现有22个病区，42个临床科室，12个医技科室和16个职能科室。附设泉州市肿瘤中心、泉州市心血管病中心。设有内科（包括心血管内科、血液内科、肾内科、消化内科、神经内科、内分泌科、老年病、肿瘤内科、感染病科、呼吸内科等专科）、外科（包括肿瘤外科、神经外科、心脏外科、普外烧伤科、泌尿外科、整形外科、骨科、胸外科、小儿外科等专科）、妇产科、儿科、皮肤科、眼科、耳鼻喉科、中医科、康复医学科、口腔科、放射治疗科、急诊科、麻醉科、洁净手术部、ICU、影像科（含放射、MRI、CT）、检验科、超声诊断室、高压氧治疗室、病理科、核医学科、药剂科、高压氧等科室。