2001年夏季，队员们在洹北商城遗址南北中轴线附近一条现代人工沟的剖面，清理出27处商代夯土建筑。其中一“回”字形基址就是后来定名为一号的基址，编号为2001HBCF1，是迄今发现的最大的商代建筑基址。在随后的勘察中，考古队员们又陆续在这条人工沟西部钻探出更多的大型夯土建筑。至此，宫殿建筑群“浮出水面”。 洹北商城遗址的发掘过程是十分曲折的。起初考古界同行并不十分看好这一遗址的发掘工作，安阳考古工作队在巨大的压力下坚持钻探挖掘，终于发现洹北商城宫殿区，震惊了整个考古界。这次发掘的过程充分证明了现代考古学方法的高效率性，1998年春采用粗放式的“单排线型布孔法”，沿东西方向以10－20米为间距，横向布孔1300米，纵向布孔1200米进行钻探，成功地将上世纪60年代以来这一范围内的数次考古发现连成一片；1999年采用“地下遗迹导向法”，证实该夯土遗迹为一处封闭的方形夯土城墙的墙槽；2001年采用“线型布孔法”和“遗迹导向法”相结合的办法，于洹北商城南北中轴线南段发现27处大型夯土基址。整个洹北商城的发掘过程就是现代考古方法的完美应用过程。

宫殿区的发现是系统考察城址布局的结果。考古队有目的地在洹北商城中轴线南段勘察，发现一处面积近1．6万平方米的巨大“回”字型基址（即1号基址），并在安阳航校机场西部铲出基址的基槽剖面，随后，又在北部不远处发现更多的夯土基址断面。这里共发现夯土基址27处，由于各种因素的影响，除1号基址及其附近的一处基址外，其他基址均未探明形制。几乎所有宫殿区内的基址周围都倒塌有大量红烧土堆积，这为探究宫殿区毁灭的原因提供了极为重要的线索。

据安阳考古队解释，这些烧土是基址倒塌的墙体和屋顶的残块，大部分呈红色，但接近于地面的烧土则呈黑色，这是土在受热过程中含铁的成份氧化和还原的不同结果，表明墙体和屋顶倒塌后仍在燃烧。也就是说，洹北商城极有可能毁于一场大火之中。综合一下基址的分布情况，宫殿区南北长至少500米，东西宽远在200米以上。

洹北商城一号宫殿基址

一号宫殿基址位于宫殿区东南，南北中轴线南段，东西长173米，南北宽约90米，面积达1．6万平方米，整体结构呈“回”字型，很像“四合院”。方向与城的方向一致。整个基址的建筑物部分由门塾（包括两个门道）、主殿、主殿两旁的廊庑、西配殿、门塾两旁的长廊组成。预计尚未发掘的基址东部还应有东配殿。廊庑和门塾位于宫殿南部。门塾居中，两侧是廊庑。两条宽约4米的门道穿过门塾，直达宫殿的庭院。庭院南北宽68米、东西长140余米，是商王召集大臣等人开大会的地方。史书上记载，“商王聚众庭院，多时可达万人”。穿过庭院是北部的正殿，正殿上是清晰的柱网结构。保存下来的殿基高于当时地面约0．6米，据考古工作者透露，从发掘情况看，主殿南北宽约14．4米，东西总长度当在90米以上。现揭露的只是正殿的西部，已清理出的9间房屋，每间宽约8米，进深5米许。正殿的每间房屋的前面都对应有台阶，这些台阶通常长3米左右，底部竖2根直径约0．2米的木头，再用3－4根横木固定，形成木质踏步、土木混合结构。无论是清晰的柱网结构还是木质踏步的台阶，在商代建筑遗迹中都是首次发现。台阶下还有祭祀坑。

从祭祀坑里骨肢的形状来看，可以肯定是人骨。商人有着极高的宗教热情，重视祭祀，常于大兴土木及未完工时，以人、动物做祭祀品祭拜祖先请求保护。主殿西侧是一条总长度达30米的双面廊庑，宽3米左右，为东西向，被一条南北向的通道分为东西两部分，该通道宽4米，南北纵深9米。西配殿南北长85．6米，东西宽13．6米，共设有3个台阶，三个台阶前均发现残碎的猪、羊骨头。与主殿及其廊庑不同的是，西配殿平面上没有发现柱洞。但从该殿周围倒塌的大量土坯残块看，该殿原来可能建有土坯墙，在后期曾遭受较大破坏。西配殿南端相接的是南庑，宽也是3米左右，西配殿与正殿西侧廊庑不同，南庑为单廊庑。门塾在南庑的中段，分为西塾、东塾、中塾三部分。门道是门塾内保存最好的部分。它由两侧的墙体、方形壁柱、墙体内圆柱、门槛、台阶、夹板等构成。门塾内外两侧现已发现20余处祭祀坑。

考证发现，这座宫殿建筑结构严谨，使用的建筑材料也十分讲究。比如精细的夯土，多种规格的土坯，精心加工的方形和圆形廊柱，以及用苇束为骨的抹泥屋顶等。还发现大量用草和泥混合制成的土坯，这种类似早期砖的建筑材料，在殷墟一带考古发掘中也是首次发现。

唐际根博士说，这座宫殿表面清晰的柱网结构超过以前发现的任何商代建筑，加上保存下来的台阶、门道，特别是周围倒塌着丰富的墙体和屋顶残块，可以最大限度地复原出一座规模宏大的商代宫殿。

洹北商城遗址是考古队员们综合过去历年的考古资料，作深入分析后，应用现代考古学方法，主动寻找并发现的一处都城遗址。它的发现，首先具有重要的方法论意义。

洹北商城遗址的发现改变了殷墟的概念。时间上，延长了殷商的历史时间。以往考古界将商王朝的考古编年划分为早、晚两期，但是在研究一些商代出土的青铜器时发现，无论是形态还是花纹，既不属于“早商”，也排不进“晚商”。作为权宜之计，只好将这些文物单独列在一起，称之为“过渡阶段”的文物。洹北商城遗址的发现，填补了以郑州二里冈为代表的早期商文化和以传统意义上的殷墟为代表的晚期商文化之间的时间缺环，完善了商王朝的编年框架。洹北商城遗址内发现的“甲骨”，可以证明其处于早商和晚商之间的中商文明时期。空间上，延伸了殷墟的范围。

洹北商城遗址位于原殷墟的东北部，城内分布有规模巨大的建筑基址，可以最大限度地复原。洹北商城还是古代城市建设中轴线布局的例子之一，一号宫殿基址就是在南北中轴线南段发现的。一号宫殿基址的“四合院”式建筑布局将中国传统建筑形式“四合院”历史追溯到商朝。考古工作队在发掘钻探研究的基础上，发现洹北商城改变了对殷墟原内部布局的认识，在洹北商城时期原殷墟宫殿遗址只是作为居民点，直到后来商王朝中心才由洹北商城逐渐转移到原殷墟宫殿遗址。

洹北商城遗址和宫殿宗庙区遗址、王陵区遗址共同构成了殷墟申报遗址的范围，真正体现了世界遗产大会原真性、完整性、价值性的要求，内容更加丰富，增加了殷墟申遗的砝码。

殷墟王陵遗址与殷墟宫殿宗庙遗址、洹北商城遗址等共同组成了规模宏大、气势恢宏的殷墟遗址。

1999年1月，河南安阳殷墟遗址东北部地下约2米深处，新发现一座规模巨大的商代城址。对于熟悉考古学的人们来说，这一消息可谓石破天惊。因为殷墟科学发掘的历史已经长达70余年，是我国有史以来考古发掘时间最长的遗址，此前从未找到过任何与城址有关的迹象。一些学者早就断言殷墟不可能发现城墙，甚至以“殷墟为什么没有城墙”为课题，展开专项研究。这一城址的发现彻底改变了传统的“殷墟”的概念，被誉为继殷墟发现甲骨文之后的最重要的科研突破。

该城址平面略呈方形，南北长2200米，东西宽2150米，总面积约4.7平方公里。方向北偏东13度。城址的南北中轴线南段，已确认分布有宫殿宗庙建筑群。地下文物表明，这座城址的年代略早于作为商王朝晚期都邑的传统概念上的“殷墟”，分布上与旧的“殷墟”范围略有重叠，但整体在洹河北岸。根据这座古城址的主要发现者唐际根博士的提议，学术界将其命名为“洹北商城”。

2006年7月13日，洹北商城与1930年代发现的殷墟王陵区以及小屯宫殿宗庙区一道，作为中国第33处世界文化遗产项目的核心内容，被列入世界文化遗产名录，成为该项世界文化遗产的一部分。

1960年至2002年，殷墟商城的地位从怀疑到发现整整跨越了40多年，直至1999年中国社科院考古研究所安阳工作队在殷墟西北发现了一座面积达4．7平方公里的都城遗址，并把它命名为“洹北商城”，才最终解开了殷墟就是盘庚都城的疑团。

洹北商城的发现，经历了一个十分曲折的过程。上世纪60年代，中国社科院考古研究所安阳工作队的杨锡璋先生曾经在其撰写的洹河流域调查报告中，列出了一个地点：洹北花园庄东；1964年，安阳博物馆在花园庄南清理出一批青铜器；1979年，又在花园庄以东的董王度村发现一批青铜器；1980年，考古所安阳工作队在花园庄北发掘了一批商代墓葬。这4次考古发现的地点极为集中，但由于种种原因，并没有为当时的学术界所重视。

1997年，中国社科院考古研究所安阳工作队和美国明尼苏达大学合作开展了“洹河流域区域考古调查”，又正值“夏商周断代工程”正式启动，学者们对洹北花园庄附近进行了小规模的发掘，获得一批实物资料。唐际根等人整理后认为，这一带的遗存应该略晚于郑州，而又早于殷墟。

1998年，唐际根、刘忠伏等人按照洹河流域区域考古调查课题组的既定部署，又做了重点调查，证实1960年以来的4次发现属同一遗址，其面积应在150万平方米以上。1999年11月，刘忠伏等人发现了洹北商城的地下城墙基槽夯土。之后，经过两个月的钻探，唐际根、刘忠伏等将四面城墙基槽均钻探出来，并最终确定该城址呈方形，面积超过4.7平方公里。至此，洹北商城遗址惊现古都安阳。

2021年9月，被评选为河南考古百年百大考古发现。