海神草科的学名Posidoniaceae由模式属海神草属学名Posidonia的复合形式Posidoni-加上表示科的等级后缀-aceae构成。该词为复数形式，故在做主语时应与动词的复数形式搭配。

本科中文名亦由模式属中文名“海神草属”中的专名“海神草”加上“科”字构成。其单纯的中文别名有波喜荡科、波喜荡草科、海王草科等，详见海神草属条目的“词源”一节。