基地将文学、哲学、历史学、艺术学、社会学、地理学等多学科知识引入江南地域文化研究，设立江南文学与艺术、江南学术与文献、江南城市与社会三个重点研究方向。三个研究方向围绕江南地域文化的核心，探讨江南文学艺术的传统渊源与现代化进程，揭示江南文学艺术生成的地域个性与时代意义；搜集和整理江南区域的古籍文献，研究江南学术文化的地域生成与全国意义；探究江南城市发展的古今演进，剖析江南社会文化发展的内在精神与当下意义。整个学术研究既立足于江南文化的地域个性，又放眼于中华文化的整体宏观；既注重古今源流的时间纵向探究，又注重区域内外的空间横向比较；既重视传统文化意蕴与精神的探析与研究，又重视当代文化价值与意义的阐释与建设。

基地的主要学术目标是力争成为两个“中心”、一个“高地”，即通过集聚研究力量开展重大项目的协同攻关，推出系列精品研究成果，使之成为全国江南文化研究的学术中心；通过创建富有特色的图书资料中心与“江南文化网”，使之成为江南文化研究的文献中心；通过卓有成效的学科整合与学术创新，造就一支在全国具有学术竞争力与影响力的高水平学术研究团队，使之成为江南文化研究的人才高地。