战争最初在以穆、克族为一方和塞族为另一方之间展开，不久穆、克族关系破裂，彼此间也发生激战。各方先是抢占本族居民占多数的地区，继而塞、穆族之间在东部的塞尔维亚与波黑边界一线、西北地区及首府萨拉热窝，塞、克族之间在北部靠近克罗地亚边界地区争夺地盘。各派武装不断开辟新战场，战火迅速在波黑3/4的土地上蔓延。三族共有20多万人参战，其中穆族11万、塞族8万、克族5万。塞族由于得到南斯拉夫联盟共和国（1992年4月由前南斯拉夫塞尔维亚和黑山两共和国组成）的支持，加之其参战部队中有4万是南斯拉夫人民军1992年5月撤离时留下的波黑籍塞族官兵，装备有坦克、大炮、飞机等重武器（穆、克两族在战争初期基本无重武器），在军事上占有明显优势。到1993年底，占波黑人口31.4%的塞族控制全国约70%的领土，占波黑人口17.3%的克族控制约20%的领土，而占波黑人口43.7%的穆族只控制约10%的领土。

西方加强对波黑干预，战争进入相持阶段（1994.2～1995.7）

北约对波黑的干预从对塞族进行军事威胁升级到实施有限空中打击，于1994年2月上旬向塞族发出限期从萨拉热窝周围撤走所有重武器的最后通牒，下旬以“违禁”为由击落塞族飞机4架。3月在美国敦促下，穆、克两族签署建立联邦和联邦军队的协议，使波黑战场再度形成穆、克族联合对付塞族的新态势。

1994年春，由于塞军的一发120毫米迫击炮打到萨拉热窝造成67名平民死亡，联合国安理会正式授权北约开始空袭。同时克罗地亚人和波斯尼亚人再度结成同盟。3月1日在华府的波斯尼亚-克罗地亚方决议组成联邦。4月10日到11日之间北约小规模的对塞尔维亚方实行轰炸。同年8月，南联盟为摆脱国际社会制裁，在塞族拒绝接受美、俄、英、法、德五国联络小组提出的波黑和平方案后与之断绝一切联系，使塞族陷入孤立无援的境地，军事优势受到削弱，但仍掌握战场主动权。8月5日塞尔维亚方攻击了联合国的武器库，因此北约开始进行轰炸，入秋之后美国对波斯尼亚-克罗地亚方也展开了的军事援助。

在这样的助力下，10月下旬波斯尼亚人在席哈奇附近转为攻势，这个攻势一度成功但是在11月初就遭到塞尔维亚方的反击而不得已只好撤退。塞族实行全民军事总动员，并得到克罗地亚境内“塞尔维亚克拉伊纳共和国”军队的支援，于11月中旬夺回全部失地并包围比哈奇。11月下旬，北约对克拉伊纳塞族控制的乌德比纳机场和波黑塞族的奥托卡导弹基地进行了大规模空袭，但并未改变战场态势。年底，穆、塞双方达成停火协议。

1995年3月，战事又起。7月，塞族相继攻占斯雷布雷尼察和热帕两个“安全区”，并继续围困比哈奇。

塞族丧失军事优势，被迫妥协（1995.8～12）

8月上旬，克罗地亚出动10万军队攻占克拉伊纳地区后，美国提出和解波黑冲突的政策。1995年8月28日，萨拉热窝中央市场被塞族军队炮击，造成37名平民死亡。1995年8月30日至9月14日，北约以萨拉热窝遭炮击为由，出动3400余架次飞机对波黑塞族阵地实施空中突击，并发射13枚“战斧”式巡航导弹，使波黑塞族的指挥、控制、通信系统完全陷入瘫痪。穆、克族军队在克罗地亚军队配合下，乘机在波黑西部向塞族发动进攻。到9月下旬，穆克联邦和塞族实际控制的领土已接近美、俄、英、法、德五国联络小组为双方确定的比例。塞丧失军事优势，被迫同意由南联盟代表其参加由美国主持的波黑和谈。

1995年11月21日，南联盟塞尔维亚、波黑、克罗地亚三国总统在美国俄亥俄州代顿达成《波黑和平框架协议》，并于1995年12月14日在法国巴黎正式签署。协议规定，波黑继续作为统一的主权国家存在，由穆克联邦和塞族共和国两个实体组成，穆克联邦控制波黑领土51%，塞族控制49%。

斯雷布雷尼察位于波黑东部，是穆斯林聚居的一块“飞地”，当地原有居民3万多人。1993年6月，波黑战争期间，联合国安理会宣布将波黑首都萨拉热窝以及斯雷布雷尼察等地划为“安全区”，并规定这些“安全区”为“非军事区”，不应受到任何一方的武装攻击和发生任何敌对行动。然而，这些规定并未得到有关各方的遵守。

1995年7月11日，波黑塞族武装攻占斯雷布雷尼察，并宣布建立地方政权。联合国安理会随后通过决议，希望塞军撤出该地区，无条件释放被扣押的维和人员，并在那里重建联合国安全区，但遭到塞族方面坚决拒绝。12日开始塞尔维亚方将在斯雷布雷尼查居住的波斯尼亚克男子全部屠杀光不留一人。大批波斯尼亚妇女被强奸，还有有身孕的妇女被挑开肚子。史称斯雷布雷尼察大屠杀事件。因为经历这样的事情，在这两地区之间的波斯尼亚克人和塞尔维亚人依旧有着无法抹灭的隔阂和心结。

波黑战争结束后，波黑穆斯林失踪人口委员会在斯雷布雷尼察发现许多埋尸坑，并掘出数千具尸体。长期以来，波黑政府一直否认发生在斯雷布雷尼察的大屠杀事件，直到2004年6月承认。2004年10月14日，波黑政府调查委员会公布调查报告承认，波黑塞族军队和警察部队1995年7月攻占斯雷布雷尼察市后，放走了部分妇女和儿童，但杀害了7000余名穆族男子。

波黑战争是第二次世界大战后在欧洲爆发的规模最大的一次局部战争。战争中，三族共动用近2000门大炮、600辆坦克、600辆装甲车以及一些战斗机等。波黑430多万人口中有27.8万人死亡，200多万人沦为难民；全国85%以上的经济设施遭到破坏，直接经济损失450多亿美元。联合国和由美国、英国、法国、德国和俄罗斯组成的五国联络小组多次试图调停波黑战争，但均无结果。波黑战争的进程伴随着外部势力的军事介入和武装干预，特别是北约所进行的军事干预对战争结局产生了重大影响。

战争因民族矛盾而起，因“统”和“独”而扩大，最后在西方军事打压下结束。在战争中塞、穆、克三族均动了血本，并付出了惨重代价，该国85%的经济设施遭破坏。由民族矛盾引发的战争往往伴有大规模的种族屠杀。为了本民族更多领土，穆、克、塞三族进行了残酷的战斗。波黑境内塞族、穆族分而治之（穆克两族也形同路人）。

战争进行中，联合国安理会先后通过武器禁运、设立安全区、设立禁飞区等各项决议，但都没有使战争停止。最后，联合国安理会通过决议，要求北约以空袭来制止战争。北约从最初的对塞族军事威胁到后来的直接军事介入，充分发挥空中优势，对塞族阵地进行打击，配合地面穆克联军的进攻，最后迫使塞族签署了代顿协议。战争结束后，海牙国际法院向犯有战争和种族灭绝罪的塞族战犯发出通缉令，在全球范围内缉拿。并向前南方面（塞黑共和国和后来的塞尔维亚）提出要求，把与国际刑事法庭合作，缉拿和引渡战犯作为加入欧盟的必要条件。米洛舍维奇、卡拉季奇等一批前南高官最后被塞尔维亚当局逮捕。

波黑战争导致大批人员失踪。迄今已有2万具无名遗骸身份得到确认，但仍有上万人去向不明。波黑实验室正用DNA鉴定无名尸。

在欧洲，20世纪90年代，美国对南联盟的干涉直接激化该国民族矛盾。波黑战争和科索沃战争导致近30万人死亡，近300万人沦为难民。1999年3月，以美国为首的北约军队打着“避免人道主义灾难”的旗号，公然绕过联合国安理会对南联盟实施长达78天的轰炸，造成2000多名无辜平民丧生，6000多人受伤，近100万人流离失所。

前波黑塞尔维亚共和国总统卡拉季奇

被西方称为20世纪最残酷战犯的前波黑塞尔维亚共和国总统卡拉季奇，在被前南国际刑事法庭通缉十三年后，终于未能逃脱厄运，于2008年7月21日被捕。塞尔维亚总统塔迪奇说，塞尔维亚安全部队逮捕了卡拉季奇，这项说法获得海牙前南斯拉夫罪行国际法庭的证实。逃亡13年的前波黑塞族领导人卡拉季奇在塞尔维亚被捕，等待他的，可能是跟前南斯拉夫总统米洛舍维奇一样的命运。然而，他的人生比米洛舍维奇更传奇。这位颇具传奇色彩的人物在许多人心目中是民族英雄，是塞族人的骄傲。是英雄还是战犯，只有等待历史做出公正的评价。毫无疑问，等待他的将是被移送海牙国际刑事法院，接受审判。

塞尔维亚政府和司法部门证实，经过了13年的逃亡之后，被荷兰海牙国际法庭通缉的前波黑塞族领导人卡拉季奇已经被当局逮捕。曾经被看成是已故前南斯拉夫联盟总统米洛舍维奇盟友的卡拉季奇，被控在1995年于波斯尼亚城市斯雷布雷尼察杀害了大约8000名阿尔巴尼亚裔的穆斯林男子。

海牙法庭指控卡拉季奇涉嫌犯有种族清洗和反人类两项罪行，特别是对长达三年多的围困萨拉热窝和发生在1995年7月的斯雷布雷尼察屠杀事件负有直接责任。

卡拉季奇是美国悬赏500万美元通缉的要犯，自从被海牙联合国战争罪犯法庭指控1995年大屠杀之后，他一直潜逃。有人认为，他和前军事指挥官拉特科·姆拉迪奇藏身于塞尔维亚或者是塞尔维亚控制的波斯尼亚的某处。

从1996年被联合国海牙国际法庭发布国际通缉令，他躲过了无数次的逮捕行动。

欧盟2008年7月22日对波斯尼亚塞尔维亚裔战时领袖卡拉季奇被捕表示欢迎，并且形容这是塞尔维亚迈向成为欧盟会员国之路的“重要一步”。欧盟轮值主席国法国当天在一项声明中说：“欧盟对于遭前南斯拉夫罪行国际法庭指控种族灭绝、违反人道罪和犯下战争罪行的卡拉季奇被捕，表示欢迎。”塞尔维亚在2008年4月底和欧盟签署一份稳定与联合协议，这是塞尔维亚迈向长期性与欧盟整合的的第一步，但这项协议并未立即生效，它在等待贝尔格勒与前南斯拉夫罪行国际法庭“充分合作”。欧盟坚持，这项充分合作只有在前波斯尼亚塞尔维亚裔军事领袖卡拉季奇被捕后才能显示出来。

南联盟前总统米洛舍维奇

2001年4月1日，备受国际社会瞩目的南联盟政府逮捕南联盟前总统米洛舍维奇事件终于有了结果：米洛舍维奇已经被逮捕，并且已经被送往贝尔格莱德市中心的监狱。南联盟社会党领导人伊夫科维奇告诉记者说，米洛舍维奇在跟内政部长谈判后之所以决定投降，完全是出于尊重人的生命，想尽可能避免流血冲突。

跟塞尔维亚总理金吉奇关系密切的南联盟高级官员透露说，逮捕米洛舍维奇的决定是上周末南联盟总统科什图尼察在日内瓦访问联合国有关部门期间作出的。塞尔维亚内务部在声明中说，米洛舍维奇因涉嫌“滥用职权和合伙犯罪等罪名”而被捕，他除原有的诉讼，法庭还准备追究其在31日晨拒捕并造成多人受伤的责任。但到目前为止，所有的这些指控还只限于南联盟境内，跟所谓的海牙国际战犯法庭没有任何的关联。

美国总统布什，英国外长库克都先后表态，光是逮住米洛舍维奇还是远远不够的，一定要把他送交海牙前南战犯法庭接受审判。