天聪五年（1631年）七月，后金设立六部，济尔哈朗主管刑部事务，不久就随皇太极出征大凌河城，负责策应并攻陷周边台堡，最终获得胜利。

天聪六年（1632年）五月，济尔哈朗随从皇太极远征察哈尔部，率领右翼四旗攻占归化城，收其黄河一带的部民千余人。

天聪七年（1633年）五月，明将孔有德、耿仲明自登州航海来降，济尔哈朗等迎护其众。六月，皇太极询问该先打明朝、朝鲜、察哈尔三者中哪一个，济尔哈朗认为朝鲜不必征，而明朝是后金敌国，应先夺取明京畿数城驻扎，等待机会，并屯兵于山海关以东、锦州以西，骚扰明军耕种，使其不得休息，又分兵一半于山海关前立营，半绕入关后，内外夹攻，如此则明朝必败。

天聪十年（1636年）四月，皇太极称帝，改国号大清，改年号崇德，济尔哈朗受封和硕郑亲王（Hošoi ujen cin wang，音译为“和硕乌真亲王”，乌真为“重”之意，或作乌金、无极、右真等）。其后清军西掠塞内，东攻朝鲜，济尔哈朗或留守沈阳，或率军攻宁远、锦州以策应。在崇德四年（1639年）五月进攻松山、锦州的军事行动中，济尔哈朗九战九捷，俘虏二千余人。

主词条：松锦之战

崇德五年（1640年）三月，皇太极命济尔哈朗领兵修整义州城，驻兵屯田，以长期围困骚扰锦州并妨碍明人耕种。其后，济尔哈朗每三个月就与多尔衮轮番围困锦州，并在锦州外围与明朝援军交战。在他第一次围城期间，有曾附明之蒙古多罗特部苏班岱、阿巴尔岱居杏山西五里台，准备归顺清朝。皇太极命济尔哈朗与多铎、郡王阿达礼率一千五百兵前去接应。皇太极料定明军见清军兵少，必来迎战，嘱咐济尔哈朗做好准备，果然明杏山总兵刘肇基沿城结营，与锦州、松山守将分翼列阵，进逼清军，济尔哈朗命令驻军待明军呼噪而来，随后亲自督战，冲入明军阵中，与诸王、贝勒并进，大败明军，追奔至城下，斩其副将杨伦等，又遣兵破明军两营于城南，献所获马、械于御营，皇太极分赐有功将士，并加赐济尔哈朗一匹御厩良马。九月，济尔哈朗第二次同武英郡王阿济格等围锦州，锦州守将祖大寿屡次出兵突围，济尔哈朗设伏城南，而明军也知道有伏兵，赶紧撤回，清军追斩六十余人，他又遣辅国将军务达海俘明运粮兵于杏山、塔山间。

崇德六年（1641年）三月，第三次轮到济尔哈朗负责围困锦州。济尔哈朗于锦州城四面各立八营，挖深壕，沿壕筑垛口，各营间以深沟相连，一如围大凌河城之法，并通过策反明军中的蒙古人而攻陷锦州外城，又在四月设伏击退了自杏山而来的明朝援军。五月，明蓟辽总督洪承畴率六万援军至松山，济尔哈朗迎战于松山西北，据称击斩二千人，但清军所受损失亦不小，两红旗、镶蓝旗三旗驻营之地为明军所夺。六月，皇太极又命多尔衮、豪格代济尔哈朗等围锦州，济尔哈朗则受到议罪，皇太极认为“此特偶误耳”，免其处分。八月十四日，皇太极听说洪承畴率十三万大军前来，遂亲征松山，与之决战，仍以济尔哈朗留守盛京。在大破明军后，皇太极于九月初安排济尔哈朗第四次接替多尔衮围困锦州。十一月，多尔衮再次被派往锦州，同济尔哈朗一起围城。

崇德七年（1642年）三月，锦州守将祖大寿听说松山失守，终于献城降清。四月，济尔哈朗先后克塔山、降杏山，在拆毁松山、杏山、塔山三城后凯旋，至此取得松锦之战的胜利。

崇德八年（1643年）八月，皇太极突然死亡，由于没有确立继承人，引发诸王争位，尤其是豪格与多尔衮相持不下。济尔哈朗提议以皇太极长子豪格为帝，第九子福临为太子。经过诸王的斗争与妥协，最终接受了以拥立福临的折中方案（关于济尔哈朗是否为该方案首倡者，参见“人物争议”目录）。于是福临即位，是为顺治帝，济尔哈朗与多尔衮共同辅政，多尔衮负责国政，济尔哈朗负责军事。九月，济尔哈朗与阿济格领兵攻陷宁远和山海关之间的中后所、前屯卫、中前所三城，斩杀明总兵李辅明、袁尚仁等，但在十月进攻宁远时被吴三桂击退。十二月，他与多尔衮召集诸王群臣，认为国家大事不应由诸王群臣议论后再决定，而应直接由济尔哈朗、多尔衮二人裁决才能提高效率、确保稳定，二人由此解除所理部务，专任摄政，分别称“摄政和硕郑亲王”和“摄政和硕睿亲王”。

多尔衮表面上与济尔哈朗势均力敌，其实一直在排挤济尔哈朗，意图独揽大权，济尔哈朗采取退让态度，于顺治元年（1644年）正月召集内三院八衙门堂官，要求他们“嗣后凡各衙门办理事务，或有应白于我二王者，或有记档者，皆先启知睿亲王”，等于承认自己的权力在多尔衮之下。五月，多尔衮指挥清军入关，济尔哈朗则留守盛京。九月，济尔哈朗随顺治帝进北京。十月，顺治帝在北京再次登基，济尔哈朗被加封为信义辅政叔王，获赐金千两、银万两、缎千匹。不过，这一加封实际上确立了多尔衮为摄政王、济尔哈朗为辅政王的上下地位，连每年俸禄都只有多尔衮的一半（摄政王三万两，辅政王一万五千两）。

顺治四年（1647年）正月，多尔衮借口郑亲王府台基超过了规定的尺度，罚济尔哈朗银二千两。此后济尔哈朗被罢免辅政权，不再称辅政王。七月，多尔衮又安排其同母弟多铎为辅政王（全称辅政叔德豫亲王），这意味着济尔哈朗的辅政权被多铎取代。

顺治五年（1648年）三月，贝子屯齐、尚善、屯齐喀等告发济尔哈朗，说当太宗初丧时，济尔哈朗不举报两黄旗大臣谋立肃亲王豪格，以及扈从入关期间擅自令两蓝旗越序立营前行，议罪当死，遂兴大狱。勋臣额亦都、费英东、扬古利诸子侄皆受到牵连。多尔衮从轻发落，降济尔哈朗为多罗郡王，罚银五千两，肃亲王豪格则被幽禁。闰四月，复济尔哈朗郑亲王爵。九月，济尔哈朗被封为定远大将军，率师南下湖广。十月，道经山东，镇压了曹县的抗清义军，俘获了义军首领李化鲸、李名让等，同时又得到了降将刘泽清的反叛罪证，将其诛杀。

顺治六年（1649年）正月，济尔哈朗进入湖广，进攻南明永历政权和大顺军余部。当时南明永历政权和大顺军余部已结成松散的抗清阵线，何腾蛟、马进忠等占据湘潭，李过等占据辰州，堵胤锡等占据永兴，王进才等占据宝庆。济尔哈朗命顺承郡王勒克德浑、固山额真阿济格尼堪统领八旗精锐为前锋，自率大军继后，攻破湘潭，杀何腾蛟。然后清军由永兴直趋辰州，李过败走，逃往广西。接着，济尔哈朗派尚书阿哈尼堪攻克宝庆，又派兵连破南山坡、大水、洪江诸路兵马共二十八营。七月，分兵攻靖州、衡州，斩杀陶仰用，击破胡一青的七座营寨，向南进至广西全州，向西进至贵州黎平府及乌撒土司，先后攻克了六十余城。八月，清廷令其班师。

顺治七年（1650年）正月，济尔哈朗凯旋，获赐金二百两、银二万两。十一月，多尔衮率包括济尔哈朗在内的诸王出猎于古北口外，十二月即病死，其胞弟阿济格欲承袭摄政，暗中派人到北京召其子劳亲，令其多率兵来，企图胁迫多尔衮所管两白旗大臣依附自己，两白旗大臣为防止被阿济格强行吞并，遂向济尔哈朗等告发阿济格欲谋乱夺政，济尔哈朗与巽亲王满达海商议预防之策，多尔衮柩车还京时，行至石门，济尔哈朗等以阿济格身带佩刀，举动叵测，派兵监视阿济格入京，防止了政变的发生。其后，顺治帝亲政，济尔哈朗拉拢理政三王（巽亲王满达海、端重亲王博洛、敬谨亲王尼堪），告发多尔衮的篡位阴谋，导致多尔衮身后遭到清算，其同母兄阿济格及其他党羽均被肃清。

顺治九年（1652年）二月，济尔哈朗被顺治帝加封为“叔和硕郑亲王”。此后他仍对顺治帝有较大影响力，如顺治十一年（1654年）顺治帝两次不顾反对要出关谒陵，都是被济尔哈朗成功劝阻的。

顺治十二年（1655年）二月，济尔哈朗上疏劝谏顺治帝为政务必守信，并建议设置起居注官于左右。五月，济尔哈朗病重。初七日，顺治帝前往王府探视，问他有什么要叮嘱的，济尔哈朗说：“臣受三朝厚恩，未能仰答，不胜感痛！惟愿以取云贵、灭桂王为念。且满洲兵甚少，而能破流贼、取京都，应加抚恤。”顺治帝垂涕道：“天何不令朕叔长年耶？”说罢痛哭。回宫后，命画工绘其像。第二天（即五月初八日，1655年6月11日），济尔哈朗去世，享年五十七岁，顺治帝辍朝七日，赐祭葬银万两，为他立碑纪功。

康熙十年（1671年）六月，康熙帝赠谥号为献。

乾隆十九年（1754年），入祀盛京贤王祠。

乾隆四十三年（1778年），乾隆帝命济尔哈朗等配享太庙。

济尔哈朗活跃于后金和清朝初年，其主要影响体现在军事和政治两个方面：

萧一山：福临以冲龄践祚，奠定中原，征服华夏，其所以能成大业者，皆群臣襄赞之力也。当时宗室懿亲，僇力行间，栉风沐雨，勤劳佐命者：如豫亲王多铎、肃亲王豪格、英亲王阿济格、郑亲王济尔哈朗、敬谨亲王尼堪、端重亲王博洛、顺承郡王勒克德浑等，其殊勋茂绩，诚可为开国之大人物。

李鸿彬：（济尔哈朗）由于战功卓著，被封为贝勒，参加议政。他不仅是努尔哈赤的得力助手，而且也是清王朝的创建者之一。济尔哈朗在统一女真各部和建立清王朝的长期战争年代里，“委任特重，出则总军，入则留守”，一直担任着重要的领导职务，组织与指挥了许多次战役，表现出优异的政治远识和军事才能，颇受满族贵族与清军将领的称赞。

刘小萌：他经历了太祖、太宗、世祖三朝，到57岁寿终正寝时，其他同辈诸王早已先他而去。济尔哈朗的晚年，位极人臣，一人之下，万人之上，生前死后，备极荣光。在清初诸王中，他虽不是最耀眼，但至少是最幸运的一位。……阿敏性情暴躁，为人专横，济尔哈朗却生性宽厚，处世谨慎。……与其父、兄的悲剧命运形成鲜明对照的是，济尔哈朗在皇太极执政的17年中从未受到过责罚，在政治上也是一帆风顺，这种情况在他的同辈兄弟中也不多见。这可能得益于他处事的精明和审慎，当然也可能是由于堂兄皇太极对他的信任。……济尔哈朗在多尔衮面前，唯唯诺诺，加倍小心，仍免不了受排斥受打击。一旦多尔衮撒手尘寰，他成为朝中资历最老、地位最高的亲王。于是，他审时度势，联合诸王参劾多尔衮一党，将大权归于顺治帝。这成为他一生中最光辉的业绩。

关于皇太极死后福临继位的问题，传统观点依据朝鲜《沈阳状启》的相关记载而认为多尔衮首倡拥立福临。但学者阎崇年则根据济尔哈朗在当时的地位、事后取得辅政权以及顺治帝对他的极大尊重而推测拥立福临首倡于济尔哈朗、随后得到多尔衮的认可。另一学者陈涴则不赞同这种观点，认为济尔哈朗支持豪格，同时十分谨慎，拥立福临的首倡者应该是多尔衮而非济尔哈朗。

济尔哈朗葬于北京西北郊白石庄（今白石桥），立碑纪念。其坟墓在民国时屡遭破坏，甚至其穷困的后裔也曾盗墓。解放后荡然无存，其青花瓷所制的骨灰罐被有关部门收购。

郑亲王府位于北京西城区大木仓胡同。明永乐年间为姚广孝赐第。清军入关，定鼎燕京，顺治帝以此第赐其从叔郑亲王济尔哈朗。现址为中华人民共和国教育部。