一批医生教育培养计划项目试点高校。

2015年，郑州大学整合医学学科资源，成立了集学科建设、科学研究和高层次人才培养三位一体的科研与管理机构——医学科学院(Academy of Medical Sciences, AMS)；2016年4月，郑州大学医学科学院获批全国首批地方高校试点建设的国际化示范学院。

2016年7月1日，郑州大学第四附属医院整体并入郑州大学第一附属医院，挂牌成为郑州大学第一附属医院惠济院区。

2017年，河南省儿童医院（郑州儿童医院）挂牌“郑州大学附属儿童医院”。

2018年10月，郑州大学成立医学院，医学院是学校领导下的教育管理综合单位，代表学校举办医学教育。

2019年5月15日上午，郑州大学华中阜外医院举行揭牌仪式。7月13日上午，郑州大学与河南省人民医院进一步深化合作签约暨“郑州大学人民医院”揭牌仪式在省人民医院科教大厦多功能厅举行。根据协议，省人民医院现行干部管辖、经费来源、人事编制等隶属关系不变，在原非直属附属医院的基础上，纳入郑州大学直属附属医院体系进行管理。11月5日，科技部、河南省人民政府发文批准省部共建食管癌防治国家重点实验室建设运行。郑州大学为省部共建食管癌防治国家重点实验室依托单位，主管部门为河南省科技厅。实验室主任由郑州大学王立东教授担任。

2021年2月2日，郑州大学与信阳市政府共建信阳市中心医院签约暨郑州大学附属信阳医院、郑州大学大别山学院揭牌仪式在信阳市行政中心举行。

2021年4月17日，郑州大学医学院校友会成立大会在医学院校区举行。12月，郑州大学设立医学技术学院，并与郑州大学护理与健康学院合署建设。

2022年3月，郑州大学发布《郑州大学医学教育体制改革方案》，决定将郑州大学医学院正式更名为“郑州大学河南医学院”。更名后的郑州大学河南医学院实行郑州大学医学科学院、郑州大学河南医学院合署，两块牌子，一个班子、一套内设机构。7月14日，科睿唯安公布了最新ESI排名，郑州大学新增临床医学学科进入世界前1‰。

2023年3月16日上午，郑州大学附属胸科医院揭牌仪式举行。2021年11月18日，河南省教育厅、河南省卫生健康委公布了2021年第一批临床教学基地认定名单，河南省胸科医院被正式列入郑州大学附属医院序列。

2023年12月11日，郑州市第六人民医院（河南省传染病医院）与郑州市人民政府、郑州大学正式签订《合作共建郑州大学附属传染病医院协议》。

2023年12月26日，驻马店市人民政府与郑州大学正式签订“合作共建郑州大学附属脑病医院协议”，郑州大学附属脑病医院依托驻马店市第二人民医院进行建设。2024年1月25日，郑州大学附属脑病医院、心理与精神健康研究院揭牌仪式在驻马店市举行。

2024年1月，郑州大学医学院新校区启动建设。7月12日，郑州大学河南医学院新校区在航空港区正式开工建设。

截至2024年1月，郑州大学医学院所属的教学院系、教学平台包括：基础医学院、第一临床医学院、省医临床医学院、第二临床医学院、第三临床医学院（儿科医学院）、第五临床医学院（康复医学院）、口腔医学院、护理与健康学院、公共卫生学院、药学院。

所属的科研机构、科研平台包括：医学科学院、基础医学研究中心、转化医学中心、食管癌防治国家重点实验室、河南省(郑州大学)医药科学研究院、实验动物中心。

附属医院包括：第一附属医院、第二附属医院、第三附属医院、第五附属医院、人民医院、附属儿童医院、华中阜外医院、附属肿瘤医院、附属郑州中心医院、附属洛阳中心医院、附属胸科医院、附属传染病医院、附属脑病医院。

截至2024年，学院开设有基础医学、临床医学、预防医学、药学、药物制剂、儿科学、口腔医学、护理学、医学检验技术、医学影像学、麻醉学、康复治疗学和医学影像技术13个专业。其中临床医学专业是教育部首批卓越医生教育培养计划——“五年制临床医学人才培养模式改革和临床医学硕士专业学位研究生培养模式改革”的试点高校，是国家级一流专业。共有临床医学、医学影像学、口腔医学、预防医学、护理学、医学检验技术等6个国家一流专业建设点。有组织学与胚胎学、流行病学、病理生理学、临床解剖学、人体寄生虫学和医学遗传学6门国家级一流课程。

截至2023年，学院有基础医学、临床医学、公共卫生与预防医学、药学、护理学 5个一级学科博士点、临床医学博士专业学位授权点、8个一级学科硕士学位授权点、5个硕士专业学位授权点、5个博士后科研流动站。临床医学为国家一流建设学科，临床医学、药理学与毒理学、生物学与生物化学学科、分子生物学与遗传学、神经科学与行为学ESI排名全球前1％，其中临床医学、药理学与毒理学ESI排名进入全球前1‰。

拥有省部共建食管癌防治国家重点实验室、互联网医疗系统与应用国家工程实验室、国家远程医疗中心、国家药品临床研究基地、细胞与基因治疗、癌症化学预防国际联合研究中心等国家级科研平台。

截至2023年，学院拥有高级专业技术人员1387名。教师队伍中，有有院士7人、国家杰青8人、国家级“百千万人才工程”人选4人、中原学者11人、国家级青年人才15人。

截至2023年，学院共获得国家级项目130项，省级14项，校级558项。获美国大学生数学建模竞赛二等奖1人。第十二届“挑战杯”河南省大学生课外科技学术作品竞赛省级二等奖5人。国际大学生ICAN创新创业大赛（国家级）二等奖1人，全国大学生电工数学建模竞赛（国家级）二等奖1人。全国大学生英语竞赛国家级特等奖5人、一等奖3人、二等奖9人、三等奖31人。河南省第十二届大学生课外学术科技作品竞赛省级一等奖4人。获全国高等医学院校大学生临床技能竞赛特等奖1次，一等奖1次，二等奖2次等等。

九十多年来，郑州大学医学院培养了以“感动中国”十大年度人物胡佩兰教授，眼内异物研究的奠基人、全国“十大最美医生”张效房教授，中国科学院阎锡蕴院士、中国工程院院士王俊等为代表的4万余名医学人才。2018年临床医学专业毕业生参加临床执业医师资格考试的综合通过率为86.21%，高出片区13.37个百分点，高出全国11.92个百分点。

截至2023年，医学科学院获批为首批地方高校国家级“国际化示范学院”，国际院长尼克·莱蒙当选为中国工程院外籍院士。基础医学院是河南省教育国际化示范单位。分别与美国、英国、德国、日本、瑞典、挪威、丹麦、澳大利亚、台湾等国家和地区的大学、研究所、医学院、医院等建立了合作与交流关系。共有150多名教师赴美国哈佛大学医学院、加拿大约克大学、芝加哥大学等研修。每年接收临床医学专业海外留学生约200多人，共有在校留学生1084人。

截至2023年，医学学科已承担国家级科研课题826项，省部级2728项。获省级以上科技奖励437项，其中获国家科技成果二等奖1项；获得授权专利 477项，其中发明专利46项。在《Nature》《Nature Communications》《Gut》《Jama》等期刊发表学术论文多篇。

郑州大学在主校区、医学院校区建设有基础医学实验中心、临床医学实验中心和临床技能训练中心等三大实验教学平台。学校有医学图书馆12150平方米，馆藏图书20多万册。

新校区项目位于航空港区，分两期建设，一期主要建设教学、生活用房等，二期主要建设研究型医院、医工交叉等医学科研创新平台。项目建成后，计划容纳在校生1.5万人左右。