水利局内设办公室、人事科、财务科、政工监察室、农村水利水保科、灾害防御科、水政科、河长制工作科、计划建设科、质监站、等10个科室；下属水政监察大队、农村水利水保技术推广站、伊洛河生态湿地公园管理处、伊洛河流域水生态治理中心、水利工程服务站、库渠服务中心、利农供水有限公司、陆管服务中心等8个二级机构。

上述各机构承担着偃师水利的各项建设和管理任务，为偃师经济的发展起到了支撑和保障作用。