《洛克人 ZERO3》游戏故事讲述，一只不明来历的宇宙船坠落在一个雪山上。雪儿博士从中探测到与“黑暗精灵”一样的能量源，ZERO在调查时，遇到巨大的思考型机器人“Ω” (Omega) 。三位天王急于毁灭“Ω”之际，一名自称“拜鲁博士” (Dr. Weil) 的科学家中断了双方的攻击。这个一百年前被放逐的科学家宣布Ω成为新·阿卡迪亚的一员。突然，一个貌似 X 的思考型机器人——COPY- X-II （Copy-X的复制体）到场，挑衅ZERO尽快找到“黑暗精灵”。贤将深知拜鲁与新·阿卡迪亚曾经发动“精灵战争” (Elf War) ，但也不能逆COPY- X-II 的意思，便随一众离去。唯ZERO一人不明拜鲁“看看你的身体还可能顶多久”一言。重整后的反抗军，开始调查新·阿卡迪亚最近的变动，也挑起了对拜鲁和八审官的决战。为了全力寻找“黑暗精灵”的拜鲁与COPY-X-II 将内藏Ω的导弹射向人类居住区，ZERO不能阻止奥米加与黑暗精灵合体，只能救回被其重伤的贤将。COPY-X-II 向雪儿博士要求分出“雪儿系统”，但雪儿实在不相信拜鲁一众，拒绝要求后，ZERO立即被COPY-X-II 定为恐怖分子。迎击尼奥·阿鲁卡地亚的进攻后，ZERO潜入新·阿卡迪亚的高空总部——复活COPY-X-II 所在的地点，copy-X -II战败的时候，真正的精灵 X 出现，告知两人事实，COPY-X-II 不信，欲变身时引发拜鲁设下的自爆程序，ZERO亦正中了拜鲁的圈套：在众人面前杀了新·阿卡迪亚的统领，拜鲁顺理成章成为了新的统治者。反抗军继续寻找有关拜鲁、OMEGA、黑暗精灵与精灵战争的资料，发现了令人惊栗的事实：自非正规机械战争后，电子精灵被大量使用，当中力量最大的为“母亲精灵” (Mother Elf) 。野心家拜鲁博士，将母亲精灵变成黑暗精灵，用OMEGA和她的力量，杀了地上过半人类和思考型机器人，史称“精灵战争”。ZERO知道真相后誓要打败OMEGA，闯到“新·阿卡迪亚地下” (Under Arcadia) 动力部，再到拜鲁的地下研究所。先后打败OMEGA两个形态后，ZERO著地于自己苏醒地方，面对OMEGA的终极形态——ZERO的“真身”。拜鲁声称ZERO的身体其实是复制出来的，OMEGA才拥有赤色战神的真正力量。不过ZERO还是击败只是拥有自己真身却没有心的OMEGA，正当黑暗精灵让OMEGA回复战斗力之际，三天王联攻OMEGA，精灵 X 出现，把事情因由告知ZERO。