波基浦西火车站站楼共有四层。站楼第一第二层是铁轨与站台。正门位于第三层，现有的绝大部分设施，如小商店，售票室，自动售货机，公共电话，洗手间等，都位于第三层。而第四层主要是挑高的天花板。站楼的候车室以大中央车站的候车大堂为原型，结构非常相似，但装饰则较为简单。

站楼通过一个栈桥连接到位于第一层的2个站台和4条轨道，并有2条楼梯和2个电梯。2个站台均为方便残障人士上下车的高站台。栈桥在跨越站台和铁轨后也连接到位于车站西侧的停车楼，共提供超过1000个停车位。停车楼内亦有2个电梯。而位于正门外的站前小广场还设有的士等候车位，巴士站，临时停车位等设施。

该站是帝国走廊铁路线上一个重要的铁路客运站，往南为美铁系统最繁忙车站纽约宾夕法尼亚车站，而往北为美铁系统第九繁忙车站奥尔巴尼-伦斯勒火车站，而继而向西为雪城，罗切斯特，水牛城。该站共有帝国服务号，亚迪荣戴克号，枫叶号，湖岸特快号及伊森.艾伦号5条线路，共12对火车经过，可直接到达纽约，奥尔巴尼，芝加哥，波士顿，多伦多，蒙特利尔，水牛城，罗切斯特，雪城，克利夫兰等大城市，也可连接到全美各地。在2016年财年度，该站共录得101,536人次乘坐美铁列车，同比上升0.7%.