正德元年（1506），由贵州巡抚，召督漕运兼巡抚凤阳诸处。

正德二年（1507），进右都御史，仍管漕运。苏州、松江（今上海）、浙江运舟由下港口及孟渎河溯大江以达瓜洲，远涉二百八十余里，容易遭受风涛。洪钟言：“孟渎对江有夹河，可抵白塔河口。旧置四闸，径四十里。至宜陵镇再折而北，即抵扬州运河。开浚为便。”从之。

正德三年（1508），改掌南京都察院，升南京刑部尚书。

正德四年（1509），历任工部尚书、刑部尚书。冬，加太子少保兼左都御史，掌院事，赐玉带。

正德五年（1510）春，湖广发生饥荒，盗贼群起。命洪钟以本官总制湖广、陕西、河南、四川四省军务。沔阳贼杨清、丘仁等僭称天王、将军，出没洞庭湖间。围岳州，陷临湘，官军屡次失利。洪钟与总兵官毛伦命令都指挥潘勋、柴奎，布政使陈镐，副使蒋升击破之于麻穰滩，擒斩七百四十余人，贼遂平。起初，洪钟掌院事，刘瑾权势熏天。刘瑾被诛后，言官弹劾洪钟包庇刘瑾鞭挞御史。朝议以洪钟讨贼，置不问。

保宁（今四川阆中）贼蓝廷瑞自称顺天王，鄢本恕自称“刮地王”，同党廖惠称“扫地王”，聚众十万余，置四十八总管，延蔓陕西、湖广之境。蓝廷瑞与廖惠谋据保宁，鄢本恕谋据汉中，取郧阳，由荆州、襄阳东下。四川巡抚林俊建议扼守通江，而廖惠已至，攻陷其城，杀参议黄瓒，佥事钱朝凤等遁去。官军自他郡还，贼疑援兵至，亦遁。林俊益发罗、回及石硅士兵助钱朝凤进剿，参议公勉仁亦会。龙滩河涨水，贼半渡，罗、回奋击之，擒斩八百余人，坠崖溺水甚众。林俊复遣知府张敏、何珊等追之，生擒廖惠，余众奔陕西西乡。洪钟乃下令招抚，归者万余人。贼收拢散亡，攻陷营山，杀佥事王源，纵掠蓬州、剑州。

洪钟前赴四川，与林俊议多不合，军机牵制，贼势益炽。洪钟于是下令陕西、湖广、河南兵分道进，湖广兵先追及于陕西石泉。蓝廷瑞走汉中，都指挥金冕围之。陕西巡抚蓝章方驻汉中，蓝廷瑞遣其党何虎拜访蓝章，乞求返回四川就抚。蓝章认为蓝廷瑞本是四川的盗贼，恐急之必致死，陕且受患，于是令金冕护之出境。蓝廷瑞入川，求降，洪钟等令至东乡听抚。蓝廷瑞的本意是缓兵之计，迁延累月，依山结营，要求营山县或临江市屯其众，遣官为质。洪钟令汉中通判罗贤入其营。鄢本恕来谒，约既定，官军有杀其砍柴者，贼复疑惧，于是杀害罗贤，重新作乱。官军建造七垒守之，贼不得逸，其党渐溃。蓝廷瑞以所掠女子诈为己女，和永顺土舍彭世麟联姻，希望能够趁机逃逸。彭世麟密告洪钟，洪钟授方略使图之。蓝廷瑞、鄢本恕和同党王金珠等二十八人按期赴会。伏发就擒，只有廖麻子逃脱。其众闻变，惊溃渡河。洪钟遣兵追击，俘斩七百余人。赐白金、麒麟服，以功进太子太保。

不久，廖麻子及同党曹甫劫掠营山、蓬州。正德七年（1512），总兵官杨宏，副使张敏、马昊、何珊等合击之。贼势蹙，洪钟乃议招抚。张敏以单骑拜访曹甫营，曹甫听命，遂赴军门受约束，归散其党。而廖麻子怨恨曹甫背叛自己，杀之，并其众，转掠川东。官军不敢击，偷偷跟在贼后，杀良民为功，土兵虐尤甚。时有谣曰：“贼如梳，军如篦，土兵如剃。”巡按御史王纶、纪功御史汪景芳弹劾洪钟纵兵不加约束。王纶复奏洪钟乐饮纵游，致贼自合州（今重庆合川）渡江陷州县。诏召洪钟还，以彭泽代，洪钟遂乞归，赐驰驿还，仍进荣禄大夫，录其孙一人入监。

洪钟筑两峰书院于西湖之上，自号两峰居士，每日与朋友徜徉诗酒以为乐。

嘉靖元年（1521），诏进阶特进光禄大夫、柱国，赐玄纁、羊酒，遣有司慰劳，众人议论以洪钟是先朝之老，抱负经济，年虽老迈，而精力未衰，优之庙廊，足倚为重，嘉靖帝想再次启用洪钟。

嘉靖二年（1523）四月十九日卒，年八十一岁，赐葬钱塘东穆坞，谥襄惠。

洪钟的家族世代居住于鄱阳，南宋太师洪皓始赐第于钱塘。八世祖曾任南宋浙东安抚使。元朝初年，避难居住于上虞。明朝建立后，重新迁回了钱塘。

祖父：洪有恒，原名洪武兴，有人上书言其名冒犯年号，朱元璋说“此朕兴之兆耳”，御书“有恒”赐之。

父：洪薪，曾任徽州批验所大使。

嗣子：洪澄

《明史》：洪钟、陈金威略甚著，而土兵之谣，闻之心恻，斯又统戎旃者所当留意也。