本尊不动明王、永延二年（988）由右大臣藤原为光开基创立。长元五年（1032），堂宇遭火焚毁。其后，鸟羽、后白河二法皇扩大此地，作为离宫。院政时期以此寺为中心，建造后白河上皇的宫廷“法住寺殿”。寿永2年（1183年），法住寺殿受到木曾义仲的攻击而烧失（法住寺合战）。建久三年（1192），后白河法皇崩后，离宫、寺塔等悉成废墟，上皇被葬在寺内的法华堂，法住寺也成为守护御陵的寺院。明治维新以后，法住寺陵和寺院分离，改由宫内厅管辖。