现代化的波罗的海火车站建筑建于1855年至1858年间，由建筑师克拉考负责，他曾负责巴黎东站的建筑。1931年至1932年间，波罗的海火车站重建，1933年，波罗的海接收和发送来往夏宫的乘客，客运量占俄罗斯第一。

21世纪初，火车站进行了翻修，2003年4月，引进了自动控制系统。