南溪书院原为郑义斋别墅,位于尤溪县城南公山之麓，毓秀峰下，原名溪南馆。该建筑始建于北宋中期，是我国南宋时期著名的理学家、教育家朱熹的诞生地。北宋宣和五年至七年（1123—1125），朱熹之父朱松任尤溪县尉，郑安道之子郑德与任尤溪县宰，与朱松成为莫逆之交。建炎三年十二月，朱松权职建州，时值方腊起义，朱松听说有“虏骑”自江西入邵武，便弃官携家上政和，寄居垄寺。五月初避叛兵南下尤溪，寄居郑安道南溪别墅。建炎四年（1130）农历九月十五日朱熹生于此。 南宋嘉熙元年（1237年），即朱熹去世37年后，当时尤溪县令李修捐金修葺，在朱熹诞生地创建朱子祠，地盘在原有的基础上略有扩展，新建房三楹，祀朱松、朱熹父子。南宋淳祐五年（1245）冬，上饶人施偾扩建讲堂于祠堂之右，名曰“会极堂”，作为书院的讲堂之所。南宋宝祐元年（1253）宋理宗御题“南溪书院”因而得名。德祐元年（1275），皇帝御书赐额“南溪书院”匾，悬挂于书院的大门上方。元至正元年（1341）分建两祠，即韦斋祠、文公祠，至此朱熹与其父分祀。中书省理问爱卨题颂“闽中尼山”匾额，悬挂于韦斋祠堂大门之上，又题褒“海滨邹鲁”，把朱熹誉为福建尤溪的孔子。明正统十三年（1448），邓茂七起义军攻破尤溪城邑，城南一带民居和南溪书院同时毁于战火。明景泰二年（1450），重修南溪书院，其规模又进一步扩展，景泰皇帝为朱熹钦颁像赞，赞曰“德盛仁熟，理明义精，布诸方策，启我后人”，对朱熹正心诚意的哲学思想推崇备至。明弘治十一年（1499）扩建正堂及左右舍五间。清康熙五十二年（1753）赐御书“文山毓哲”匾额 。在赐匾之前，曾督促地方府县先事修葺，作规模较大的翻新扩建，制定了学规章程。筹集学田，劝学助学，书院遂日臻完善。至民国十八、九年（1929—1930），据乡老传闻，邑人卢兴邦为纪念朱子诞辰800周年，先期重新整顿了院规学田，部署专人管理。之后又进行了规模较大的翻修，重塑了朱子金身坐像，南溪书院外貌有所改观。1957年，南溪书院被作为沙尤公路指挥部、林业化工厂使用，一场意外大火烧毁了文公祠、韦斋祠的主要部分。1972年，批林批孔批朱熹运动，文公祠、韦斋祠华表又再遭劫难，后遗址被县二轻局作为塑料厂建设征用。