最终克哈星发动了武装反抗。联邦增强了当地的治安，但并没能阻止叛乱。克哈的参议员安格斯·蒙斯克是起义的领导者。联邦最终从克哈撤出了军事力量，然后派遣了三个幽灵特工暗杀了安格斯·蒙斯克，他的妻子，以及他最小的孩子。安格斯·蒙斯克的头颅不翼而飞。这大大地削弱了反叛。

安格斯的儿子阿克图尔斯·蒙斯克是联邦的前勘探家，他对父亲叛变的举动感到很尴尬，而当得知父亲的死讯的时候，他扛起了反叛的大旗。当他拜访尤摩扬的时候，泰伦联邦发射了一千颗天启级核弹，摧毁了克哈星表面的所有生命。

阿克图尔斯·蒙斯克把他叛军的残余人员命名为“克哈之子”，开始了反抗联邦的活动。

在他的进攻中，在Vyctor 5行星上他发现了莎拉·凯瑞甘和异虫实验体，这里在进行幽灵特工的实验。这时候这些异虫还没有被引起重视。

他的组织根本不存在于联邦的媒体中，直到他进攻了塔桑尼斯上的幽灵特工学院。这之后，泰伦联邦宣布克哈之子是一支非法的武装势力，并且开始通缉他们。然而起义的殖民地不断地加入了克哈之子的阵营。

联邦的异虫实验依然在继续，经常失控导致很严重的后果。其中一个试验地区就是乔·萨拉，这是一个很重要的殖民地，是阿尔法中队的总部。当克哈之子入侵了这个星球的时候，阿尔法中队又被调遣了回来，对当地的军事组织形成了很大的威胁。阿尔法中队击败了克哈之子，但是遭遇了很多异虫，还有地狱犬行动小队。

在乔·萨拉的异虫实验体十分强大，原本是实验室的Flannum科学站已经被它们包围了。地狱犬行动小队和阿尔法中队击败了异虫进入了科学站内部。在里面，他们发现异虫比他们预想的要聪明很多（他们挟持了科学家们）。但是科学站的异虫最后还是被解决了。

异虫很快包围了行星首府Los Andares，使得阿尔法中队不得不前来援助。当他们击退异虫之后，殖民地总督认为应该建立严密的防线来保护自己的人民，但是联邦更倾向于向异虫的母巢发动进攻，而阿尔法中队不得不和他们合作。在击败了异虫之后，地狱犬行动小队命令目击者不要向外透露任何关于异虫的信息，然后就离开了这里，之后阿尔法中队也离开了。这是在《星际争霸》正篇故事发生之前一个月的事情。

联邦还有一个很“有趣”的计划。他们没有通知乔·萨拉，也不派遣任何援兵，放任乔·萨拉由异虫肆虐。最终这颗星球上的所有人都被异虫感染或者杀害了。这时候，执行官塔萨达尔的星灵远征舰队找到了异虫的巢穴，并将整个乔·萨拉“净化”（由高空轨道上的航母使用净化火炮将星球地表一切生命摧毁）。

乔·萨拉被净化一事震惊了泰伦联邦。这是他们第一次和星灵公开接触。

不久之后，异虫被联邦政府公开了存在，同时它们很快感染了邻近的玛·萨拉。塔萨达尔率领的星灵远征舰队也来到了这里，联邦军队与它们发生了冲突，但很快星灵舰队就撤退了。

由于阿尔法中队实力不足以应对如此之多的异虫，整个星球都落入了异虫手中。联邦甚至干脆就不援救殖民者——这个任务最后由克哈之子完成了。在最后关头，克哈之子进攻了雅各布科学站，并且窃取了可以改变内战的强大武器——灵能发生器的设计图。克哈之子们一开始狗咬刺猬——他们获得的磁碟是被加密了的。在进攻的过程中他们发现异虫已经占领了科学站。

在玛·萨拉的居民撤出后，塔萨达尔对这颗星球进行了“净化”，就如同他们对乔·萨拉做的那样。

安提加主星的殖民者开始反叛。阿尔法中队来镇压，克哈之子前来帮助反叛军。在当地反叛军的协助下，克哈之子击败了阿尔法中队，联邦计划调动更多军队来镇压叛乱，但是由于异虫的入侵使得增兵计划难以实现。异虫击落了埃德蒙·杜克所在的阿尔法中队旗舰——诺德Ⅱ号。克哈之子给了这个杜克将军选择的权利：被杀死，或者加入克哈之子。蒙斯克还向其许诺，如果成功推翻联邦政府，他将会成为新国家的大员。权衡利弊之下，杜克选择了倒戈卸甲，以礼来降。

阿尔法中队被认为是联邦最精锐的中队，他们的叛乱令联邦大跌眼镜。他们派出了德尔塔中队，命令他们无视异虫威胁，专注于消灭阿尔法中队。克哈之子将灵能发生器装置在了德尔塔中队的基地中，将异虫引诱到了这里，德尔塔中队在异虫的攻势下溃不成军。

异虫很快占领了整个安提加主星，不久后，紧随着异虫踪迹的星灵舰队来到，再次“净化了”安提加主星。

克哈对他们的新武器——灵能发生器感到十分满意，蒙斯克决定进行他战略计划的最终部分：摧毁联邦的首都塔桑尼斯。

计划进展顺利，埃德蒙·杜克发起佯攻吸引了联邦军队的大部分火力，然后蒙斯克派出凯瑞甘降落地面安装灵能发生器。由于未知的原因（可能是由于杜克的干扰），联邦没有使出他们的秘密武器——灵能干扰器。

由于大量的异虫出现在塔桑尼斯，星灵的净化舰队迅速赶到了这里。然而此时尚有不少联邦的重要成员（包括很多“旧家族”）还在塔桑尼斯上，如果星灵对异虫发动攻击，这些联邦的重要人物就能伺机逃脱。于是蒙斯克决定派遣凯瑞甘和一支精干的部队去阻止星灵的攻势，如此一来联邦的达官贵人就无法逃脱这个星球，凯瑞甘最终完成了任务，然而蒙斯克却没有派出撤离队伍，而是抛弃了她，所有克哈之子的战舰离开了塔桑尼斯星域。

同时，联邦的残余力量在异虫和星灵的夹缝中挣扎，最终异虫击败了双方，但它们很快离开了塔桑尼斯。

联邦被泰伦帝国征服了，泰伦帝国就是克哈之子的新名字。很多联邦的残余成员归顺了蒙斯克，不管是不是心甘情愿。然而联邦的势力还是存在的。

其中一个，比如联邦反抗军，在资料片中加入了联合地球理事会（UED），但是现在的状况未知。

星灵和科技发达的凯莫瑞安海盗发现了更多的联邦成员在研究异虫。他们开始和被感染了的阿列克谢·斯托科夫交锋，最终打败了他。

《星际争霸》的游戏和小说中描述了很多的军事组织——中队，他们由泰伦联邦创建，而且拥有很高的自治权。联邦被击败后有些中队被吸收进了泰伦帝国。

阿尔法中队，在星际争霸的说明手册里还叫做“血鹰”（Blood Hawks），以埃德蒙·杜克将军为首。在游戏中阿尔法中队的代表颜色是白色。

据说他们是联邦里最为精锐的中队。阿尔法中队的格言是“先进先出”（First In First Out），他们原本驻扎在乔·萨拉并以此为总部，但由于异虫的肆虐和星灵的净化不得不撤离。

阿尔法中队又被叫回了乔·萨拉对抗克哈之子。他们接到的命令是对克哈之子绝不手软。然而，他们还遇见了异虫和地狱犬行动小组，他们正在组织防御力量抵抗异虫的进攻。杜克将军亲自率领阿尔法中队防守乔·萨拉的首都Los Andares。由于异虫的压倒性数量优势，阿尔法中队不得不撤出乔·萨拉。

阿尔法中队来到了玛·萨拉，由于对星灵这个种族的不了解，他们鲁莽地进攻了塔萨达尔的星灵远征舰队，此时塔萨达尔并无意开战，选择先撤退离开，他计划等到时机成熟再一举剿灭异虫。

在玛·萨拉上，阿尔法中队把殖民者集中在了荒芜的地方，然后逮捕了当地的民兵。然而中队没有和异虫交战，也没有派部队防御玛·萨拉主要城市，对于当地居民的撤离也置若罔闻。他们反而对研究异虫生态的雅各布科学站更感兴趣，派强了大量兵力防守。

阿尔法中队在玛·萨拉被净化之前就撤退了，来到了安提加主星行星与克哈之子交战。在这里埃德蒙·杜克将军的诺德Ⅱ号战列舰被异虫击落了。阿克图尔斯救了他，然后他不得不投靠了克哈之子。阿尔法中队变成了蒙斯克的王牌，帝国建立之后仍然是重要角色。

地狱犬行动小组是一支同时从事隐秘作战与科学研究的特别小组。

他们第一次登场是在乔·萨拉，一同出现的阵营还有克哈之子和异虫，以及前来剿灭他们的阿尔法中队。行动小组的主力部队没有在游戏中出现，仅仅出现了一支小分队，其中包括四个火蝠和两台歌利亚机甲。他们帮助阿尔法中队击退了克哈之子。

小组的指挥官对殖民地的总督Collins颇有成见，因为后者不同意自己的理论和策略。Collins说联邦早就知道了异虫的存在，而且一直在研究他们，然而最后失控了，用于研究它们的Flannum科学站被异虫占领了。阿尔法中队和地狱犬小队联手对Flannum科学站展开了攻击。

小组的指挥官只派遣了自己的士兵进入Flannum科学站。他说他的士兵知道科学站的密码（该密码只有总督知道），有了这个密码就可以利用生物扫描仪定位科学家们。然而异虫能够躲避这种扫描。地狱犬小组最后救出了科学家和保安部队。

之后异虫攻占了乔·萨拉的首都Los Andares。阿尔法中队的埃德蒙·杜克将军亲自率兵防守这座城市。胜利之后当地总督认为应该加强防守这个殖民地，而地狱犬小队的指挥官驳回了他的建议，而且此时殖民地的实际指挥权在他的手中：“根据殖民地紧急行动准则副章1602条，我现在代替你成为这里的指挥官。”

地狱犬小组感觉现在是进攻异虫母巢的最佳时机。并得到了阿尔法中队的杜克将军的同意。

他们的计划最终成功，异虫被赶出了殖民地。小组指挥官说：“来自于联邦的最高命令，所有关于异虫的事件都归于第七类协议之下。不要告诉任何人这些异虫的存在，也不要提及任何和它们出现相关的事件。违反这些协议的人将会遭到立即审判。我们这场谈话从来没有发生过，我们也没来过这里。”

德尔塔中队的资料很少，从故事和游戏中的表现来看，德尔塔中队规模比阿尔法中队略大。杜克说这个中队没有自己的专业。在游戏中，德尔塔中队在安提加主星和塔桑尼斯与克哈之子展开了激烈战斗，不过两次都被击败。他们的代表颜色是橙色。

在星际争霸手册中这个中队的资料很少。他们在联邦的边缘地区操作科学船的监视网。他们的代表颜色是黄色，现在的状况未知。

这个中队的资料最少，只在暴雪娱乐的网站上提起过。这个中队的兵力组成有陆战队员，SCV和瓦格雷。

瓦格雷（Valkurie）是UED入侵科普卢星区星系的时候才出现的兵种。这表明这个中队和泰伦帝国有联系，很可能已经被吸收了。颜色未知。

新星中队在数目上比其他中队要少很多，但都是精英，类似于阿尔法中队。他的主要目的是间谍活动，目标甚至包括其他中队。中队的领导者为Jackon Hauler上校，代表颜色为紫色。

在玛·萨拉上，新星中队向驻守此地的阿尔法中队提供了大量情报；然而当异虫来袭时，许多新星中队的士兵被困在设施中，吉姆·雷诺曾在死水站中救下了不少中队成员

新星中队还在一个星际争霸的隐藏地图上登场过，不过此战役并未列入官方正式剧情。在塔桑尼斯，凯瑞甘来到表面启动灵能发生器之前曾经和新星中队、德尔塔中队和欧米茄中队交手来干扰他们的行动。最后凯瑞甘成功地启动了发生器，但不久之后新星中队就发射了新星空间站逃跑了。

然而，新星中队最终还是被UED控制了，但是有名无实。他们可能还控制着欧米茄的残余成员，因为Hauler的徽章包含有欧米茄中队的标志。

根据杜克将军所说，欧米茄中队不如阿尔法中队训练有素。他们的成员都是些穷凶极恶的家伙，虽然他们纪律不严明，但是这些士兵是联邦里最坚强的（也是最有破坏性的），他们经常会采取不顾一切的手段。

欧米茄中队在塔桑尼斯与克哈之子和异虫发生过激烈战斗，但最后还是被击溃。

最后其中的一些成员，如Gui Montag少校，现在已经成为了帝国的成员，表明欧米茄中队的部分或者全部成员可能已经投降，并已被帝国洗脑。同时也有说法认为他们现在已经成为了新星中队的一部分，隶属泰伦帝国。在手册中欧米茄中队的代表颜色颜色是黑色，但在游戏中，欧米茄中队的颜色是绿色。